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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f7t
タイトルCrystal Structure of an Fab fragment in complex with a peptide from Bacillus subtilis RNase Y
要素
  • FAB RY79-90, HEAVY CHAIN
  • FAB RY79-90, LIGHT CHAIN
  • Ribonuclease Y
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-peptide complex / lambda x light chain / RNase Y
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease Y / Ribonuclease Y, N-terminal / RNase Y N-terminal region / HDIG domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Type-1 KH domain profile. ...Ribonuclease Y / Ribonuclease Y, N-terminal / RNase Y N-terminal region / HDIG domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Hardouin, P.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号
LABEX DynamoANR-11-LABX-0011 フランス
French National Research AgencyANR-11-BSV8-026 フランス
引用ジャーナル: Biophys. J. / : 2018
タイトル: Dissociation of the Dimer of the Intrinsically Disordered Domain of RNase Y upon Antibody Binding.
著者: Hardouin, P. / Velours, C. / Bou-Nader, C. / Assrir, N. / Laalami, S. / Putzer, H. / Durand, D. / Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2017年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB RY79-90, LIGHT CHAIN
B: FAB RY79-90, HEAVY CHAIN
C: Ribonuclease Y
D: Ribonuclease Y
H: FAB RY79-90, HEAVY CHAIN
L: FAB RY79-90, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0977
ポリマ-96,0736
非ポリマー241
4,648258
1
A: FAB RY79-90, LIGHT CHAIN
B: FAB RY79-90, HEAVY CHAIN
D: Ribonuclease Y


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0373
ポリマ-48,0373
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease Y
H: FAB RY79-90, HEAVY CHAIN
L: FAB RY79-90, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0614
ポリマ-48,0373
非ポリマー241
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.680, 130.450, 72.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-301-

MG

21L-430-

HOH

-
要素

#1: 抗体 FAB RY79-90, LIGHT CHAIN


分子量: 23633.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB RY79-90, HEAVY CHAIN


分子量: 22799.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Ribonuclease Y / RNase Y


分子量: 1603.739 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 79-90 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
参照: UniProt: O31774, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M MgCl2; 0.1M TRIS; 16% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29393 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 84.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 8.63 % / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / CC1/2: 0.586 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDS0.7.14データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QHR
解像度: 2.6→46.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 1.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.905 / SU Rfree Blow DPI: 0.321 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.321
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1464 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 29299 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8445 Å20 Å20 Å2
2---4.3245 Å20 Å2
3---7.169 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6741 0 1 258 7000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016929HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.269441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2303SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1153HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6929HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion942SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7606SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 141 4.99 %
Rwork0.2261 2684 -
all0.2292 2825 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35910.0260.21260.6595-0.12290.77530.08110.034-0.08-0.0017-0.0137-0.03490.0189-0.2937-0.0674-0.22690.0420.0067-0.00010.0083-0.2262-17.3109-2.8843-43.5537
20.33390.14880.42480.6565-0.41660.17490.021-0.1295-0.0688-0.07530.05520.21750.0064-0.3305-0.0763-0.18760.0459-0.01970.08440.0197-0.0647-32.5924-1.4173-45.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* L|* C|*}
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* H|* D|*}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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