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- PDB-4e3j: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a design... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e3j | ||||||
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Title | Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a designed 4-tetrazolyl benzene sulfonamide boronic acid inhibitor | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class c / hydrolase / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eidam, O. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Fragment-guided design of subnanomolar beta-lactamase inhibitors active in vivo. Authors: Eidam, O. / Romagnoli, C. / Dalmasso, G. / Barelier, S. / Caselli, E. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Prati, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 290.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 234.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1021.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4e3iC ![]() 4e3kC ![]() 4e3lC ![]() 4e3mC ![]() 4e3nC ![]() 4e3oC ![]() 1ke4S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39587.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7999→29.49 Å / Num. obs: 68951 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.386 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.88 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1KE4 Resolution: 1.7999→29.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.845 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.99 / Phase error: 23.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.438 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.53 Å2 / Biso mean: 24.5068 Å2 / Biso min: 6.87 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7999→29.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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