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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v5g | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of the 70S ribosome bound to EF-Tu and tRNA | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN BIOSYNTHESIS / TRANSLATION / ZINC-FINGER / RNA-BINDING / RRNA-BINDING / METAL-BINDING / ELONGATION FACTOR / TRNA / EF-TU / GTPASE / DECODING | |||||||||
機能・相同性 | ![]() translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schmeing, T.M. / Voorhees, R.M. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the ribosome bound to EF-Tu and aminoacyl-tRNA. 著者: Schmeing, T.M. / Voorhees, R.M. / Kelley, A.C. / Gao, Y.G. / Murphy, F.V. / Weir, J.R. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1 MB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999932, -0.011239, 0.003138), ベクター: |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 AACAAVAWCVCWAXCXAYCYBADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E.COLI STRUCTURE IN 2AVY. 由来: (天然) ![]() ![]() #22: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | 分子量: 8767.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #24: RNA鎖 | 分子量: 24873.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: RNA鎖 | 分子量: 947935.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4 由来: (天然) ![]() ![]() #37: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 2-132 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AZCZ
#25: タンパク質 | 分子量: 44841.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 62分子 B0D0B1D1B2D2B3D3B4D4B5D5B6D6B7D7B8D8B9D9BCDCBDDDBEDEBFDFBGDG...
-非ポリマー , 5種, 16分子 ![](data/chem/img/PAR.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/KIR.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/KIR.gif)
#59: 化合物 | #60: 化合物 | ChemComp-ZN / #61: 化合物 | #62: 化合物 | #63: 化合物 | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THREONINE AMINO ACID (THR): THIS IS A THERONINE RESIDUE THAT IS ATTACHED TO THE 3' END OF THE A- ...THREONINE AMINO ACID (THR): THIS IS A THERONINE RESIDUE THAT IS ATTACHED TO THE 3' END OF THE A-SITE TRNA, CHAIN Y PAROMOMYCI |
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配列の詳細 | CHAIN Z INDICATED TO BE THERMUS THERMOPHILUS HB8 ELONGATION FACTOR TU (NCBI GENPEPT,GI 55981663) BY ...CHAIN Z INDICATED TO BE THERMUS THERMOPHIL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.3 詳細: 100 MM MES PH 6.3, 22-25 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, 5.4% (W/V) PEG20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9835 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 665420 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 6.15 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.9 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 85.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 2J00, 2J01 解像度: 3.6→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.0991 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 107.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.6→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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