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Yorodumi- PDB-5chj: CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with cephaloth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5chj | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with cephalothin BATSI (SM23) | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / beta-lactamase | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.358 Å | ||||||
Authors | Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Lefurgy, S. / Almo, S.C. | ||||||
Citation | Journal: Biomolecules / Year: 2020 Title: Structures of FOX-4 Cephamycinase in Complex with Transition-State Analog Inhibitors. Authors: Lefurgy, S.T. / Caselli, E. / Taracila, M.A. / Malashkevich, V.N. / Biju, B. / Papp-Wallace, K.M. / Bonanno, J.B. / Prati, F. / Almo, S.C. / Bonomo, R.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5chj.cif.gz | 436.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5chj.ent.gz | 361.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5chj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5chj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5chj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5chj_validation.xml.gz | 37 KB | Display | |
Data in CIF | 5chj_validation.cif.gz | 57.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5chmC 5cgsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38807.797 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 24-382 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: fox-4 / Plasmid: pHMTEV / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9L387, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.05M zinc acetate, 20% PEG 3350, 1 mM SM23 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.358→83.194 Å / Num. all: 147034 / Num. obs: 147034 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.47 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.965 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 539219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5CGS Resolution: 1.358→25.735 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 82.79 Å2 / Biso mean: 16.9079 Å2 / Biso min: 4.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.358→25.735 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 92.3476 Å / Origin y: 3.6312 Å / Origin z: 21.0118 Å
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Refinement TLS group |
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