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万見
- PDB-2rql: Solution structure of the E. coli ribosome hibernation promoting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rql
タイトルSolution structure of the E. coli ribosome hibernation promoting factor HPF
要素Probable sigma-54 modulation protein
キーワードTRANSLATION / ribosome hibernation promoting factor / HPF / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy process / negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / ribosome binding / cytosolic small ribosomal subunit / negative regulation of translation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promotion factor-like / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome hibernation promoting factor / Ribosome hibernation promoting factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Sato, A. / Mishima, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the E. coli ribosome hibernation promoting factor HPF: Implications for the relationship between structure and function.
著者: Sato, A. / Watanabe, T. / Maki, Y. / Ueta, M. / Yoshida, H. / Ito, Y. / Wada, A. / Mishima, M.
履歴
登録2009年8月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable sigma-54 modulation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7671
ポリマ－10,7671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Probable sigma-54 modulation protein / Hibernation promoting factor


分子量: 10767.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hpf, ECs4082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q2KHI5, UniProt: P0AFX0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D CBCANH
1423D HN(CA)CO
1523D HNCO
1623D C(CO)NH
1723D H(CCO)NH
1824D H(CCO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11033D 1H-13C NOESY
11113D HNHB
11223D HN(CO)HB
11343D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 15N] entity_1-1, 50 mM potassium phosphate-2, 20 mM potassium chloride-3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-4, 50 mM potassium phosphate-5, 20 mM potassium chloride-6, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-7, 50 mM potassium phosphate-8, 20 mM potassium chloride-9, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-10, 50 mM potassium phosphate-11, 20 mM potassium chloride-12, 15 mg/mL Pf1 phage-13, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
20 mMpotassium chloride-31
1 mMentity_1-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-52
20 mMpotassium chloride-62
1 mMentity_1-7[U-99% 13C; U-99% 15N]3
50 mMpotassium phosphate-83
20 mMpotassium chloride-93
1 mMentity_1-10[U-99% 13C; U-99% 15N]4
50 mMpotassium phosphate-114
20 mMpotassium chloride-124
15 mg/mLPf1 phage-134
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.9 / 圧: ambient atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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