PDB-4py7: Crystal Structure of Fab 3.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4py7

タイトル

Crystal Structure of Fab 3.1

要素

antibody 3.1 heavy chain
antibody 3.1 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin Fab fragment / neutralizing antibody / hemagglutinin glycoproteins

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Dreyfus, C.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Alternative Recognition of the Conserved Stem Epitope in Influenza A Virus Hemagglutinin by a VH3-30-Encoded Heterosubtypic Antibody.
著者: Wyrzucki, A. / Dreyfus, C. / Kohler, I. / Steck, M. / Wilson, I.A. / Hangartner, L.

履歴

登録	2014年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4py7.cif.gz	168.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4py7.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4py7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4py7_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4py7_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	4py7_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	4py7_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4py7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/4py7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4py8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rzi-6 3hc3-d 1rzi-7 6yxl-d 7lka-3 3qg7-d 5ggu-2 4wht-6 4yo0-1 1nak-2 3egs-d 6uul-2 5itb-d 3idi-d 4yny-1 5cd3-3 1fig-d 3hi5-d 6ubi-1 2ajz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

I: antibody 3.1 heavy chain

J: antibody 3.1 light chain

A: antibody 3.1 heavy chain

B: antibody 3.1 light chain

93.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

I: antibody 3.1 heavy chain

J: antibody 3.1 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: antibody 3.1 heavy chain

B: antibody 3.1 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.842, 73.842, 207.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: 抗体	antibody 3.1 heavy chain 分子量: 23603.652 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	antibody 3.1 light chain 分子量: 23159.715 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M calcium acetate, 10% PEG8000, 100 mM Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 75 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.71941 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射	モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.71941 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 30297 / Num. obs: 30297 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 14.868 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.029 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2727	1521	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22762	-	-	-
obs	0.22998	28423	98.13 %	-
all	-	29944	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.001 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6498	0	0	0	6498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.951	9056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.314	5	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.137	23.969	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.082	15	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.833	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.626	1.5	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.464	3	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.553	4.5	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.452	116	-
R_work	0.348	2117	-
obs	-	-	98.81 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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