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Yorodumi- PDB-4e3i: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a design... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e3i | ||||||
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Title | Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a designed 3-carboxyl benzyl sulfonamide boronic acid inhibitor | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class c / hydrolase / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Eidam, O. / Shoichet, B.K. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Fragment-guided design of subnanomolar beta-lactamase inhibitors active in vivo. Authors: Eidam, O. / Romagnoli, C. / Dalmasso, G. / Barelier, S. / Caselli, E. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Prati, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4e3i.cif.gz | 303.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4e3i.ent.gz | 245.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4e3i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4e3jC 4e3kC 4e3lC 4e3mC 4e3nC 4e3oC 1ke4S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39587.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: ampA, ampC, b4150, JW4111 / Plasmid: POGO295 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P00811, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→29.545 Å / Num. obs: 98113 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.396 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 14.65 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1KE4 Resolution: 1.6→29.545 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / FOM work R set: 0.8795 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.471 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.29 Å2 / Biso mean: 25.2824 Å2 / Biso min: 9.36 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→29.545 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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