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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kdw | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in complex with the inhibitor 4-carboxyphenylboronic acid | ||||||
![]() | beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / cephalosporinase / beta-lactamase / serine hydrolase / phenylboronic acid inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Powers, R.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based approach for binding site identification on AmpC beta-lactamase. 著者: Powers, R.A. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7 M potassium phosphate, 485 uM 4-carboxyphenylboronic acid, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→20 Å / Num. all: 36794 / Num. obs: 33450 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 62.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 90630 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 62.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1C3B 解像度: 2.28→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→2.37 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.186 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.345 / Rfactor Rwork: 0.252 |