PDB-4xo8: Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli K12 in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xo8

タイトル

Crystal structure of the FimH lectin domain from E.coli K12 in complex with heptyl alpha-D-mannopyrannoside

要素

Protein FimH

キーワード

CELL ADHESION / type I pilus / lectin / UPEC / Bacterial Adhesin / mannose / UTI / catch bond

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.698 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Eras, J. / Navarra, G. / Ernst, B. / Glockshuber, R. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH.
著者: Sauer, M.M. / Jakob, R.P. / Eras, J. / Baday, S. / Eris, D. / Navarra, G. / Berneche, S. / Ernst, B. / Maier, T. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2015年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xo8.cif.gz	194.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xo8.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xo8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xo8_validation.pdf.gz	412 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xo8_full_validation.pdf.gz	412 KB	表示
XML形式データ	4xo8_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	4xo8_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xo8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xo9C 4xoaC 4xobC 4xocC 4xodC 4xoeC 3mcyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x50-1 5fwr-3 6g2r-2 4av4-d 5fwr-8 7ayn-4 6gtx-1 5cgb-1 5fwr-7 1tr7-1 5l4x-2 3zl2-d 5l4w-2 6g2s-1 5muc-1 4x5p-d 5fwr-1 6gty-1 6g2s-8 4att-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

B: Protein FimH

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.970, 68.390, 95.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 断片: lectin domain, UNP residues 22-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTrc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: 糖	ChemComp-KGM / heptyl alpha-D-mannopyranoside / Heptyl Alpha-D-mannopyrannoside / heptyl alpha-D-mannoside / heptyl D-mannoside / heptyl mannoside / ヘプチルα-D-マンノピラノシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₃H₂₆O₆ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M Na Acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.698→52.644 Å / Num. obs: 45016 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.698→1.76 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.242 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 5224 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1435)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3mcy

