PDB-2pu2: AmpC beta-lactamase with bound Phthalamide inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pu2

タイトル

AmpC beta-lactamase with bound Phthalamide inhibitor

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / AmpC beta-lacamase phthalamide

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Babaoglu, K. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Comprehensive mechanistic analysis of hits from high-throughput and docking screens against beta-lactamase.
著者: Babaoglu, K. / Simeonov, A. / Irwin, J.J. / Nelson, M.E. / Feng, B. / Thomas, C.J. / Cancian, L. / Costi, M.P. / Maltby, D.A. / Jadhav, A. / Inglese, J. / Austin, C.P. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2007年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pu2.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pu2.ent.gz	130.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/2pu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pu4C 2r9wC 2r9xC 1l2sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fcm-1 6pwm-1 1ll9-2 4lv0-1 2hds-2 4kg5-4 1iem-1 4kzb-2 1my8-2 3wrt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.721, 76.842, 97.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ampC, ampA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-DK2 / 2-[(1R)-1-CARBOXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)ETHYL]-1,3-DIOXOISOINDOLINE-5-CARBOXYLIC ACID 分子量: 355.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₃NO₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.5 % / Av σ(I) over netI: 10.7 / 数: 361932 / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 0.89 / D res high: 1.86 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 65664 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.01	50	100	1	0.028	1.143	5.6
3.18	4.01	100	1	0.033	1.199	5.7
2.78	3.18	100	1	0.051	1.065	5.7
2.52	2.78	100	1	0.078	0.928	5.7
2.34	2.52	100	1	0.108	0.872	5.7
2.21	2.34	100	1	0.145	0.817	5.7
2.09	2.21	100	1	0.194	0.758	5.7
2	2.09	100	1	0.276	0.698	5.6
1.93	2	99.9	1	0.405	0.672	5.4
1.86	1.93	95.5	1	0.539	0.621	4.4

反射

解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 65664 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 0.889 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.86-1.93	4.4	0.539	6237	0.621	95.5
1.93-2	5.4	0.405	6564	0.672	99.9
2-2.09	5.6	0.276	6538	0.698	100
2.09-2.21	5.7	0.194	6659	0.758	100
2.21-2.34	5.7	0.145	6525	0.817	100
2.34-2.52	5.7	0.108	6592	0.872	100
2.52-2.78	5.7	0.078	6571	0.928	100
2.78-3.18	5.7	0.051	6623	1.065	100
3.18-4.01	5.7	0.033	6612	1.199	100
4.01-50	5.6	0.028	6743	1.143	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1L2S

1l2s

解像度: 1.86→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.106 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	3326	5.1 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.179	65652	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5709	0	57	570	6336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.959	8154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	9761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.479	5	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.251	24.864	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.006	15	953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.958	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.253	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.299	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.997	1.5	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.176	1.5	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.123	2	5888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.794	3	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.502	4.5	2250

LS精密化シェル

解像度: 1.863→1.911 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	251	-
R_work	0.273	4315	-
obs	-	4566	93.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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