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Yorodumi- PDB-4s11: Gelsolin nanobody shielding mutant plasma gelsolin from furin pro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4s11 | ||||||
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Title | Gelsolin nanobody shielding mutant plasma gelsolin from furin proteolysis | ||||||
Components | GELSOLIN NANOBODY | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / NANOBODY | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.998 Å | ||||||
Authors | Wongsantichon, J. / Loonchanta, A. / Robinson, R.C. / Gettemans, J. | ||||||
Citation | Journal: Hum.Mol.Genet. / Year: 2015 Title: An ER-directed gelsolin nanobody targets the first step in amyloid formation in a gelsolin amyloidosis mouse model. Authors: Van Overbeke, W. / Wongsantichon, J. / Everaert, I. / Verhelle, A. / Zwaenepoel, O. / Loonchanta, A. / Burtnick, L.D. / De Ganck, A. / Hochepied, T. / Haigh, J. / Cuvelier, C. / Derave, W. / ...Authors: Van Overbeke, W. / Wongsantichon, J. / Everaert, I. / Verhelle, A. / Zwaenepoel, O. / Loonchanta, A. / Burtnick, L.D. / De Ganck, A. / Hochepied, T. / Haigh, J. / Cuvelier, C. / Derave, W. / Robinson, R.C. / Gettemans, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4s11.cif.gz | 58.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4s11.ent.gz | 46.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4s11.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4s11_validation.pdf.gz | 413.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4s11_full_validation.pdf.gz | 413.2 KB | Display | |
Data in XML | 4s11_validation.xml.gz | 7.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4s11_validation.cif.gz | 9.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/4s11 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 14110.416 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.2 Details: 40% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→20 Å / Num. obs: 7828 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 371 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.998→18.13 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.998→18.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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