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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aap | |||||||||
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タイトル | Complex of the FimH lectin with a C-linked para-biphenyl methylene alpha-D-mannoside | |||||||||
![]() | FIMH | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / BACTERIAL ADHESIN / TYPE 1 FIMBRIAE / URINARY TRACT INFECTION / VARIABLE IMMUNOGLOBULIN FOLD | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | De Ruyck, J. / Bouckaert, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of C-Mannosylated Anti-Adhesives Bound to the Type 1 Fimbrial Fimh Adhesin 著者: De Ruyck, J. / Lensink, M.F. / Bouckaert, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 661.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 662 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 1 / 断片: LECTIN DOMAIN, UNP RESIDUES 10-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-VNY / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.2 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.6 詳細: 30% (V/V) 2-PROPANOL, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM AMMONIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→41 Å / Num. obs: 26776 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 6.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.91 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 7.85 / % possible all: 39 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4AUU 解像度: 1.302→38.331 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 13.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.302→38.331 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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