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Yorodumi- PDB-5te7: Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5te7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6 in Complex with HIV-1 Clade C Strain DU172.17 gp120 Core | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / VRC01-class Antibody / N6 / CD4-binding site / gp120 | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Zhou, T. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2016 Title: Identification of a CD4-Binding-Site Antibody to HIV that Evolved Near-Pan Neutralization Breadth. Authors: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / ...Authors: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Schramm, C.A. / Zheng, A. / Joyce, M.G. / Asokan, M. / Ransier, A. / Darko, S. / Migueles, S.A. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Alam, S.M. / Parks, R. / Kelsoe, G. / Von Holle, T. / Haynes, B.F. / Douek, D.C. / Hirsch, V. / Seaman, M.S. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. / Connors, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5te7.cif.gz | 450.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5te7.ent.gz | 376 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5te7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5te7_validation.pdf.gz | 492.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5te7_full_validation.pdf.gz | 498.9 KB | Display | |
Data in XML | 5te7_validation.xml.gz | 32.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5te7_validation.cif.gz | 45.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5te4C 5te6SC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 24188.283 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23164.713 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Sugars , 2 types, 9 molecules G
#3: Protein | Mass: 38989.289 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q202J8*PLUS |
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#6: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 324 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 7 % w/v PEG 4000, 4 % (v/v) isopropanol, 2 % (v/v) benzamidine, 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 52871 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 2.347 / Net I/av σ(I): 28.325 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 223202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5TE6 Resolution: 2.15→44.523 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 217.91 Å2 / Biso mean: 64.1265 Å2 / Biso min: 29.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→44.523 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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