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Yorodumi- PDB-6g2s: Crystal structure of FimH in complex with a pentaflourinated biph... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6g2s | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of FimH in complex with a pentaflourinated biphenyl alpha D-mannoside | ||||||
Components | Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / TYPE I PILUS / CATCH-BOND / LECTIN / UPEC / INFECTION / MANNOSE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Jakob, R.P. / Schoenemann, W. / Cramer, J. / Muehlethaler, T. / Daetwyler, P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Rabbani, S. ...Jakob, R.P. / Schoenemann, W. / Cramer, J. / Muehlethaler, T. / Daetwyler, P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Rabbani, S. / Eris, D. / Schwardt, O. / Maier, T. / Ernst, B. | ||||||
Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2019Title: Improvement of Aglycone pi-Stacking Yields Nanomolar to Sub-nanomolar FimH Antagonists. Authors: Schonemann, W. / Cramer, J. / Muhlethaler, T. / Fiege, B. / Silbermann, M. / Rabbani, S. / Datwyler, P. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Schwardt, O. / Maier, T. / Ernst, B. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6g2s.cif.gz | 778.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6g2s.ent.gz | 664.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6g2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6g2s_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6g2s_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 6g2s_validation.xml.gz | 54.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6g2s_validation.cif.gz | 74.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/6g2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/6g2s | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6g2rC ![]() 4x50S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Protein | Mass: 16916.828 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: fimH, b4320, JW4283 / Plasmid: pTRC99a / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-EJN / ( #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.83 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M BisTrisPropane, propionic acid, cacodylate (PCPT buffer) pH 8.0, 0.1 M (NH4)2SO4 and 25 % PEG1500 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.87287 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 28, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.87287 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→43.005 Å / Num. obs: 85263 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 14.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.3 Å / Redundancy: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10512 / CC1/2: 0.434 / Rrim(I) all: 1.149 / % possible all: 98.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4X50 Resolution: 2.2→43.005 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.65 / Phase error: 21.27 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.005 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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