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Yorodumi- PDB-4kz9: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kz9 | ||||||
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Title | Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment 41 ((4R,4aS,8aS)-4-phenyldecahydroquinolin-4-ol) | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / AMPC beta-lactamase / class C / cephalosporinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.72 Å | ||||||
Authors | Eidam, O. / Barelier, S. / Fish, I. / Shoichet, B.K. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2014 Title: Increasing chemical space coverage by combining empirical and computational fragment screens. Authors: Barelier, S. / Eidam, O. / Fish, I. / Hollander, J. / Figaroa, F. / Nachane, R. / Irwin, J.J. / Shoichet, B.K. / Siegal, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kz9.cif.gz | 302.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kz9.ent.gz | 243.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kz9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kz9_validation.pdf.gz | 460.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kz9_full_validation.pdf.gz | 462.5 KB | Display | |
Data in XML | 4kz9_validation.xml.gz | 35.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4kz9_validation.cif.gz | 56.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kz9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4kz3C 4kz4C 4kz5C 4kz6C 4kz7C 4kz8C 4kzaC 4kzbC 1ke4S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39587.922 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 20-377 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: ampA, ampC, b4150, JW4111 / Plasmid: POGO295 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P00811, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-1U7 / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 1.7 M potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.115869 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 24, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KHOZU Double flat crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.115869 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.72→29.518 Å / Num. obs: 80298 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.734 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.75 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1KE4 Resolution: 1.72→29.518 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8775 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.24 Å2 / Biso mean: 20.3212 Å2 / Biso min: 5.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→29.518 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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