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万見
- PDB-3owz: Crystal structure of glycine riboswitch, soaked in Iridium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3owz
タイトルCrystal structure of glycine riboswitch, soaked in Iridium
要素(Domain II of glycine ...) x 2
キーワードRNA / gene expression / glycine riboswitch
機能・相同性GLYCINE / IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.949 Å
データ登録者Huang, L. / Serganov, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structural insights into ligand recognition by a sensing domain of the cooperative glycine riboswitch.
著者: Huang, L. / Serganov, A. / Patel, D.J.
履歴
登録2010年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Domain II of glycine riboswitch
B: Domain II of glycine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,70043
ポリマ－57,3902
非ポリマー7,31041
水1,27971
1
A: Domain II of glycine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,53722
ポリマ－28,7351
非ポリマー3,80221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Domain II of glycine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,16321
ポリマ－28,6551
非ポリマー3,50820
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12150 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area25440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.610, 82.610, 149.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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Domain II of glycine ... , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 Domain II of glycine riboswitch


分子量: 28735.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 参照: GenBank: CP001485.1
#2: RNA鎖 Domain II of glycine riboswitch


分子量: 28655.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 参照: GenBank: CP001485.1

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非ポリマー , 4種, 112分子

#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE ORIGINAL MG AND IRI CHAIN IDS HAVE BEEN CHANGED TO THE CLOSEST POLYMER CHAIN. 100 HAS BEEN ...THE ORIGINAL MG AND IRI CHAIN IDS HAVE BEEN CHANGED TO THE CLOSEST POLYMER CHAIN. 100 HAS BEEN ADDED TO THE ORIGINAL MG RESIDUE NUMBER AND 200 TO THE ORIGINAL IRI NUMBER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.05 M Na-cacodylate, pH 5.1, 0.2 M KCl, 8 % (w/v) PEG8000 and 80 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1053,1.1056,1.1256,1.10859
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射モノクロメーター: SI mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10531
21.10561
31.12561
41.108591
反射解像度: 2.949→20 Å / Num. all: 12933 / Num. obs: 12921 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.949→3 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.949→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 14.223 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23421 1280 9.9 %RANDOM
Rwork0.20966 ---
all0.21207 11703 --
obs0.21207 11610 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.949→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3703 181 71 3955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0214358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.97636947
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0291.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.03928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6934350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1824.56939
LS精密化 シェル解像度: 2.949→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 80 -
Rwork0.28 826 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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