+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yeo | ||||||
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Title | Crystal structure of AmpC from E. coli with cyclic boronate 2 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / beta lactamase / antibiotic resistance / bicyclic boronate | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.037 Å | ||||||
Authors | Lang, P.A. / Schofield, C.J. / Brem, J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Biomolecules / Year: 2020 Title: Bicyclic Boronates as Potent Inhibitors of AmpC, the Class C beta-Lactamase from Escherichia coli . Authors: Lang, P.A. / Parkova, A. / Leissing, T.M. / Calvopina, K. / Cain, R. / Krajnc, A. / Panduwawala, T.D. / Philippe, J. / Fishwick, C.W.G. / Trapencieris, P. / Page, M.G.P. / Schofield, C.J. / Brem, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yeo.cif.gz | 577.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yeo.ent.gz | 477.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yeo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yeo_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6yeo_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6yeo_validation.xml.gz | 59 KB | Display | |
Data in CIF | 6yeo_validation.cif.gz | 84 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yeo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6t3dC 6yenC 6ypdC 2blsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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4 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 39587.922 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ampC, ampA, b4150, JW4111 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: P00811, beta-lactamase |
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-Non-polymers , 7 types, 867 molecules
#2: Chemical | ChemComp-OK3 / ( #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 16 mg/mL AmpC, 20 mM cyclic boronate inhibitor, 0.15 M HEPES pH 7.5, 65 % MDP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 19, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.03→100.683 Å / Num. obs: 117532 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.353 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.368 / Net I/σ(I): 8.7 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2BLS Resolution: 2.037→100.683 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.52 Å2 / Biso mean: 29.0434 Å2 / Biso min: 10.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.037→100.683 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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