PDB-4of8: Crystal Structure of Rst D1-D2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4of8

タイトル

Crystal Structure of Rst D1-D2

要素

Irregular chiasm C-roughest protein

キーワード

CELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / myoblast fusion / eye development / Protein Binding / Membrane / Extracellular / Signaling Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Nephrin family interactions / regulation of myoblast fusion / compound eye photoreceptor cell differentiation / compound eye retinal cell programmed cell death / chaeta morphogenesis / compound eye morphogenesis / compound eye development / regulation of striated muscle tissue development / protein complex involved in cell adhesion / retinal cell programmed cell death ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Ozkan, E. / Garcia, K.C.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Extracellular Architecture of the SYG-1/SYG-2 Adhesion Complex Instructs Synaptogenesis.
著者: Ozkan, E. / Chia, P.H. / Wang, R.R. / Goriatcheva, N. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Walz, T. / Shen, K. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2014年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4of8.cif.gz	364.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4of8.ent.gz	298 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4of8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4of8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/4of8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4of0SC 4of3C 4of6C 4of7C 4ofdC 4ofiC 4ofkC 4ofpC 4ofyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ah9-d 6a9y-1 2aes-d 4zmp-1 2aec-d 6g88-3 2agd-d 5wo6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (2) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (2)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Irregular chiasm C-roughest protein

B: Irregular chiasm C-roughest protein

C: Irregular chiasm C-roughest protein

D: Irregular chiasm C-roughest protein

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Irregular chiasm C-roughest protein

D: Irregular chiasm C-roughest protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Irregular chiasm C-roughest protein

C: Irregular chiasm C-roughest protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.941, 77.935, 121.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Irregular chiasm C-roughest protein / Protein IRREC 分子量: 25529.479 Da / 分子数: 4 / 断片: D1-D2, UNP residues 20-237 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG4125, rst / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q08180
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG 3,350, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 77258 / Num. obs: 77176 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.27 Å² / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 4OF0

