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万見
- PDB-4s11: Gelsolin nanobody shielding mutant plasma gelsolin from furin pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s11
タイトルGelsolin nanobody shielding mutant plasma gelsolin from furin proteolysis
要素GELSOLIN NANOBODY
キーワードIMMUNE SYSTEM / NANOBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Wongsantichon, J. / Loonchanta, A. / Robinson, R.C. / Gettemans, J.
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2015
タイトル: An ER-directed gelsolin nanobody targets the first step in amyloid formation in a gelsolin amyloidosis mouse model.
著者: Van Overbeke, W. / Wongsantichon, J. / Everaert, I. / Verhelle, A. / Zwaenepoel, O. / Loonchanta, A. / Burtnick, L.D. / De Ganck, A. / Hochepied, T. / Haigh, J. / Cuvelier, C. / Derave, W. / ...著者: Van Overbeke, W. / Wongsantichon, J. / Everaert, I. / Verhelle, A. / Zwaenepoel, O. / Loonchanta, A. / Burtnick, L.D. / De Ganck, A. / Hochepied, T. / Haigh, J. / Cuvelier, C. / Derave, W. / Robinson, R.C. / Gettemans, J.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GELSOLIN NANOBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1101
ポリマ－14,1101
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.633, 56.299, 57.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 GELSOLIN NANOBODY


分子量: 14110.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2
詳細: 40% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 7828 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 371 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.998→18.13 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 385 4.95 %RANDOM
Rwork0.1587 ---
obs0.1611 7783 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→18.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 0 0 57 1039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1211356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.445357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9983-2.2870.2151220.15032396239699
2.287-2.87950.26751130.181124632463100
2.8795-18.13030.18341500.151325392539100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4866-0.1780.03546.6633-0.87211.4402-0.0814-0.1352-0.08330.07140.31970.45060.0459-0.0838-0.19150.1575-0.00370.0030.1904-0.0290.1739-20.4128-5.7102-7.9047
21.81040.71530.59881.7551-1.00212.19240.11310.18460.2845-0.2404-0.0060.0836-0.0788-0.1421-0.08360.22460.03750.04850.270.06120.1871-19.70437.9502-12.6726
32.76650.9092-0.7981.8802-0.06591.2449-0.104-0.01110.0559-0.0464-0.0209-0.0661-0.00120.08270.09050.1560.00760.00570.1320.00850.1513-14.06813.9956-0.5454
41.10110.3938-0.45461.84750.39180.8581-0.0289-0.00070.0520.0639-0.0324-0.08420.06980.04670.09020.15220.0141-0.00790.1770.01630.1676-13.2014-1.7025-4.7912
53.63581.7513-0.84671.6990.95862.3787-0.153-0.3180.63210.1840.21760.15450.25080.1284-0.02540.1527-0.0249-0.03670.2423-0.01070.2541-12.630715.2951-1.1369
63.07151.468-1.09587.248-0.71630.6366-0.0942-0.1180.2121-0.18370.06010.4074-0.1733-0.22080.05980.15840.02160.02930.1840.03940.1807-22.23358.9849-0.5159
70.16740.1298-0.05320.1018-0.01740.39810.2141-0.0905-0.53070.00380.01950.4433-0.0271-0.0348-0.0840.14030.0020.00320.19430.05090.2637-18.4132-17.5961-0.3412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 32 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 120 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 121 through 130 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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