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- PDB-4xux: Structure of ampC bound to RPX-7009 at 1.75 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xux
タイトルStructure of ampC bound to RPX-7009 at 1.75 A
要素Beta-lactamase
キーワードHydrolase/antibiotic / Hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vaborbactam / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Clifton, M.C. / Abendroth, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of a Cyclic Boronic Acid beta-Lactamase Inhibitor (RPX7009) with Utility vs Class A Serine Carbapenemases.
著者: Hecker, S.J. / Reddy, K.R. / Totrov, M. / Hirst, G.C. / Lomovskaya, O. / Griffith, D.C. / King, P. / Tsivkovski, R. / Sun, D. / Sabet, M. / Tarazi, Z. / Clifton, M.C. / Atkins, K. / Raymond, ...著者: Hecker, S.J. / Reddy, K.R. / Totrov, M. / Hirst, G.C. / Lomovskaya, O. / Griffith, D.C. / King, P. / Tsivkovski, R. / Sun, D. / Sabet, M. / Tarazi, Z. / Clifton, M.C. / Atkins, K. / Raymond, A. / Potts, K.T. / Abendroth, J. / Boyer, S.H. / Loutit, J.S. / Morgan, E.E. / Durso, S. / Dudley, M.N.
履歴
登録2015年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9555
ポリマ－39,4141
非ポリマー5414
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.560, 69.600, 76.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

21A-620-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39413.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-381 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05364, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-4D6 / Vaborbactam / {(3R,6S)-2-hydroxy-3-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]-1,2-oxaborinan-6-yl}acetic acid / 2-((3R,6S)-2-hydroxy-3-(2-(thiophen-2-yl)acetamido)-1,2-oxaborinan-6-yl)acetic acid / 2-[(3R,6S)-2-hydroxy-3-[(2-thiophen-2-ylacetyl)amino]oxaborinan-6-yl]acetic acid / 1,2-Oxaborinane-6-acetic acid, 2-hydroxy-3-((2-(2-thienyl)acetyl)amino)-, (3R,6S)- / RPX-7009


分子量: 297.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16BNO5S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30mg/ml AmpC, 30% PEG3000, 0.1M TRIS, PH 7.0, 0.2M NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月13日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.9765
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 34340 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.39 Å
Translation2.5 Å48.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XX2

1xx2


解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.1651 / WRfactor Rwork: 0.1379 / FOM work R set: 0.9055 / SU B: 3.358 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / SU Rfree: 0.1039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 1772 5.2 %RANDOM
Rwork0.154 34300 --
obs0.156 34340 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 37.64 Å2 / Biso mean: 9.66 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 56 407 3199
Biso mean--13.23 18.4 -
残基数----360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.973940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94134639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg65363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14624.455110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.04315425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.561511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 119 -
Rwork0.203 2194 -
all-2313 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.1439 Å / Origin y: 11.5046 Å / Origin z: 18.3867 Å
111213212223313233
T0.0069 Å20.0007 Å2-0.0014 Å2-0.0021 Å2-0.0012 Å2--0.0019 Å2
L0.4444 °2-0.0435 °2-0.0174 °2-0.1984 °20.0313 °2--0.244 °2
S-0.0071 Å °-0.0191 Å °0.0174 Å °0.0076 Å °0.005 Å °-0.0048 Å °0.0122 Å °0.0152 Å °0.0021 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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