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- PDB-4xob: Crystal structure of a FimH*DsF complex from E.coli K12 with boun... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xob | |||||||||
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Title | Crystal structure of a FimH*DsF complex from E.coli K12 with bound heptyl alpha-D-mannopyrannoside | |||||||||
![]() |
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![]() | CELL ADHESION / foldase / prolyl isomerase / protein secretion / Gram-positive / isomerase | |||||||||
Function / homology | ![]() pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jakob, R.P. / Eras, J. / Navarra, G. / Ernst, B. / Glockshuber, R. / Maier, T. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH. Authors: Sauer, M.M. / Jakob, R.P. / Eras, J. / Baday, S. / Eris, D. / Navarra, G. / Berneche, S. / Ernst, B. / Maier, T. / Glockshuber, R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 629.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 537.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 56.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xo8C ![]() 4xo9C ![]() 4xoaC ![]() 4xocC ![]() 4xodC ![]() 4xoeC ![]() 1qunS ![]() 3mcyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 29081.314 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 22-300 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1639.768 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 23-37 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-KGM / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.55 Å3/Da / Density % sol: 65.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 30 % w/v PEG 5,000, 0.1 M MES monohydrate, 0.2 M Ammonium sulfate pH 6.5. 2.5fold excess ligand to protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99998 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.003→48.131 Å / Num. obs: 35265 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.003→3.18 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.073 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 5614 / % possible all: 97.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3mcy, 1qun Resolution: 3.003→48.131 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.003→48.131 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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