4of0

解像度: 1.902→44.57 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	3893	5.04 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.1746	77175	88.48 %
all	-	87224	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.2696 Å²	-0 Å²	2.3725 Å²
2-	-	-9.1406 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.129 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→44.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6544	0	40	843	7427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	9126
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.155	2548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1016
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.902-1.9257	0.3108	67	0.2361	1405	X-RAY DIFFRACTION	47
1.9257-1.9501	0.2651	72	0.196	1593	X-RAY DIFFRACTION	54
1.9501-1.9757	0.1861	67	0.1982	1717	X-RAY DIFFRACTION	57
1.9757-2.0028	0.2223	106	0.2008	1826	X-RAY DIFFRACTION	62
2.0028-2.0314	0.226	111	0.1976	2009	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0314-2.0617	0.2508	106	0.2016	2182	X-RAY DIFFRACTION	73
2.0617-2.0939	0.2167	117	0.1945	2294	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0939-2.1283	0.2265	126	0.1904	2351	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1283-2.165	0.2226	121	0.1821	2503	X-RAY DIFFRACTION	84
2.165-2.2043	0.2708	163	0.197	2545	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2043-2.2467	0.2351	145	0.1905	2695	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2467-2.2926	0.2161	142	0.1947	2865	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2926-2.3424	0.2443	159	0.1937	2857	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3424-2.3969	0.2209	158	0.1948	2924	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3969-2.4569	0.2055	132	0.1812	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4569-2.5233	0.2356	162	0.1836	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5233-2.5975	0.2542	168	0.1774	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5975-2.6814	0.1906	165	0.1873	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6814-2.7772	0.2161	148	0.1736	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7772-2.8884	0.232	159	0.1782	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8884-3.0198	0.2265	181	0.1894	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0198-3.1789	0.2087	159	0.1731	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1789-3.3781	0.2248	180	0.1658	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3781-3.6388	0.182	148	0.157	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6388-4.0047	0.1871	157	0.1655	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0047-4.5837	0.1625	152	0.1344	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5837-5.773	0.1707	154	0.1458	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
5.773-44.582	0.2146	168	0.1848	3047	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1378	-0.1409	-0.252	2.2929	-0.0524	3.2715	0.0248	0.0091	-0.0671	0.1372	-0.0712	0.1359	0.2479	-0.0667	0.0552	0.1013	-0.0131	0.0003	0.0875	-0.0172	0.144	-6.7497	-29.0012	56.5918
2	1.5951	1.277	0.0221	3.5413	-1.3146	2.4793	-0.0143	0.1321	0.0865	-0.1519	-0.0824	-0.4812	-0.6273	0.6783	0.0501	0.2614	-0.0939	0.0279	0.3383	0.0141	0.29	16.3163	-9.6982	30.2253
3	2.695	1.4016	-0.3077	4.6185	-1.3614	4.5248	-0.2535	0.3797	0.1445	-0.9001	0.1001	-0.6163	-0.0794	1.1432	0.1678	0.3438	-0.0877	0.0899	0.4802	0.0335	0.2727	19.1764	-10.0666	21.9658
4	0.907	0.2835	0.6453	3.0893	0.9461	1.5827	-0.1317	0.0378	-0.3705	-0.0044	0.0578	-0.1639	0.8353	0.1031	0.1313	0.3544	0.0252	-0.0345	0.1112	-0.0089	0.1968	2.7768	-34.6825	9.8501
5	1.3838	0.3459	-1.1099	1.0411	0.2733	4.1325	0.0064	-0.103	0.0148	0.0504	0.0059	-0.1277	0.0656	0.207	-0.0067	0.2114	-0.0005	-0.0406	0.1219	0.0029	0.1625	4.8942	-24.5733	13.1658
6	3.3436	1.5465	-1.3255	3.4648	-1.0367	5.3016	-0.3165	0.3868	-0.302	-0.3061	0.0599	-0.3024	0.4415	0.1107	0.2699	0.2495	0.0052	0.008	0.1409	-0.0094	0.1596	6.0796	-30.1928	-1.59
7	1.9577	-0.1969	-1.0457	1.6163	0.9683	2.8149	0.0902	-0.2496	0.4387	-0.0665	-0.123	0.5929	0.0057	-1.3881	-0.0186	0.0332	0.0919	-0.0231	0.9555	-0.0965	0.4907	-26.1518	-19.0111	39.1728
8	3.311	0.6868	-2.0287	2.1063	-0.8848	3.174	-0.0559	-0.3831	-0.0944	-0.0468	-0.0355	0.7912	0.6261	-0.755	0.1198	0.2086	-0.1052	-0.0234	0.6881	-0.0316	0.4503	-25.5539	-28.3282	38.8655
9	6.6959	4.0442	-3.1191	6.8383	-2.7923	5.2145	0.2072	0.7956	0.7885	-0.8471	0.0578	0.915	-0.2535	-1.4272	-0.2337	0.4197	0.1617	-0.1395	0.7256	-0.0113	0.4222	-22.6677	-19.3494	25.7607
10	3.1349	0.2098	1.4707	2.3771	1.7752	1.8435	0.6614	-1.0142	-0.0462	0.8277	-0.3473	1.0241	0.5378	-1.3056	-0.2503	0.1057	-0.0903	-0.0979	1.2678	0.0909	0.6421	-33.7244	-22.8629	44.1569
11	4.3941	0.2628	-1.8856	2.6594	-0.1553	3.4619	0.1059	-0.565	0.0022	0.1111	-0.077	0.3813	0.5337	-0.5667	-0.0135	0.2578	-0.0846	-0.0547	0.4312	-0.0214	0.2148	-18.5196	-27.0903	40.4242
