[日本語] English
万見
- PDB-1qun: X-RAY STRUCTURE OF THE FIMC-FIMH CHAPERONE ADHESIN COMPLEX FROM U... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qun
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE FIMC-FIMH CHAPERONE ADHESIN COMPLEX FROM UROPATHOGENIC E.COLI
要素
  • MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
  • PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
キーワードCHAPERONE/STRUCTURAL PROTEIN / CHAPERONE ADHESIN DONOR STRAND COMPLEMENTATION / CHAPERONE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / : / protein folding chaperone / cell wall organization ...pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / : / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Chaperone protein FimC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Choudhury, D. / Thompson, A. / Stojanoff, V. / Langerman, S. / Pinkner, J. / Hultgren, S.J. / Knight, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: X-ray structure of the FimC-FimH chaperone-adhesin complex from uropathogenic Escherichia coli.
著者: Choudhury, D. / Thompson, A. / Stojanoff, V. / Langermann, S. / Pinkner, J. / Hultgren, S.J. / Knight, S.D.
履歴
登録1999年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
B: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
C: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
D: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
E: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
F: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
G: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
H: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
I: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
J: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
K: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
L: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
M: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
N: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
O: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
P: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,20316
ポリマ－414,20316
非ポリマー00
水1,15364
1
A: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
B: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
2
C: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
D: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
3
E: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
F: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
4
G: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
H: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
5
I: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
J: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
6
K: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
L: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
7
M: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
N: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
8
O: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
P: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7752
ポリマ－51,7752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
9
E: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
F: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

E: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
F: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

M: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
N: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

M: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
N: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,1018
ポリマ－207,1018
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_656-x+3/2,y+1/2,-z+11
Buried area19000 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area82450 Å2
手法PISA
10
A: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
B: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
O: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
P: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

G: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
H: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH
K: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
L: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,1018
ポリマ－207,1018
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area18980 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area82480 Å2
手法PISA
11
C: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
D: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

C: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
D: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

I: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
J: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH

I: PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC
J: MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,1018
ポリマ－207,1018
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
Buried area18810 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area82660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.410, 139.570, 215.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
PAPD-LIKE CHAPERONE FIMC


分子量: 22694.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質
MANNOSE-SPECIFIC ADHESIN FIMH


分子量: 29081.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Ammonium Sulphate, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
pH: 8.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14 mg/mlFimC-FimH1drop
2300 mMC-HEGA1drop
31 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoirpH8.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 182983 / Num. obs: 142580 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.253

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 7129 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all-182983 --
obs-142580 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28800 0 0 64 28864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る