PDB-4r96: Structure of a Llama Glama Fab 48A2 against human cMet

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r96

タイトル

Structure of a Llama Glama Fab 48A2 against human cMet

要素

Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain
Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domains / cMet

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Llama Glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.31 Å

データ登録者

Klarenbeek, A. / El Mazouari, K. / Desmyter, A. / Blanchetot, C. / Hultberg, A. / Roovers, R.C. / Cambillau, C. / Spinelli, S. / Del-Favero, J. / Verrips, T. ...

引用

ジャーナル: MAbs / 年: 2015
タイトル: Camelid Ig V genes reveal significant human homology not seen in therapeutic target genes, providing for a powerful therapeutic antibody platform.
著者: Klarenbeek, A. / Mazouari, K.E. / Desmyter, A. / Blanchetot, C. / Hultberg, A. / de Jonge, N. / Roovers, R.C. / Cambillau, C. / Spinelli, S. / Del-Favero, J. / Verrips, T. / de Haard, H.J. / Achour, I.

履歴

登録	2014年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r96.cif.gz	638.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r96.ent.gz	530.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r96_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r96_full_validation.pdf.gz	533.1 KB	表示
XML形式データ	4r96_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	4r96_validation.cif.gz	87.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r90C 2vxsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ell-2 5b6f-2 5ijk-2 3inu-1 4zyk-2 5ik3-1 3mnv-2 5mv3-3 4mhj-9 6tcp-2 5mub-2 1aif-2 6be3-d 1clz-2 6cdm-1 5dlm-2 5vh4-1 5mv4-4 2vl5-2 5mv3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

C: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

E: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

L: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

B: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

D: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

F: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

H: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

192 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

B: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

D: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

F: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
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4

L: Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain

H: Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.020, 121.540, 185.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Llama glama Fab 48A2 against human cMet L chain 分子量: 24425.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Llama Glama (ラマ) / 細胞内の位置 (発現宿主): Ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Llama glama Fab 48A2 against human cMet H chain 分子量: 23458.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Llama Glama (ラマ) / 細胞内の位置 (発現宿主): Ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 6 詳細: in 1.4 M Na Malonate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月4日
放射	モノクロメーター: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI- MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→45 Å / Num. obs: 35909 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 34.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VXS