12	8.0724	0.6989	-3.362	3.4969	0.0138	5.7645	-0.0375	-1.0187	0.715	0.6351	-0.2648	1.0739	-0.2018	-1.2176	0.2573	-0.1584	0.0584	-0.1989	1.125	-0.2778	0.4711	-28.1707	-19.5965	49.8518
13	1.24	-0.1895	-0.1194	1.0088	0.1266	3.0559	0.0459	-0.0027	0.0981	0.1153	-0.0432	-0.0559	-0.1713	0.058	-0.0063	0.2666	-0.015	-0.0025	0.0782	0.0148	0.1494	1.5804	-11.2447	-3.534
14	2.647	1.008	1.48	4.1982	3.998	5.7489	-0.0726	0.4496	-0.3534	-0.0889	0.1898	-0.0781	0.2963	0.0652	-0.1564	0.3163	-0.0519	0.0365	0.1955	-0.0309	0.2316	-8.7066	-26.889	-29.3675
15	2.2448	-0.1311	0.8509	3.8111	2.0976	5.1836	-0.0583	1.3663	-1.1734	-0.5421	0.4308	0.3957	0.8958	-1.2512	-0.3468	0.6298	-0.4626	-0.0306	1.0488	-0.2438	0.5889	-21.481	-37.3598	-44.7192
16	7.5437	-0.7001	6.4148	2.3698	0.427	2.0284	-0.1862	0.3422	-0.0944	-0.1023	0.2289	0.2681	-0.3172	-0.2084	0.0587	0.2762	-0.0895	0.0356	0.3062	0.0346	0.1988	-15.198	-24.9385	-30.999
17	6.0601	-1.0143	2.1747	4.4844	-2.1616	6.1058	-0.23	0.5035	-0.0642	0.2896	0.1094	0.5682	-0.1094	-0.3469	0.174	0.3227	-0.0501	0.0738	0.3173	-0.0192	0.3534	-18.9176	-28.1219	-30.9959
18	3.9028	0.1181	0.0895	3.4539	2.2329	3.3469	-0.1243	1.4211	-0.2052	-0.8306	0.1716	0.7112	0.1581	-1.0767	-0.0349	0.6331	-0.2867	-0.031	0.9685	0.0047	0.43	-22.937	-32.313	-43.4237
19	5.3406	0.3821	1.3649	4.5287	0.8733	4.9561	-0.2927	0.7309	0.0485	-0.9173	0.503	0.291	-0.4132	-0.4869	-0.2308	0.4057	-0.0821	-0.0043	0.3459	0.0587	0.1941	-12.833	-21.4167	-36.8023
20	6.1948	1.0561	3.1078	6.0089	1.6667	7.8709	-0.1922	1.4507	-1.14	-0.9294	0.3557	0.2982	0.6958	-0.7177	-0.1833	0.5914	-0.3416	0.0864	0.759	-0.2586	0.4651	-15.5155	-31.6861	-47.9927
21	1.0487	0.6432	-0.7665	2.3979	-0.6876	3.425	0.0069	0.0136	0.3377	0.0793	0.0505	0.1465	-0.895	-0.0828	0.0235	0.1998	0.0209	0.0466	0.113	-0.0066	0.2112	-10.0394	-5.4094	69.6688
22	1.3037	0.508	-0.2685	1.4549	-0.1187	3.3223	0.0131	-0.0852	-0.0157	0.1532	-0.0041	0.2578	0.0947	-0.2722	-0.0081	0.1583	-0.0161	0.0265	0.1227	-0.0105	0.1882	-13.9795	-15.7335	72.8859
23	0.917	0.4341	-1.2912	3.5231	-0.6558	4.0462	-0.0207	0.2571	0.0854	-0.0186	-0.0348	0.2741	-0.1126	-0.2463	0.0687	0.071	0.0116	0.0094	0.1379	0.0049	0.175	-8.9535	-11.4858	62.0126
24	2.9209	-0.848	1.5515	2.1895	-1.5639	3.541	0.0267	-0.5963	-0.143	0.4931	-0.2048	-0.5925	0.1071	1.2119	0.0537	0.2953	0.023	-0.1427	0.8767	0.1012	0.3739	12.7137	-20.9882	103.9957
25	2.1396	0.5274	2.2715	2.7378	1.9155	5.3222	-0.0645	-0.681	0.3045	0.3176	-0.1767	-0.5604	-0.6375	1.1514	0.1534	0.4168	-0.2358	-0.0676	0.8241	-0.0261	0.3309	12.2503	-11.6254	103.1052
26	8.1719	3.2941	3.8945	8.4719	5.536	9.0571	0.0225	0.5379	-0.7399	-0.5174	-0.1002	-0.5424	-0.1338	1.6237	0.0233	0.5242	0.0984	0.0747	0.7624	0.0646	0.3517	11.8909	-20.9053	89.9983
27	2.4606	-0.1354	0.9551	1.0966	-1.3964	2.1218	0.1486	-0.8725	0.1585	0.8461	-0.1456	-0.529	-0.5804	1.365	0.046	0.6808	-0.1051	-0.1365	1.4856	0.0408	0.5266	19.3329	-16.9772	110.0655
28	3.5454	-0.5544	1.8868	3.2978	-0.5931	4.5825	-0.1991	-0.8024	-0.052	0.5693	0.11	-0.5289	-0.8871	0.7719	0.0885	0.3649	-0.0849	-0.0285	0.6653	0.0457	0.2497	8.107	-15.758	108.0414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 235 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 40 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 41 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 110 through 123 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 124 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 158 through 179 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 180 through 192 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 193 through 209 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 210 through 224 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 225 through 234 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 25 through 123 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 124 through 141 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 142 through 157 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 158 through 169 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 170 through 192 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 193 through 209 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 210 through 224 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 225 through 234 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 26 through 40 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 41 through 102 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 103 through 123 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 124 through 157 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 158 through 179 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 180 through 192 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 193 through 209 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 210 through 234 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)