PDB-4lv2: AmpC beta-lactamase in complex with [1-(6-chloropyrimidin-4-yl)-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lv2

タイトル

AmpC beta-lactamase in complex with [1-(6-chloropyrimidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl] boronic acid

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC BETA-LACTAMASE / CLASS C / HYDROLASE / BORONIC ACID / COVALENT INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

London, N. / Eidam, O. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Covalent docking of large libraries for the discovery of chemical probes.
著者: London, N. / Miller, R.M. / Krishnan, S. / Uchida, K. / Irwin, J.J. / Eidam, O. / Gibold, L. / Cimermancic, P. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Taunton, J.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lv2.cif.gz	292.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lv2.ent.gz	237.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lv0C 4lv1C 4lv3C 4m8tC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yeo-1 1pi4-1 4jxw-2 2r9w-2 3ixg-2 4kza-2 1kdw-1 1l2s-2 6dpt-2 1l0g-2 4e3o-1 2q9m-d 1mxo-1 4e3j-2 1xgj-2 6dpz-2 3bls-2 3ws2-1 2rcx-2 1l0e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.670, 78.140, 97.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-N95 / [1-(6-chloropyrimidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]boronic acid 分子量: 224.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆BClN₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 94603 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 20.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.77

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.65-1.69		0.753	2.08	29019	6773	96.9
1.69-1.74		0.611	2.77	31209	6801	99.8
1.74-1.79		0.449	3.66	30655	6660	99.9
1.79-1.84		0.338	4.76	29595	6419	99.9
1.84-1.91		0.271	5.82	29076	6301	99.8
1.91-1.97		0.193	8.06	27509	5974	99.8
1.97-2.05		0.148	10.16	27078	5839	100
2.05-2.13		0.115	12.81	25934	5621	99.8
2.13-2.22		0.093	15.32	24893	5398	99.7
2.22-2.33		0.081	17	23434	5111	99.9
2.33-2.46		0.068	19.03	22490	4921	99.8
2.46-2.61		0.061	21.34	21322	4676	99.8
2.61-2.79		0.054	23.63	19682	4351	99.9
2.79-3.01		0.047	27.02	18076	4055	99.9
3.01-3.3		0.041	29.78	16307	3743	99.8
3.3-3.69		0.038	32.3	14597	3410	99.6
3.69-4.26		0.035	33.81	12639	2972	99.4
4.26-5.22		0.032	35.5	11595	2564	99.7
5.22-7.38		0.029	34.73	8864	1991	99.6
	7.38	0.027	34.35	4213	1023	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1KE4

1ke4

解像度: 1.65→45.578 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8553 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1925	3424	3.62 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.173	94599	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.41 Å² / B_iso mean: 24.1658 Å² / B_iso min: 10.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.578 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5485	0	55	428	5968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.474	7922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	867
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.984	2052

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6735	0.2985	149	0.2973	3588	3737	95
1.6735-1.6985	0.2804	158	0.2508	3771	3929	100
1.6985-1.7251	0.3228	80	0.2356	3847	3927	100
1.7251-1.7533	0.2383	118	0.2233	3793	3911	100
1.7533-1.7836	0.2658	143	0.2142	3793	3936	100
1.7836-1.816	0.2192	152	0.2027	3817	3969	100
1.816-1.8509	0.1907	147	0.2	3784	3931	100
1.8509-1.8887	0.2307	112	0.2051	3811	3923	100
1.8887-1.9298	0.2046	105	0.1884	3827	3932	100
1.9298-1.9747	0.2015	150	0.1868	3804	3954	100
1.9747-2.0241	0.216	144	0.1862	3825	3969	100
2.0241-2.0788	0.214	145	0.1749	3816	3961	100
2.0788-2.14	0.2114	159	0.174	3770	3929	100
2.14-2.209	0.192	168	0.172	3772	3940	100
2.209-2.288	0.1969	132	0.1703	3807	3939	100
2.288-2.3796	0.1987	135	0.1802	3817	3952	100
2.3796-2.4879	0.1971	140	0.1792	3819	3959	100
2.4879-2.619	0.2405	146	0.1841	3850	3996	100
2.619-2.7831	0.2012	159	0.1878	3772	3931	100
2.7831-2.998	0.191	172	0.1809	3769	3941	100
2.998-3.2996	0.1828	154	0.1724	3816	3970	100
3.2996-3.7768	0.1735	143	0.149	3846	3989	100
3.7768-4.7576	0.1469	172	0.1283	3811	3983	100
4.7576-45.578	0.1773	141	0.1593	3850	3991	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2412	0.4171	-0.1534	1.3488	0.0132	0.8826	-0.013	-0.1091	-0.0406	0.1688	-0.0144	0.0642	0.147	-0.0225	0.0255	0.1786	-0.0089	0.0054	0.1254	-0.0096	0.1223	24.0676	-9.2796	23.2926
2	1.4174	-0.6146	-0.4159	1.4818	-0.4327	1.7082	0.0327	0.3308	0.2134	-0.4111	-0.0178	-0.1998	0.0724	-0.0124	-0.0089	0.2477	-0.0222	0.0343	0.1956	0.0333	0.2035	37.997	13.4419	5.2014
3	1.3331	0.6174	-0.2099	1.5522	-0.1226	0.8419	-0.0217	-0.0713	-0.0298	0.0581	-0.0071	-0.0741	0.0566	0.0712	0.0256	0.1179	0.012	-0.0072	0.1112	0.0028	0.1046	31.9371	-1.412	20.3355
4	1.1684	-0.7674	0.0752	1.5999	0.0186	1.6963	-0.0328	0.0464	-0.1789	0.088	0.0686	-0.0037	0.2222	0.2783	-0.0299	0.1656	0.0132	-0.0232	0.1772	-0.0011	0.162	78.7261	-11.2416	23.8427
5	1.0578	-0.2156	-0.1746	1.3835	-0.0189	1.0492	-0.0677	-0.2849	-0.0037	0.4146	0.1151	0.1007	-0.0941	0.0347	-0.0599	0.2534	-0.0026	0.0243	0.2105	0.0111	0.152	64.5339	10.4338	36.2819
6	1.2454	-1.014	-0.1228	1.8793	0.0365	1.0615	-0.0148	0.0126	-0.1048	0.0675	0.0342	0.0642	0.0826	0.0891	-0.0232	0.1491	-0.0316	-0.0119	0.1767	0.002	0.1627	71.6795	-3.0718	23.1799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:86)	A	4 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 87:140)	A	87 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 141:361)	A	141 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 4:83)	B	4 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 84:182)	B	84 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 183:361)	B	183 - 361

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