PDB-4of7: Crystal Structure of SYG-1 D1, Crystal Form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4of7

タイトル

Crystal Structure of SYG-1 D1, Crystal Form 2

要素

Protein SYG-1, isoform b

キーワード

CELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Synaptogenesis / Protein Binding / N-linked Glycosylation / Membrane / Extracellular / SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / branching morphogenesis of a nerve / synaptic target recognition / collateral sprouting / actin filament bundle assembly / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane / synapse organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ozkan, E. / Garcia, K.C.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Extracellular Architecture of the SYG-1/SYG-2 Adhesion Complex Instructs Synaptogenesis.
著者: Ozkan, E. / Chia, P.H. / Wang, R.R. / Goriatcheva, N. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Walz, T. / Shen, K. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2014年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4of7_validation.pdf.gz	485 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4of7_full_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示
XML形式データ	4of7_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	4of7_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4of7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4of7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4of0SC 4of3C 4of6C 4of8C 4ofdC 4ofiC 4ofkC 4ofpC 4ofyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yuz-d 2kdg-d 3rrq-d 5f7h-2 4s11-d 5f7h-1 6sdb-3 2rql-d 1ov9-d 5icu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (2)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
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血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
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麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein SYG-1, isoform b

B: Protein SYG-1, isoform b

C: Protein SYG-1, isoform b

D: Protein SYG-1, isoform b

ヘテロ分子

54.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein SYG-1, isoform b

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein SYG-1, isoform b

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein SYG-1, isoform b

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein SYG-1, isoform b

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	129.179, 129.179, 141.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-374- HOH
2	1	C-1012- HOH

#1: タンパク質

Protein SYG-1, isoform b

分子量: 13371.917 Da / 分子数: 4 / 断片: D1, UNP residues 19-129 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: CELE_K02E10.8, K02E10.8, syg-1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: B1Q236

#2: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 32.5% PEG 3,350, 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 34516 / Num. obs: 34491 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 34.33 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1265)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4OF0

