PDB-4xmk: Crystal structure of Fab of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xmk

タイトル

Crystal structure of Fab of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424 in complex with JR-FL V3 peptide

要素

HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide
Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424
Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

キーワード

immune system/viral protein / HIV-1 gp120 / monoclonal antibody / immune system-viral protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.179 Å

データ登録者

Kong, X.-P. / Pan, R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI100151	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI082274	米国

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Functional and Structural Characterization of Human V3-Specific Monoclonal Antibody 2424 with Neutralizing Activity against HIV-1 JRFL.
著者: Kumar, R. / Pan, R. / Upadhyay, C. / Mayr, L. / Cohen, S. / Wang, X.H. / Balasubramanian, P. / Nadas, A. / Seaman, M.S. / Zolla-Pazner, S. / Gorny, M.K. / Kong, X.P. / Hioe, C.E.

履歴

登録	2015年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月31日	Group: Other
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xmk.cif.gz	258 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xmk.ent.gz	208.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xmk_validation.pdf.gz	487.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xmk_full_validation.pdf.gz	514.1 KB	表示
XML形式データ	4xmk_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	4xmk_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/4xmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/4xmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xmlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mvj-1 1q9k-d 5mv3-3 5trp-d 3okm-d 3inu-1 5v6l-1 3ijh-1 1q9l-2 5mp5-3 5ik3-2 6bzu-3 5mu2-7 2or9-2 6bzu-2 5mv4-4 6bzv-1 6wg0-d 5a16-4 1bln-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

H: Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

P: HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide

M: Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

I: Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

Q: HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide

N: Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

J: Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

R: HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide

145 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

H: Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

P: HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 3 ポリマー
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2

M: Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

I: Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

Q: HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 3 ポリマー
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3

N: Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

J: Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424

R: HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.952, 122.254, 140.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
1	2
2	2
3	2
1	3
2	3
3	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'L' and (resseq 2:210 )
2	1	1	chain 'M' and (resseq 2:210 )
3	1	1	chain 'N' and (resseq 2:210 )
1	1	2	chain 'H' and (resseq 1:126 or resseq 135:213 )
2	1	2	chain 'I' and (resseq 1:126 or resseq 135:213 )
3	1	2	chain 'J' and (resseq 1:126 or resseq 135:213 )
1	1	3	chain 'P' and (resseq 301:320 )
2	1	3	chain 'Q' and (resseq 301:320 )
3	1	3	chain 'R' and (resseq 301:320 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Light chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424 分子量: 23533.193 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Heavy chain of HIV-1 gp120 V3-specific human monoclonal antibody 2424 分子量: 23696.426 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	HIV-1 JR-FL gp120 V3 peptide 分子量: 1233.419 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P05877*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Li2SO4, Tris, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.179→50 Å / Num. obs: 53260 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 3.18→3.37 Å / 冗長度: 14.6 % / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化

精密化

解像度: 3.179→48.282 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2832	2657	4.99 %
R_work	0.2248	-	-
obs	0.2277	53260	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.179→48.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10085	0	0	0	10085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10337
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	14040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.967	3694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1813

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	L	1646	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	M	1646	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	3	N	1635	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
2	1	H	1619	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	I	1619	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
2	3	J	1619	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
3	1	P	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	Q	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
3	3	R	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1791-3.2369	0.3882	141	0.3188	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2369-3.2991	0.3787	140	0.3102	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2991-3.3665	0.3218	144	0.3015	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3665-3.4396	0.3981	137	0.292	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4396-3.5196	0.3624	141	0.2953	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5196-3.6076	0.3745	140	0.2757	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6076-3.7051	0.3293	137	0.264	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7051-3.8141	0.2678	142	0.2392	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8141-3.9372	0.3119	136	0.2414	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9372-4.0778	0.295	143	0.2453	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0778-4.241	0.3095	137	0.2298	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.241-4.4339	0.2953	142	0.2123	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4339-4.6675	0.2562	143	0.2062	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6675-4.9596	0.2574	141	0.1984	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9596-5.3421	0.2686	138	0.1845	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3421-5.8789	0.2302	138	0.1928	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8789-6.7276	0.2303	143	0.2	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7276-8.4686	0.224	134	0.1859	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
8.4686-48.2872	0.2227	140	0.1795	2662	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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