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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ofp | ||||||
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Title | Crystal Structure of SYG-2 D3-D4 | ||||||
![]() | Protein SYG-2 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Synaptogenesis / Protein Binding / N-linked Glycosylation / Membrane / Extracellular / SIGNALING PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / synaptic target recognition / collateral sprouting / protein localization to synapse / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane / synapse organization / cell-cell adhesion ...Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / synaptic target recognition / collateral sprouting / protein localization to synapse / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane / synapse organization / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell-cell signaling / protein homodimerization activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ozkan, E. / Garcia, K.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Extracellular Architecture of the SYG-1/SYG-2 Adhesion Complex Instructs Synaptogenesis. Authors: Ozkan, E. / Chia, P.H. / Wang, R.R. / Goriatcheva, N. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Walz, T. / Shen, K. / Garcia, K.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 323.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 265.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 483 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 494.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4of0C ![]() 4of3C ![]() 4of6C ![]() 4of7C ![]() 4of8C ![]() 4ofdC ![]() 4ofiC ![]() 4ofkSC ![]() 4ofyC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22959.475 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: D3-D4, UNP residues 231-430 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.9 M Diammonium tartrate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2012 |
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. all: 27368 / Num. obs: 27351 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 106.06 Å2 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 13.15 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB Entry 4OFK Resolution: 3→46.315 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / Phase error: 30.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→46.315 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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