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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oxj | ||||||
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Title | crystal structure of glycine riboswitch, soaked in Ba2+ | ||||||
![]() | domain II of glycine riboswitch | ||||||
![]() | RNA / Gene expression regulator / glycine riboswitch | ||||||
Function / homology | : / GLYCINE / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, L. / Serganov, A. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into ligand recognition by a sensing domain of the cooperative glycine riboswitch. Authors: Huang, L. / Serganov, A. / Patel, D.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 206.6 KB | Display | ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 437.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3owiC ![]() 3owwC ![]() 3owzC ![]() 3ox0C ![]() 3oxbC ![]() 3oxdC ![]() 3oxeC ![]() 3oxmC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 28735.090 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: in vitro transcription / References: GenBank: CP001485.1 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-BA / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | THE ORIGINAL MG AND BA CHAIN IDS HAVE BEEN CHANGED TO THE CLOSEST POLYMER CHAIN. 100 HAS BEEN ADDED ...THE ORIGINAL MG AND BA CHAIN IDS HAVE BEEN CHANGED TO THE CLOSEST POLYMER CHAIN. 100 HAS BEEN ADDED TO THE ORIGINAL MG and 200 HAS BEEN ADDED TO THE ORIGINAL BA RESIDUE NUMBERS. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 Details: 0.05 M Na-cacodylate, pH 5.1, 0.2 M KCl, 8 % (w/v) PEG8000 and 80 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2009 |
Radiation | Monochromator: SI mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→20 Å / Num. all: 14230 / Num. obs: 14230 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 29.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.31 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1390 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 102.162 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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