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- PDB-4ptt: Crystal Structure of anti-23F strep Fab C05 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ptt
タイトルCrystal Structure of anti-23F strep Fab C05
要素
  • Antibody pn132p2C05, heavy chain
  • Antibody pn132p2C05, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab fragment / 23F / Rhamnose
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bryson, S. / Risnes, L. / Damgupta, S. / Thomson, C.A. / Smith, K. / Schrader, J.W. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structures of Preferred Human IgV Genes-Based Protective Antibodies Identify How Conserved Residues Contact Diverse Antigens and Assign Source of Specificity to CDR3 Loop Variation.
著者: Bryson, S. / Thomson, C.A. / Risnes, L.F. / Dasgupta, S. / Smith, K. / Schrader, J.W. / Pai, E.F.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody pn132p2C05, light chain
B: Antibody pn132p2C05, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5326
ポリマ－48,2632
非ポリマー2694
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.140, 48.760, 80.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-780-

HOH

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要素

#1: 抗体 Antibody pn132p2C05, light chain


分子量: 23534.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle
#2: 抗体 Antibody pn132p2C05, heavy chain


分子量: 24728.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Na Acetate, 20% PEG 1500, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月9日 / 詳細: Osmic VariMaxTM
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.7 Å / Num. all: 40827 / Num. obs: 40261 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.82 % / Rsym value: 0.0324 / Net I/σ(I): 44.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 25.3 / Num. unique all: 3099 / Rsym value: 0.0586 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry HIE

解像度: 1.8→35.7 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 2024 5.03 %Random
Rwork0.171 ---
obs0.1723 40216 98.56 %-
all-40804 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 18 332 3636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1524598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5241201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.20581360.15782638X-RAY DIFFRACTION97
1.845-1.89490.2341340.15952682X-RAY DIFFRACTION97
1.8949-1.95060.22181460.1642727X-RAY DIFFRACTION98
1.9506-2.01360.16761650.15682628X-RAY DIFFRACTION98
2.0136-2.08550.18831320.16132734X-RAY DIFFRACTION98
2.0855-2.16890.20931380.16182700X-RAY DIFFRACTION99
2.1689-2.26760.21351340.17252742X-RAY DIFFRACTION99
2.2676-2.38710.2181650.1792707X-RAY DIFFRACTION99
2.3871-2.53650.21221380.18782772X-RAY DIFFRACTION99
2.5365-2.73210.21171690.19172726X-RAY DIFFRACTION100
2.7321-3.00670.21611480.19142762X-RAY DIFFRACTION100
3.0067-3.44080.2211460.17992745X-RAY DIFFRACTION99
3.4408-4.33150.18131370.16232779X-RAY DIFFRACTION98
4.3315-25.22370.13721360.15522850X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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