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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v5q | ||||||||||||
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タイトル | The crystal structure of EF-Tu and G24A-tRNA-Trp bound to a near- cognate codon on the 70S ribosome | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / HIRSH TRNA | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Schmeing, T.M. / Voorhees, R.M. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: How Mutations in tRNA Distant from the Anticodon Affect the Fidelity of Decoding. 著者: Schmeing, T.M. / Voorhees, R.M. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 912.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4v5pC ![]() 4v5rC ![]() 4v5sC ![]() 2wrn ![]() 2jl5 ![]() 2jl7 C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 AACAAVAWCVCWAXCXAYCYBADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AVY. 由来: (天然) ![]() ![]() #22: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | 分子量: 8808.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #24: RNA鎖 | 分子量: 24813.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MUTATION AT G24A / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: RNA鎖 | 分子量: 947975.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4 由来: (天然) ![]() ![]() #37: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AZCZ
#25: タンパク質 | 分子量: 44709.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 62分子 B0D0B1D1B2D2B3D3B4D4B5D5B6D6B7D7B8D8B9D9BCDCBDDDBEDEBFDFBGDG...
-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/KIR.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/KIR.gif)
#59: 化合物 | ChemComp-ZN / #60: 化合物 | #61: 化合物 | |
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-詳細
配列の詳細 | G24A MUTATION |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.3 詳細: 100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.2% (W/V) PEG20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9535 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 1105502 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.27 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 61.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 6.19 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WRN ![]() 2wrn 解像度: 3.1→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 13186381 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2195 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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