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- PDB-4kz5: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kz5 | ||||||
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Title | Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment 5 (N-{[3-(2-chlorophenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]carbonyl}glycine) | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class C / hydrolase / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eidam, O. / Barelier, S. / Fish, I. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Increasing chemical space coverage by combining empirical and computational fragment screens. Authors: Barelier, S. / Eidam, O. / Fish, I. / Hollander, J. / Figaroa, F. / Nachane, R. / Irwin, J.J. / Shoichet, B.K. / Siegal, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 313.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 252.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4kz3C ![]() 4kz4C ![]() 4kz6C ![]() 4kz7C ![]() 4kz8C ![]() 4kz9C ![]() 4kzaC ![]() 4kzbC ![]() 1ke4S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 39587.922 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 20-377 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 1.7 M potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 24, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KHOZU Double flat crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.115869 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→45.452 Å / Num. obs: 166574 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.398 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1KE4 Resolution: 1.35→45.452 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.9204 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.99 / Phase error: 14.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 57.68 Å2 / Biso mean: 17.662 Å2 / Biso min: 4.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→45.452 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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