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- PDB-4plb: Crystal Structure of S.A. gyrase-AM8191 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4plb
タイトルCrystal Structure of S.A. gyrase-AM8191 complex
要素
  • Chimera protein of DNA gyrase subunits B and A
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
キーワードISOMERASE/ISOMERASE Inhibitor/DNA / gyase inhibitor complex / ISOMERASE-ISOMERASE Inhibitor-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31N / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Lu, J. / Patel, S. / Soisson, S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Oxabicyclooctane-linked novel bacterial topoisomerase inhibitors as broad spectrum antibacterial agents.
著者: Singh, S.B. / Kaelin, D.E. / Wu, J. / Miesel, L. / Tan, C.M. / Meinke, P.T. / Olsen, D. / Lagrutta, A. / Bradley, P. / Lu, J. / Patel, S. / Rickert, K.W. / Smith, R.F. / Soisson, S. / Wei, C. ...著者: Singh, S.B. / Kaelin, D.E. / Wu, J. / Miesel, L. / Tan, C.M. / Meinke, P.T. / Olsen, D. / Lagrutta, A. / Bradley, P. / Lu, J. / Patel, S. / Rickert, K.W. / Smith, R.F. / Soisson, S. / Wei, C. / Fukuda, H. / Kishii, R. / Takei, M. / Fukuda, Y.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Data collection
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
B: Chimera protein of DNA gyrase subunits B and A
D: Chimera protein of DNA gyrase subunits B and A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,32910
ポリマ－168,4224
非ポリマー9086
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16230 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area56470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.310, 93.310, 410.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 EFBD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 6135.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Chimera protein of DNA gyrase subunits B and A


分子量: 78074.922 Da / 分子数: 2
Fragment: DNA gyrase subunit B (UNP P0A0K8 residues 410-543 and 580-644), DNA gyrase subunit A (UNP P20831 residues 2-491)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, gyrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0K8, UniProt: P20831, EC: 5.99.1.3

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非ポリマー , 4種, 79分子

#3: 化合物 ChemComp-31N / 6-[({(1r,4S)-1-[(1S)-2-(3-fluoro-6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)-1-hydroxyethyl]-2-oxabicyclo[2.2.2]oct-4-yl}amino)methyl]-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one


分子量: 509.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28FN5O5
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15.33 % PEG MME 5K, 50 mM Bis-Tris pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→410.2 Å / Num. obs: 55628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 68.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.69→2.84 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.9.7 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.69→27.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9402 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9166 / SU R Cruickshank DPI: 0.525 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.454 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.269
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2812 5.07 %RANDOM
Rwork0.1765 ---
obs0.1788 55447 99.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4436 Å20 Å20 Å2
2--2.4436 Å20 Å2
3----4.8871 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.303 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→27.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10580 800 54 73 11507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111675HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2115927HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4425SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes311HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1612HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it11675HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1548SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13200SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 210 5.42 %
Rwork0.205 3664 -
all0.2082 3874 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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