PDB-4x5p: Crystal structure of FimH in complex with a benzoyl-amidophenyl a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x5p

タイトル

Crystal structure of FimH in complex with a benzoyl-amidophenyl alpha-D-mannopyranoside

要素

Protein FimH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

Bacterial Adhesin (アドヘシン) /

Pilus (性繊毛) / UPEC /

Antagonist Complex (受容体拮抗薬) /

cell adhesion (細胞接着)

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation /

性繊毛 / cell-substrate adhesion /

D-mannose binding / host cell membrane /

細胞接着
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.997 Å

データ登録者

Preston, R.C. / Jakob, R.P. / Fiege, B. / Zihlmann, P. / Rabbani, S. / Schwardt, O. / Jiang, X. / Ernst, B. / Maier, T.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: The Tyrosine Gate of the Bacterial Lectin FimH: A Conformational Analysis by NMR Spectroscopy and X-ray Crystallography.
著者: Fiege, B. / Rabbani, S. / Preston, R.C. / Jakob, R.P. / Zihlmann, P. / Schwardt, O. / Jiang, X. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2014年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x5p.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x5p.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x50C 4x5qC 4x5rC 1uwfS 4css 4cst S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g2r-2 4att-d 6gtw-4 5fwr-3 6g2s-8 6gty-2 5fwr-7 6g2s-7 5fwr-8 4av4-d 4xo8-1 4x5r-2 5l4x-2 6g2s-3 6gty-5 5l4y-2 4cst-d 4x50-1 4av0-1 5mts-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.840, 55.890, 61.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 17087.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物	ChemComp-3XJ / 4-{[3-chloro-4-(alpha-D-mannopyranosyloxy)phenyl]carbamoyl}benzoic acid 分子量: 453.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀ClNO₉
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: 20% PEG4000, 0.2 M NaH2PO4, pH 4.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.997→38.12 Å / Num. obs: 90597 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 0.997→1.032 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.933 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 89.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1779)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UWF

1uwf

解像度: 0.997→38.125 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1393	4466	4.93 %
R_work	0.1231	-	-
obs	0.1239	90594	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.997→38.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1196	0	31	308	1535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1353
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.569	1873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.489	490
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.635	214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9966-1.0079	0.2952	97	0.2591	2049	X-RAY DIFFRACTION	72
1.0079-1.0198	0.2091	140	0.2316	2846	X-RAY DIFFRACTION	98
1.0198-1.0322	0.2366	158	0.2098	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0322-1.0453	0.1938	155	0.1877	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0453-1.0591	0.1684	162	0.1761	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0591-1.0736	0.1758	172	0.1465	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0736-1.0889	0.1608	122	0.1451	2897	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0889-1.1052	0.1449	147	0.1279	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1052-1.1224	0.1388	161	0.1253	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1224-1.1408	0.1315	149	0.1125	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1408-1.1605	0.1255	143	0.1111	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1605-1.1816	0.127	132	0.1088	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1816-1.2043	0.1251	168	0.1084	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2043-1.2289	0.1369	154	0.1078	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2289-1.2557	0.1113	141	0.1088	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2557-1.2849	0.1396	142	0.1071	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2849-1.317	0.1315	156	0.1067	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.317-1.3526	0.1211	155	0.1035	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3526-1.3924	0.1241	146	0.1028	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3924-1.4374	0.1201	138	0.1038	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4374-1.4887	0.1175	171	0.1039	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4887-1.5483	0.1287	135	0.1016	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5483-1.6188	0.1286	132	0.1019	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6188-1.7042	0.1115	159	0.1088	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7042-1.8109	0.1411	156	0.1171	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8109-1.9507	0.1296	158	0.1161	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9507-2.147	0.1309	155	0.1153	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.4577	0.141	149	0.1217	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4577-3.0962	0.1362	161	0.1296	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0962-38.1533	0.1555	152	0.138	3137	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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