3mcy

解像度: 1.698→52.644 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1954	2252	5 %	Random selection
R_work	0.1707	-	-	-
obs	0.1719	45016	96.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.698→52.644 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	38	471	2901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	3455
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.635	869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.698-1.7349	0.3767	110	0.3765	2087	X-RAY DIFFRACTION	77
1.7349-1.7753	0.3539	122	0.3269	2331	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7753-1.8197	0.2922	135	0.2808	2560	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8197-1.8689	0.2619	138	0.2291	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8689-1.9239	0.2078	143	0.1969	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9239-1.986	0.2071	142	0.1714	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
1.986-2.0569	0.1826	144	0.1704	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0569-2.1393	0.1816	144	0.1496	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1393-2.2367	0.1656	143	0.1469	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2367-2.3546	0.1887	145	0.1495	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3546-2.5021	0.1882	144	0.1504	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5021-2.6953	0.1942	145	0.156	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6953-2.9665	0.1711	146	0.1535	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9665-3.3957	0.1846	146	0.1555	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3957-4.2779	0.1706	150	0.1466	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2779-52.644	0.1953	155	0.1786	2935	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5306	0.272	-0.0097	2.8096	1.1622	4.3853	0.2047	-0.278	0.4335	0.2002	-0.082	-0.0688	-0.448	0.231	-0.1707	0.1982	-0.0329	0.0345	0.1968	-0.0267	0.2095	-14.2543	-0.0751	-2.7508
2	0.6016	0.1421	0.5252	1.1433	0.7857	2.4692	0.1532	-0.0317	0.067	0.0647	-0.0082	-0.0427	-0.3986	0.0206	-0.137	0.2032	-0.0227	0.0093	0.147	-0.0007	0.1808	-14.3162	-0.7917	18.082
3	0.0144	-0.1214	0.7019	0.437	-0.8515	4.0628	0.0396	-0.0113	0.0292	-0.0202	0.1505	0.0261	-0.3029	-0.0948	-0.204	0.2117	-0.0202	-0.0031	0.211	0.005	0.2165	-22.8464	-1.3028	0.2014
4	1.3372	0.2234	1.6411	0.8699	-0.1112	4.0889	0.0549	0.0809	-0.0659	0.0604	0.034	-0.0644	0.169	0.1251	-0.1073	0.168	-0.0093	0.0019	0.1407	-0	0.1671	-18.4299	-11.4988	11.3103
5	1.1377	-0.4962	0.6093	1.7041	-2.2961	3.0692	0.0643	-0.0317	-0.1123	-0.1665	0.1731	0.2255	0.2536	-0.2678	-0.1863	0.182	-0.0083	-0.0199	0.1776	0.0186	0.2016	-25.4365	-12.9052	6.8858
6	0.5585	-0.1825	1.4182	0.523	-0.9011	3.81	0.0251	-0.0345	0.0654	0.0116	-0.0403	-0.0358	0.0062	-0.025	0.0275	0.1581	0.0086	0.0171	0.1687	0.0112	0.1888	-22.1312	-4.2542	10.6379
7	2.4718	1.0925	-2.7123	0.8559	-1.2632	2.9881	-0.0286	-0.2022	0.0817	0.026	0.0905	-0.0916	0.0724	0.6355	-0.1102	0.1858	-0.0275	0.0021	0.2573	0.0021	0.2095	-6.9712	-3.48	22.9685
8	2.0495	0.5462	3.292	0.4899	0.5539	5.8724	0.2162	0.0245	-0.0118	0.0104	-0.0619	0.0019	0.5187	-0.0645	-0.1233	0.2076	0.0013	0.0032	0.1699	-0.0083	0.1686	-16.5571	-10.4007	2.5882
9	0.2553	0.0447	0.1814	0.6575	-0.1348	2.2118	0.067	0.0041	-0.0467	-0.0863	0.0641	-0.0966	-0.0766	0.2407	-0.1315	0.1766	0.0036	0.0256	0.1831	-0.0123	0.1829	-14.491	-6.6433	6.2012
10	2.6688	0.4401	-0.2733	3.1462	-1.6814	5.2266	0.1893	-0.2563	-0.6162	-0.0188	-0.0408	0.1273	0.4758	-0.3243	-0.1231	0.1654	-0.0363	-0.022	0.1743	0.0405	0.2341	-48.5966	0.0863	4.0176
11	0.8033	0.0313	-0.3288	0.9558	-1.0169	3.5497	0.1775	0.0356	-0.1568	0.0136	0.0359	0.0614	0.5655	-0.0005	-0.139	0.1605	-0.0134	0.0058	0.1417	-0.0075	0.1981	-48.8337	0.7854	24.872
12	-0.0423	0.0129	-0.7009	0.1342	0.7322	3.9976	0.0459	0.0102	-0.0035	0.023	0.0827	0.0329	0.3941	0.0641	-0.0804	0.1601	0.0071	0.0106	0.1789	-0.0066	0.1629	-40.0388	1.1633	7.1271
13	1.4069	0.4086	-1.5422	0.8315	0.2931	4.6247	0.14	0.0387	0.0715	0.0478	0.0468	0.0568	-0.2944	0.018	-0.1604	0.1481	-0.0055	0.0075	0.1071	-0.0047	0.155	-44.5723	11.4086	18.3657
14	1.2075	-1.0281	-0.8139	1.8167	2.2089	3.1475	0.0863	-0.0824	0.1326	-0.1195	0.2084	-0.2553	-0.293	0.3751	-0.3034	0.197	-0.0237	0.0234	0.2034	-0.0358	0.2045	-37.3208	12.6872	13.8454
15	0.6378	-0.3161	-1.0682	0.5544	0.9146	4.2677	-0.0095	-0.0949	-0.0542	0.0183	0.0267	0.0156	0.174	0.3881	-0.03	0.1737	0.01	0.0086	0.1891	-0.0102	0.1968	-40.9501	3.94	17.5619
16	2.9624	1.318	3.0179	1.1777	1.4149	3.0819	0.0512	-0.2961	-0.0701	-0.0041	0.0083	0.3179	-0.0977	-0.8287	0.039	0.1454	-0.0134	0.0071	0.1928	0.0039	0.2032	-56.1996	3.6022	29.6959
17	2.3069	0.1255	-3.316	0.4054	-0.4679	5.7363	0.2647	0.0513	0.1016	0.0399	-0.0303	0.0191	-0.5205	-0.0402	-0.1177	0.1695	-0.0184	0.0155	0.1426	-0.003	0.1583	-46.1405	10.3525	9.4512
18	0.2705	-0.1329	-0.0553	0.4368	-0.1455	1.6073	0.0895	-0.012	0.0214	-0.0193	0.0006	0.0481	-0.0676	-0.1227	-0.0974	0.1544	-0.0152	-0.005	0.1646	-0.0049	0.1614	-48.3089	6.6432	13.032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 77 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 95 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 96 through 116 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 117 through 124 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 125 through 135 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 136 through 158 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 16 through 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 33 through 53 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 54 through 77 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 78 through 95 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 96 through 116 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 117 through 124 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 125 through 135 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 136 through 158 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)