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- PDB-4ryv: Crystal structure of yellow lupin LLPR-10.1A protein in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ryv
タイトルCrystal structure of yellow lupin LLPR-10.1A protein in complex with trans-zeatin
要素Protein LLPR-10.1A
キーワードPLANT PROTEIN / PR-10 FOLD / LIGAND BINDING / PHYTOHORMONE BINDING PROTEIN / TRANS-ZEATIN / CYTOKININ
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding ...cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / Protein LlR18A
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Dolot, R. / Michalska, K. / Sliwiak, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystallographic and CD probing of ligand-induced conformational changes in a plant PR-10 protein.
著者: Sliwiak, J. / Dolot, R. / Michalska, K. / Szpotkowski, K. / Bujacz, G. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein LLPR-10.1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9417
ポリマ－16,7491
非ポリマー1,1926
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein LLPR-10.1A
ヘテロ分子

A: Protein LLPR-10.1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,88214
ポリマ－33,4982
非ポリマー2,38512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-11.6 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.970, 63.910, 47.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-487-

HOH

21A-519-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein LLPR-10.1A / LlPR10.1A


分子量: 16748.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
遺伝子: LLR18A / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P52778
#2: 化合物
ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン


分子量: 219.243 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0605
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月29日
放射モノクロメーター: SINGLE ASYMMETRICALLY CUT SI(111) CRYSTAL WITH HORIZONTAL DIFFRACTION PLANE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0605 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→99 Å / Num. obs: 34754 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24.74
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 6.48 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
IS4CCDIデータ収集
MOLREP10.2.31位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ICX

1icx


解像度: 1.38→42.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.961 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17013 896 2.6 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.14274 33857 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å2-1.12 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→42.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1183 0 85 221 1489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9872.0461852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88833004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5435174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.23126.15452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.7615231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.912151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4151.171645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.411.169644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6331.774812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5461.681717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.78232652
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free45.271563
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.57152774
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 59 -
Rwork0.208 2482 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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