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- PDB-4ofi: Crystal Structure of Duf (Kirre) D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofi
タイトルCrystal Structure of Duf (Kirre) D1
要素Kin of irre, isoform A
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / myoblast fusion / nephrocyte filtration / Protein Binding / N-linked Glycosylation / Membrane / Extracellular / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nephrocyte diaphragm / larval visceral muscle development / garland nephrocyte differentiation / nephrocyte filtration / Nephrin family interactions / regulation of myoblast fusion / nephrocyte diaphragm assembly / filtration diaphragm assembly / compound eye photoreceptor cell differentiation / chaeta morphogenesis ...nephrocyte diaphragm / larval visceral muscle development / garland nephrocyte differentiation / nephrocyte filtration / Nephrin family interactions / regulation of myoblast fusion / nephrocyte diaphragm assembly / filtration diaphragm assembly / compound eye photoreceptor cell differentiation / chaeta morphogenesis / compound eye morphogenesis / regulation of striated muscle tissue development / protein complex involved in cell adhesion / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / myoblast fusion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cell-cell adhesion / presynaptic membrane / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kin of irre, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ozkan, E. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Extracellular Architecture of the SYG-1/SYG-2 Adhesion Complex Instructs Synaptogenesis.
著者: Ozkan, E. / Chia, P.H. / Wang, R.R. / Goriatcheva, N. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Walz, T. / Shen, K. / Garcia, K.C.
履歴
登録2014年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kin of irre, isoform A
B: Kin of irre, isoform A
C: Kin of irre, isoform A
D: Kin of irre, isoform A
E: Kin of irre, isoform A
F: Kin of irre, isoform A
G: Kin of irre, isoform A
H: Kin of irre, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,15320
ポリマ－103,2918
非ポリマー1,86212
水5,909328
1
A: Kin of irre, isoform A
B: Kin of irre, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2885
ポリマ－25,8232
非ポリマー4653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Kin of irre, isoform A
D: Kin of irre, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2885
ポリマ－25,8232
非ポリマー4653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Kin of irre, isoform A
F: Kin of irre, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2885
ポリマ－25,8232
非ポリマー4653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Kin of irre, isoform A
H: Kin of irre, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2885
ポリマ－25,8232
非ポリマー4653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.330, 84.358, 82.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Kin of irre, isoform A / Kin of irre / isoform B / Kin of irre / isoform C / Kin of irre / isoform D / Kin of irre / isoform ...Kin of irre / isoform B / Kin of irre / isoform C / Kin of irre / isoform D / Kin of irre / isoform E / Kin of irre / isoform F / Kin of irre / isoform G


分子量: 12911.396 Da / 分子数: 8 / 断片: D1, UNP residues 81-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3653, Dmel_CG3653, Duf (Kirre), kirre / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q9W4T9
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3,350, 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 41224 / Num. obs: 41218 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.26 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 12.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_740)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4OF8

