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- PDB-4v47: Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v47
タイトルReal space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 25
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / EF-G.GTP-bound state / ratchet-like movement / real-space refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site ...Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S12, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L16 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Gao, H. / Sengupta, J. / Valle, M. / Korostelev, A. / Eswar, N. / Stagg, S.M. / Van Roey, P. / Agrawal, R.K. / Harvey, S.T. / Sali, A. ...Gao, H. / Sengupta, J. / Valle, M. / Korostelev, A. / Eswar, N. / Stagg, S.M. / Van Roey, P. / Agrawal, R.K. / Harvey, S.T. / Sali, A. / Chapman, M.S. / Frank, J.
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2003
タイトル: Study of the structural dynamics of the E coli 70S ribosome using real-space refinement.
著者: Haixiao Gao / Jayati Sengupta / Mikel Valle / Andrei Korostelev / Narayanan Eswar / Scott M Stagg / Patrick Van Roey / Rajendra K Agrawal / Stephen C Harvey / Andrej Sali / Michael S Chapman / Joachim Frank /
要旨: Cryo-EM density maps showing the 70S ribosome of E. coli in two different functional states related by a ratchet-like motion were analyzed using real-space refinement. Comparison of the two resulting ...Cryo-EM density maps showing the 70S ribosome of E. coli in two different functional states related by a ratchet-like motion were analyzed using real-space refinement. Comparison of the two resulting atomic models shows that the ribosome changes from a compact structure to a looser one, coupled with the rearrangement of many of the proteins. Furthermore, in contrast to the unchanged inter-subunit bridges formed wholly by RNA, the bridges involving proteins undergo large conformational changes following the ratchet-like motion, suggesting an important role of ribosomal proteins in facilitating the dynamics of translation.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Solution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 A resolution
著者: Gabashvili, I.S. / Agrawal, R.K. / Spahn, C.M.T. / Grassucci, R. / Svergun, D.I. / Frank, J. / Penczek, P.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: A ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation
著者: Frank, J. / Agrawal, R.K.
履歴
登録2003年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1P85, 1P6G
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月18日Group: Other
改定 1.32018年1月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / em_image_scans
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A0: 23S ribosomal RNA
A9: 5S ribosomal RNA
AA: 50S ribosomal protein L2
AB: 50S ribosomal protein L3
AC: 50S ribosomal protein L4
AD: 50S ribosomal protein L5
AE: 50S ribosomal protein L6
AF: 50S ribosomal protein L9
AG: 50S ribosomal protein L11
AH: 50S ribosomal protein L13
AI: 50S ribosomal protein L14
AJ: 50S ribosomal protein L15
AK: 50S ribosomal protein L16
AL: 50S ribosomal protein L17
AM: 50S ribosomal protein L18
AN: 50S ribosomal protein L19
AO: 50S ribosomal protein L20
AQ: 50S ribosomal protein L22
AR: 50S ribosomal protein L23
AS: 50S ribosomal protein L24
AT: 50S ribosomal protein L25
AU: 50S ribosomal protein L27
AW: 50S ribosomal protein L29
AX: 50S ribosomal protein L30
AZ: 50S ribosomal protein L32
A1: 50S ribosomal protein L33
A4: 50S ribosomal protein L36
BA: 16S RIBOSOMAL RNA
BC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
BD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
BE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
BF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
BG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
BH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
BI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
BJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
BK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
BL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
BN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
BO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
BP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
BQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
BR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
BS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
BT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,075,02446
ポリマ－2,075,02446
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 A0A9BA

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: EMBL: 2073407
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: EMBL: 42753
#28: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: EMBL: V00348

+
50S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAQARASATAUAWAXAZA1A4

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P60422
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P60438
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P60723
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P62399
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02390, UniProt: P0AG56*PLUS
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7J7
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0AA10
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02411, UniProt: P0ADY4*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02413
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02414, UniProt: P0ADY7*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02416, UniProt: P0AG47*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0C018
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P61175
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02424, UniProt: P0ADZ2*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P60624
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P68919
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02430, UniProt: P0AG54*PLUS
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 18種, 18分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBT

#29: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#30: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#31: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#32: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02358
#33: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02359
#34: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#35: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#36: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#37: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#38: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#39: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#40: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02370, UniProt: P0AG60*PLUS
#41: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02371, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#42: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#43: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P02373, UniProt: P0AG66*PLUS
#44: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#45: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#46: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: UniProt: P0A7U7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli 70S ribosome -EF-G.GTP complex / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: Tris / pH: 7.5 / 詳細: Tris
試料濃度: 32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結詳細: Rapid-freezing in liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2001年1月15日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 49696 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1RSRefモデルフィッティング
2RSRefモデルフィッティングTNT
CTF補正詳細: CTF correction of 3D-maps
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Reference based alignment / 解像度: 12.3 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 2.8 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.82 Å / 倍率補正: TMV / 詳細: SPIDER package / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: cross-correlation coefficient, real space R factor
詳細: METHOD--auto REFINEMENT PROTOCOL--Multi-rigid body, real-space refinement
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11IBL

1ibl

11IBL1PDBexperimental model
21FJG

1fjg

11FJG2PDBexperimental model
31FFK

1ffk

11FFK3PDBexperimental model
41JJ2

1jj2

11JJ24PDBexperimental model
51LNR

1lnr
PDB 未公開エントリ

11LNR5PDBexperimental model
61GIY

1giy
PDB 未公開エントリ

11GIY6PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 2644 0 0 5261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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