2vxs

解像度: 3.31→43.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.802 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.741 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	3580	9.98 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.221	35872	-	-
all	-	35872	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.2825 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-33.0381 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.7556 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.673 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.31→43.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13302	0	0	234	13536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13620	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.25	18546	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4481	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		313	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1977	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13620	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.82
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.95
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	1799	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	14395	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.31→3.41 Å / Total num. of bins used: 18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3146	277	9.95 %
R_work	0.2392	2508	-
all	0.2468	2785	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7899	-0.082	-0.8379	0.0547	-1.1017	1.0582	-0.0011	0.0005	0.0062	0.0022	-0.0006	-0.013	-0.0015	-0.0059	0.0017	-0.0368	0.052	0.0273	0.0407	0.0251	-0.0175	-4.5562	19.4123	5.6244
2	0.7466	-0.4912	0.0788	0	-0.4576	0.1743	0.0002	0.0058	-0.0038	-0.0025	0.0003	0.0021	0.0011	0.0006	-0.0005	-0.0297	-0.0127	0.0119	0.0208	0.0119	0.0108	28.2859	14.63	-13.9002
3	0.4721	-0.5534	-0.6322	0.4024	0.9015	0.4233	-0.0014	0.0074	-0.0097	0.0106	-0.0077	0.0067	0.0087	-0.0072	0.0091	0.0059	-0.0262	0.0282	0.0143	-0.0291	-0.0091	-13.2228	16.3945	-14.1089
4	0.7123	0.5093	-0.592	0.5765	-1.0471	0.2806	0.0021	0.0208	0.0017	0.0081	0.0033	-0.0045	0.0136	-0.0048	-0.0054	-0.0069	0.0264	-0.0202	0.0236	0.0151	0.0241	15.1544	6.2118	-20.095
5	0.6603	0.0345	0.1246	0	0.2979	0.9201	0.0021	0.0039	0.0031	-0.0094	0.0002	0.005	0.0018	-0.0015	-0.0023	-0.022	-0.0001	0.0032	0.0451	0.0007	-0.0094	42.8072	-21.6385	-27.4661
6	1.1688	0.1944	0.4261	0	0.7966	0.2753	0.0012	0.0144	0.0081	-0.0013	0.0079	0.0157	-0.0036	-0.0014	-0.0092	-0.0286	0.0034	-0.0154	0.032	-0.0191	0.0059	9.8926	-15.9539	-6.0619
7	0.3571	0.0013	-0.0208	0.0347	0.3959	0.5049	-0.0011	-0.0115	0.0033	-0.0073	-0.003	-0.0084	0.0025	-0.001	0.0041	-0.0129	0.0102	-0.021	0.021	0.0088	0.0073	50.9494	-12.2091	-9.7127
8	0.6091	-0.329	-0.3626	0.2041	-0.5075	0.6765	0.0002	-0.0008	-0.0091	0.0029	-0.0031	-0.0008	-0.0015	-0.0007	0.0029	-0.0054	-0.0244	0.0018	0.0299	0.019	0.0025	24.711	-18.1405	2.7326
9	0.3709	0.3622	0.0707	0.0001	1.0296	0.947	0.0021	0.0115	-0.0063	-0.0071	0.0032	0.0159	-0.008	0.0051	-0.0053	-0.0221	-0.0262	-0.0042	0.0398	-0.0087	-0.0151	63.9028	18.3713	6.1062
10	1.0816	0.6079	0.6661	0	0.8953	0.5083	0.003	0.0056	0.0101	0.0008	-0.0047	0.0114	-0.0034	0.0006	0.0018	-0.0178	0.0106	0.051	0.0338	-0.0407	-0.0081	31.5928	18.2786	24.7358
11	0.4784	-0.1377	0.2621	0.252	0.1107	0.7108	0.002	-0.0026	-0.0084	-0.0049	-0.0065	-0.0054	0.0089	0.0049	0.0045	0.0009	0.042	0.0071	0.0207	-0.0103	-0.002	72.4376	19.0122	26.0479
12	0.3275	0.0132	-0.3385	0.2942	-0.0901	1.4466	0	-0.0004	-0.0068	0.0039	0.0055	0.0003	-0.0074	-0.0042	-0.0055	0.0269	-0.022	-0.0038	0.0123	-0.0081	-0.0055	43.3844	9.8749	33.9655
13	1.0488	-0.281	0.3802	0.2035	0.5607	0.9435	0.0003	-0.0037	-0.0005	0.0077	0.0006	-0.0063	0.0084	-0.0035	-0.0009	-0.0184	-0.0062	-0.0028	0.0343	0.0077	-0.002	27.7531	-35.152	25.4142
14	0.9704	0.2311	-0.8118	0	0.8044	0.1691	-0.0009	-0.0056	-0.0064	0.0107	-0.0045	-0.0052	0.0004	-0.0019	0.0054	-0.0296	-0.0109	0.0084	0.028	-0.0029	-0.0079	61.3956	-25.5282	39.6278
15	0.4292	0.061	-0.0646	0.1258	0.4839	0.5933	0	-0.0036	0.0046	-0.0024	0.0054	0.0137	-0.0035	0.0034	-0.0054	-0.0039	0.0053	-0.0233	0.0306	-0.0076	-0.0331	20.7651	-22.7313	41.7955
16	0.0174	0.0309	-0.0099	0.1228	0.0158	0.0116	0	-0.0009	0	-0.0016	-0.0007	-0.0007	0	0.0004	0.0007	0.0064	-0.0001	-0.0067	0.006	0.0011	0.002	33.2938	-17.578	46.2474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{L\|0 - L\|110}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{L\|111 - L\|220}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{H\|1 - H\|110}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{H\|111 - H\|219}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|0 - A\|110}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|111 - A\|218}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|1 - B\|110}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|111 - B\|219}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|0 - C\|110}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|111 - C\|218}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|1 - D\|110}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|111 - D\|219}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{E\|0 - E\|110}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{E\|111 - E\|220}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{F\|1 - F\|110}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{F\|111 - F\|119}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)