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Yorodumi- PDB-4jdt: Crystal structure of chimeric germ-line precursor of NIH45-46 Fab... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jdt | ||||||
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Title | Crystal structure of chimeric germ-line precursor of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1 | ||||||
Components |
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Keywords | viral protein/immune system / IG FOLD / ANTI HIV / ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM COMPLEX / viral protein-immune system complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human Immunodeficiency Virus 1 Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.26 Å | ||||||
Authors | Scharf, L. / Diskin, R. / Bjorkman, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structural basis for HIV-1 gp120 recognition by a germ-line version of a broadly neutralizing antibody. Authors: Scharf, L. / West, A.P. / Gao, H. / Lee, T. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J. / Diskin, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jdt.cif.gz | 318.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jdt.ent.gz | 259.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jdt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/4jdt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4jdvC 3u7wS 3u7yS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40204.512 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: GP120 CORE / Mutation: UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human Immunodeficiency Virus 1 / Strain: 93TH057 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: SPODOPTERA FRUGIPERDA (fall armyworm) / References: UniProt: Q0ED31*PLUS |
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#2: Antibody | Mass: 25186.221 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: NIH45-46 Germ-line HEAVY CHAIN, IG GAMMA-1 CHAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 23000.438 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: NIH45-46 LIGHT CHAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 6.5 Details: PEG 10000, ammonium sulfate, Bis-Tris, isopropanol , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1.033 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2012 |
Radiation | Monochromator: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.256→29.711 Å / Num. obs: 15409 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
Reflection shell | Resolution: 3.26→3.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.789 / % possible all: 91.4 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U7Y, 3U7W Resolution: 3.26→29.71 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 147.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.26→29.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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