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- EMDB-7361: Single Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7361
タイトルSingle Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 009)
マップデータSingle Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 009)
試料
  • 複合体: IgG1 hole-hole homodimer
生物種unidentified (未定義)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.06 Å
データ登録者Lei D / Liu J / Liu H / Lei M / Ren G
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1344290 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104427 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Single-Molecule 3D Images of "Hole-Hole" IgG1 Homodimers by Individual-Particle Electron Tomography.
著者: Dongsheng Lei / Jianfang Liu / Hongbin Liu / Thomas E Cleveland / John P Marino / Ming Lei / Gang Ren /
要旨: The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more ...The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more than one antigen. Optimization of engineered IgG requires knowledge of three-dimensional (3D) structure of synthetic IgG. However, due to flexible nature of the molecules, their structural characterization is challenging. Here, we use our reported individual-particle electron tomography (IPET) method with optimized negative-staining (OpNS) for direct 3D reconstruction of individual IgG hole-hole homodimer molecules. The hole-hole homodimer is an undesired variant generated during the production of a bispecific antibody using the knob-into-hole heterodimer technology. A total of 64 IPET 3D density maps at ~15 Å resolutions were reconstructed from 64 individual molecules, revealing 64 unique conformations. In addition to the known Y-shaped conformation, we also observed an unusual X-shaped conformation. The 3D structure of the X-shaped conformation contributes to our understanding of the structural details of the interaction between two heavy chains in the Fc domain. The IPET approach, as an orthogonal technique to characterize the 3D structure of therapeutic antibodies, provides insight into the 3D structural variety and dynamics of heterogeneous IgG molecules.
履歴
登録2018年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2019年2月6日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7361.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 009)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 378.88 Å		2.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 378.88 Å		2.96 Å/pix.
x 128 pix.
= 378.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.244374 - 1.9723325
平均 (標準偏差)0.0024335827 (±0.055072613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0430
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 378.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.962.962.96
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.880378.880378.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS4300
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2441.9720.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IgG1 hole-hole homodimer

全体名称: IgG1 hole-hole homodimer
要素
  • 複合体: IgG1 hole-hole homodimer

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超分子 #1: IgG1 hole-hole homodimer

超分子名称: IgG1 hole-hole homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
組換発現生物種: Chinese hamster ovary (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS)
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: The grid was stained with 1% (w/v) uranyl formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 70.57 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率（公称値）: 80000

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画像解析

詳細X-ray speckles in images were removed before CTF correction.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: The 3D reconstruction was performed by using Individual-Particle Electron Tomography (IPET). The obtained 3D map was Gaussian low-pass filtered to 2 nm. Image of the 3D map was taken in ...詳細: The 3D reconstruction was performed by using Individual-Particle Electron Tomography (IPET). The obtained 3D map was Gaussian low-pass filtered to 2 nm. Image of the 3D map was taken in Chimera with the 'hide dust' function activated.
使用した粒子像数: 61
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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