4of0

解像度: 2.1→44.302 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2276	1721	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2017	-	-	-
all	0.203	35213	-	-
obs	0.203	34491	97.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3394	0	62	347	3803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	4758
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.51	1315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	543
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1601	0.2734	119	0.2541	2288	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1601-2.2298	0.2979	114	0.2495	2600	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2298-2.3095	0.3185	134	0.2542	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3095-2.402	0.2818	150	0.2526	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.402-2.5113	0.327	144	0.2586	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5113-2.6437	0.2618	159	0.2387	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6437-2.8093	0.2813	160	0.2344	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8093-3.0262	0.2542	143	0.2173	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0262-3.3306	0.2242	144	0.2023	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3306-3.8123	0.1965	168	0.1864	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8123-4.8022	0.185	142	0.1518	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8022-44.3119	0.1927	144	0.1879	2961	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0792	5.3986	3.2163	5.3554	-2.6639	2.4131	-0.6888	-0.3264	0.6393	-0.1811	0.306	0.4223	-0.1928	-1.0513	0.4068	0.318	0.0155	0.0267	0.5139	-0.0441	0.3887	-44.27	15.5327	9.7421
2	8.2719	-1.0033	2.1948	3.5833	-1.0682	6.2813	0.0075	-0.2305	-0.5358	0.2555	-0.1253	0.0424	0.41	0.6612	0.1624	0.2438	0.0022	0.0395	0.2553	0.0743	0.1765	-23.7222	6.2437	9.6694
3	5.8387	-0.8061	-0.4971	4.3959	-1.8178	9.8359	-0.2034	-0.1047	-0.2438	0.0796	0.0056	0.9639	0.4925	-0.9968	0.1087	0.2556	-0.0803	0.0309	0.3118	-0.0544	0.3927	-42.1702	14.167	5.0298
4	2.2028	2.1098	6.1904	2.4615	2.8294	9.3783	-0.1537	0.2117	1.3311	-0.1811	-0.2629	0.1419	-1.0935	0.711	0.4542	0.3372	-0.0672	0.0212	0.2952	0.0895	0.3907	-27.8057	20.1719	4.6854
5	7.0791	-4.6393	0.5662	2.0239	2.0439	2.0271	-0.058	0.6425	-0.0106	-0.2317	-0.4941	0.0432	0.832	-0.5293	0.5836	0.4747	-0.0426	-0.0201	0.4179	0.1119	0.3522	-33.0544	13.5669	-4.9954
6	8.7613	1.2942	-3.66	2.0251	-1.713	9.2219	-0.536	0.0275	0.3776	-0.6537	-0.5905	-0.2034	-0.8749	-0.3322	0.8041	0.3258	-0.0068	-0.0664	0.2988	0.0269	0.4158	-26.351	14.9918	-6.1609
7	9.6898	1.0893	-7.7106	6.6175	-3.679	2.2457	-0.2707	0.0226	-0.0137	-0.714	-0.5715	-0.0901	0.2854	0.0697	0.8395	0.2702	0.0357	0.0031	0.3363	0.0118	0.2439	-24.8508	11.6244	-1.9776
8	9.0982	5.9885	0.9087	8.3771	5.5637	5.7931	-0.4503	0.6834	-1.785	-0.169	-0.049	0.6895	0.6876	-0.9909	0.2146	0.3442	-0.1108	0.0598	0.3712	-0.0805	0.5039	-39.8572	7.5619	0.9673
9	5.4555	-0.7062	0.9227	4.177	0.5571	2.9527	0.0973	1.0427	-0.7994	-0.7871	-0.854	0.2598	0.4884	1.0603	0.6048	0.2703	0.0984	0.1908	0.6442	0.2214	0.2074	-22.7017	7.8868	2.2232
10	8.7926	-1.2233	-0.1669	2.684	0.0151	3.4531	0.0468	0.3147	0.268	-0.033	-0.3687	-0.1012	-0.2682	0.6388	0.3561	0.2804	-0.0607	0.0254	0.265	0.071	0.2559	-23.8385	16.1071	8.2152
11	8.2979	-4.001	8.2587	7.8297	-4.635	2.7869	-0.9516	-1.3328	0.5668	0.5319	0.8897	0.2391	-0.8551	-1.3559	0.1391	0.3693	0.1583	0.0335	0.5142	-0.0014	0.2803	-40.7415	23.994	7.5042
12	2.4821	-7.2307	-1.3832	7.0954	0.7455	2.5773	-0.574	-0.3089	-0.4784	0.6298	0.0532	-0.3808	0.1769	0.9395	0.6696	0.2855	-0.0014	0.0579	0.5393	0.084	0.4585	-15.4181	5.6436	12.8145
13	5.9017	-1.4278	-3.2141	2.1072	-2.0803	6.4352	-1.2417	0.2628	-0.5196	-0.7455	0.8607	-0.0032	0.4846	-0.9421	0.2726	0.4483	-0.1508	-0.0001	0.5055	0.0161	0.649	-40.3631	-16.212	21.5204
14	5.0178	2.9281	-1.6843	7.2571	-0.1572	4.2658	0.0683	0.4361	0.6438	-0.2907	-0.1437	0.1259	-0.2827	0.1089	0.0739	0.2231	0.0328	-0.0441	0.2933	0.113	0.2803	-22.6872	-2.2312	19.5397
15	7.2137	4.8525	-0.8866	9.655	-0.7459	2.216	0.4601	-0.7614	0.1264	0.8661	0.0189	2.6247	0.2174	-1.1638	-0.2623	0.4207	-0.042	0.1317	0.6272	0.0233	0.7768	-38.0722	-14.1827	26.2069
16	2.0987	0.2736	-3.5285	4.0417	-1.3207	6.3691	-0.0169	-0.471	-1.5845	0.3337	-0.4553	-0.2253	0.5758	0.6031	0.3757	0.3999	0.0053	-0.0644	0.326	0.096	0.36	-22.8041	-16.2264	25.5867
