PDB-4y4d: Endothiapepsin in complex with fragment B51

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y4d

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment B51

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.269 Å

データ登録者

Huschmann, F.U. / Linnik, J. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
著者: Huschmann, F.U. / Linnik, J. / Sparta, K. / Uhlein, M. / Wang, X. / Metz, A. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y4d.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y4d.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y4d_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y4d_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	4y4d_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	4y4d_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y4d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4y38C 4y3jC 4y3yC 4y48C 4y4gC 4y4jC 4ze6C 4zeaC 3pbd 4y35 4y36 4y37 4y39 4y3a 4y3d 4y3e 4y3f 4y3g 4y3h 4y3l 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3t 4y3w 4y3x 4y3z 4y41 4y43 4y45 4y47 4y4a 4y4b 4y4e 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p19-d 5oz7-d 5p2a-d 5p6n-d 5p70-d 5p2s-d 5r3l-d 5rdv-d 5rdq-d 5rdo-d 5p6d-d 5oyq-d 5p80-d 5ozr-d 5ozf-d 3t7q-d 5r3c-d 4y5k-d 5r20-d 5p7j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.300, 72.936, 52.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン分子量: 194.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀N₄O₂ / コメント: 薬剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.04 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.269→42.796 Å / Num. obs: 84800 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.74 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 14.21
反射シェル	解像度: 1.27→1.35 Å / 冗長度: 3.64 % / R_merge(I) obs: 0.56 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot	coot 0.6.2	モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.269→42.795 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1449	4240	5 %	Random selection
R_work	0.1175	-	-	-
obs	0.1188	84799	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.269→42.795 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	62	331	2767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.474	876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	419
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	490

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2694-1.2838	0.2013	138	0.1987	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2838-1.2989	0.2431	142	0.1982	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2989-1.3148	0.2485	140	0.1972	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3148-1.3314	0.204	141	0.1889	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3314-1.3489	0.2113	140	0.182	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3489-1.3674	0.2118	141	0.1742	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3674-1.3869	0.2014	142	0.1643	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3869-1.4077	0.1854	140	0.1552	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4077-1.4297	0.1732	142	0.1405	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4297-1.4531	0.1579	141	0.1395	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4531-1.4781	0.153	140	0.1274	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4781-1.505	0.1652	142	0.1252	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.505-1.534	0.1526	140	0.1154	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.534-1.5653	0.1422	142	0.1088	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5653-1.5993	0.1518	139	0.1038	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5993-1.6365	0.1497	143	0.1012	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6365-1.6775	0.1555	141	0.0995	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6775-1.7228	0.1298	140	0.0944	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7228-1.7735	0.1263	142	0.0898	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7735-1.8308	0.1345	141	0.0889	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8308-1.8962	0.1182	142	0.0894	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8962-1.9721	0.1344	142	0.0878	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9721-2.0619	0.1082	141	0.0867	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0619-2.1706	0.1184	142	0.0849	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1706-2.3065	0.1115	141	0.0922	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3065-2.4846	0.1281	143	0.1024	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4846-2.7346	0.1195	141	0.1046	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7346-3.1302	0.1284	142	0.1111	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1302-3.9433	0.1415	143	0.1195	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9433-42.8196	0.1675	146	0.1529	2756	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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