4of8


解像度: 2.3→37.503 Å / SU ML: 0.78 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 2071 5.03 %Random
Rwork0.1917 ---
all0.1944 41249 --
obs0.1944 41179 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.071 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.9657 Å2-0 Å25.7891 Å2
2---13.4753 Å2-0 Å2
3---2.5096 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6548 0 116 328 6992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7169226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6972574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35120.33991360.25892554X-RAY DIFFRACTION98
2.3512-2.410.27061390.23842600X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.47510.32891370.2432570X-RAY DIFFRACTION100
2.4751-2.54790.28871490.22552587X-RAY DIFFRACTION100
2.5479-2.63010.24261210.21462617X-RAY DIFFRACTION100
2.6301-2.72410.28621470.20962590X-RAY DIFFRACTION100
2.7241-2.83310.2931450.2032588X-RAY DIFFRACTION100
2.8331-2.9620.28311330.19912619X-RAY DIFFRACTION100
2.962-3.11810.2381360.19472602X-RAY DIFFRACTION100
3.1181-3.31340.26161410.18632624X-RAY DIFFRACTION100
3.3134-3.5690.26271310.18842605X-RAY DIFFRACTION100
3.569-3.92790.20271470.17092609X-RAY DIFFRACTION100
3.9279-4.49540.18671250.14852630X-RAY DIFFRACTION100
4.4954-5.66060.19221360.16182645X-RAY DIFFRACTION100
5.6606-37.50840.24281480.21892668X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.138-2.84720.48991.73570.52334.09020.18740.57270.162-0.8431-0.0058-0.31950.2625-0.1871-0.07490.5442-0.06270.02270.2571-0.0390.0349-32.77581.2184-19.776
23.54582.42912.21952.71751.17891.6888-0.16430.16580.1515-0.4646-0.06440.0134-0.06570.05270.27120.2534-0.05810.00990.18980.00220.1865-22.817410.8821-6.0617
35.13844.94416.39467.14554.62678.9208-0.24360.78440.5256-0.26270.40670.6658-0.49680.2325-0.26770.25640.00980.03850.2669-0.01820.212-36.42822.4265-16.8314
40.54690.3098-1.32574.9998-1.44433.2918-0.0025-0.0452-0.1185-0.02040.0956-0.17670.2388-0.07270.1260.28860.0457-0.01890.1786-00.1559-29.63-1.7389-3.1571
50.4560.73260.00055.3474.23518.6861-0.1681-0.31450.0950.3607-0.41870.85340.6221-1.01180.38230.17690.03390.03130.30840.00870.3195-37.68753.62760.205
62.10531.23680.93644.24041.15034.8282-0.21680.15480.2831-0.7424-0.06070.6107-0.8206-0.4660.29080.28240.0612-0.02820.2127-0.00570.2505-35.3458.8756-7.7214
77.5789-4.71221.84429.4031-0.00363.1118-0.4346-0.3605-0.27310.66120.356-0.3221-0.07950.08840.01620.2641-0.0409-0.03770.15960.03270.2407-23.81859.90443.83
83.51482.23052.67575.2082.56445.2686-0.27870.2301-0.1524-0.45190.1736-0.2144-0.20540.0632-0.06220.17530.00870.02810.1668-0.02060.1732-27.2584-1.0229-7.5475
98.8281.7233-0.7085.91780.87756.3371-0.96970.7566-0.6188-1.41440.60430.57810.3374-0.33690.28840.3622-0.0561-0.03150.19320.02210.2489-35.2962-7.0415-16.1298
105.88413.1164.41914.28475.75357.73620.0460.08320.36090.41270.3686-0.30170.14920.2266-0.4110.2379-0.013-0.01860.18910.00060.2783-17.82937.5172-1.9632
111.91570.6791-0.6136.54862.25412.5883-0.01-0.2814-0.13890.7129-0.1142-0.02320.36210.34120.14270.3261-0.0115-0.00060.22020.02790.1662-32.7603-22.37752.9817
121.1276-2.1978-1.66184.74462.68473.1204-0.4475-0.42-0.15672.07670.66050.86420.48860.11610.19450.6025-0.05170.39160.16890.1595-0.001-37.5896-12.379211.3115
132.73353.1325-0.33436.07511.31212.38590.1066-0.19710.0199-0.1072-0.19780.6482-0.3123-0.22520.06030.25080.01280.06340.23490.0320.1539-38.0449-12.9426-4.4382
141.34911.48421.59323.75711.49591.85180.1608-0.20490.13790.491-0.04380.3814-0.0413-0.1832-0.00660.2652-0.02170.10710.16590.03440.1528-36.5576-18.7575-1.1142
153.976-3.81-0.36234.35440.64763.8727-0.4-1.02040.30051.66170.30.49770.25650.2418-0.3230.4025-0.06850.06030.3308-0.06150.2952-31.2075-5.98599.0125
166.28741.62921.08539.33734.71673.7715-0.11770.189-0.44290.23160.5095-0.70440.7930.7057-0.42540.17380.0271-0.14240.17230.02520.1002-27.6136-27.7398-7.993
173.20191.37210.3971.5281-2.06625.3779-0.4138-0.3242-0.03530.40180.040.3210.6883-0.5921-0.00760.1990.13570.3030.241-0.09940.1373-32.1234-24.2215-21.4526
182.6554-2.02531.79253.2197-0.7291.449-0.1393-0.35790.04190.74960.0730.00310.1181-0.08880.04930.48190.10830.1550.26780.1393-0.1121-16.0631-31.4565-18.8609
198.08130.82990.44732.11990.53455.66080.26560.21320.45310.37950.050.01030.40530.3476-0.30260.28380.0179-0.01240.15880.02990.242-14.1743-36.774-26.7334
207.503-3.67355.83825.5456-4.2555.19570.0801-0.8715-0.6284-0.24280.21890.65530.4856-0.7898-0.37510.271-0.04720.02250.27610.06330.2534-32.3251-25.2954-26.1492
214.03850.7795-2.293.3525-1.14342.4543-0.15430.1481-0.05650.00770.0832-0.42450.09140.04090.07610.18040.00660.00840.1451-0.02410.1844-17.2581-21.2105-29.5163
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精密化 TLSグループ
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70X-RAY DIFFRACTION70chain 'H' and (resseq 102:152)
71X-RAY DIFFRACTION71chain 'H' and (resseq 153:185)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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