17	7.517	1.7225	-2.7083	2.1118	5.864	7.0595	0.0147	-0.8837	-0.6612	1.5136	-0.5031	0.5832	0.6265	-0.0562	0.4032	0.6987	-0.1009	-0.074	0.5091	0.1228	0.5404	-25.5819	-10.4677	35.5077
18	2.0341	-0.6166	-0.6206	5.4758	-1.8344	2.1169	-0.4601	-0.8478	0.1734	1.0498	-0.1358	-0.1692	0.1297	0.2277	0.6673	0.5201	-0.0059	0.0057	0.4548	0.0839	0.2882	-21.482	-6.5135	31.4327
19	8.2883	2.913	-0.3112	8.5312	0.9505	6.8591	0.0066	-0.5615	-0.6018	0.6545	-0.3728	0.4495	0.5058	-0.237	0.3121	0.314	-0.0052	-0.0202	0.2673	0.0962	0.2787	-27.5594	-12.5321	24.9232
20	6.8858	5.7724	-2.8365	7.9568	-4.6177	9.1452	0.0073	-0.1285	0.2539	-0.535	-0.8079	-0.449	-0.6705	0.3631	0.6622	0.3346	0.0277	-0.0639	0.4375	0.1157	0.2951	-15.5579	-1.0221	15.8543
21	2.0021	8.453	9.9778	2.0067	7.5474	9.0548	-0.7534	1.4	-0.1462	-1.2583	0.8047	-0.378	-0.4521	1.2221	0.1078	0.5871	-0.1433	0.1371	0.4276	-0.0765	0.5371	-18.9101	21.4566	28.478
22	6.0984	1.8336	1.5028	3.0185	1.945	1.6165	-0.0922	0.1731	-0.7441	0.251	-0.0854	0.1633	0.2506	-0.0751	0.1788	0.2962	-0.0429	0.1352	0.2673	-0.0906	0.3598	-36.5946	8.3306	23.6259
23	4.9184	2.3463	0.1389	4.7153	0.36	3.7768	-0.4066	-0.3153	-0.5606	0.763	-0.12	0.3951	0.1614	-0.1409	0.406	0.3754	-0.0075	0.2766	0.315	-0.1242	0.5153	-42.6316	8.9736	30.2951
24	8.801	4.5035	4.1575	6.0546	3.1529	3.0382	-0.3691	-0.1505	-0.1708	-0.1495	0.0082	0.6069	-0.3293	-0.3103	0.2863	0.2292	-0.0596	0.1837	0.3087	-0.1247	0.4842	-42.4251	13.3656	23.3461
25	3.0696	4.0515	-0.4543	9.5692	-1.3902	9.1405	-0.9701	0.9264	-0.7613	0.108	0.6289	-0.9973	0.1317	1.224	0.0811	0.3843	-0.1123	0.0355	0.7792	-0.3197	0.5333	-25.2933	-12.3541	6.5213
26	8.2771	-6.5179	-3.9357	6.3357	1.9404	6.61	0.34	-0.4175	0.5327	-0.408	-0.3835	0.8381	-0.7389	0.1967	0.0704	0.2901	-0.015	-0.0725	0.2786	-0.1291	0.4282	-42.9313	-6.1422	13.2507
27	4.8141	0.9913	1.6609	6.4607	2.2536	6.3329	-0.2594	0.4228	-0.0632	-1.2591	0.2554	0.2797	-0.7883	0.6885	-0.0361	0.6329	-0.0988	-0.1359	0.4221	-0.1535	0.362	-38.1892	-10.6142	2.9699
28	6.369	-2.1006	5.633	7.5889	-0.7663	6.3999	0.1314	0.8283	1.3283	-3.1812	-0.7307	0.4751	-0.6564	0.5799	0.6602	1.3629	0.0479	-0.4459	0.6146	-0.0953	0.5149	-43.8139	-7.6039	-4.6843
29	7.8103	3.5522	-1.4526	5.5803	1.9017	7.0284	-0.3352	1.2753	1.1245	-2.3315	0.5381	-0.0199	-2.218	1.323	-0.0995	1.352	-0.3979	-0.0093	0.591	-0.1004	0.3559	-35.4322	-3.2806	0.6753
30	8.6657	0.2605	0.4307	4.5418	0.2805	6.7284	-0.5336	0.6891	-1.4285	-1.2554	-0.1172	0.8931	0.1103	0.2504	0.4735	0.4976	-0.039	-0.1231	0.3351	-0.2522	0.5067	-39.9351	-15.0669	3.9339
31	7.4763	-5.475	-3.8353	4.4777	2.3625	3.6006	0.2034	0.299	0.4004	-0.1304	-0.5759	2.7145	0.9251	-1.0576	0.2991	-0.0885	-0.106	-0.0516	0.5486	-0.32	1.6785	-54.7135	-3.322	14.6955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 73 through 79 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 80 through 87 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 88 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 96 through 106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 107 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 120 through 129 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 21 through 27 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 28 through 42 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 43 through 52 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 53 through 62 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 63 through 72 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 73 through 79 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 80 through 119 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 120 through 128 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 16 through 23 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 24 through 52 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 53 through 106 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 107 through 129 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 21 through 27 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 28 through 35 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 36 through 62 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 63 through 79 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 80 through 91 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 92 through 119 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 120 through 130 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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