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- PDB-6sdb: Chimeric titin Z1Z2 functionalized with a KLER exogenous peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sdb
タイトルChimeric titin Z1Z2 functionalized with a KLER exogenous peptide from decorin
要素Titin,Decorin,Titin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / titin z1z2
機能・相同性
機能・相同性情報


CS-GAG biosynthesis / Defective CHST3 causes SEDCJD / Defective CHST14 causes EDS, musculocontractural type / Defective CHSY1 causes TPBS / DS-GAG biosynthesis / extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / CS/DS degradation / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD ...CS-GAG biosynthesis / Defective CHST3 causes SEDCJD / Defective CHST14 causes EDS, musculocontractural type / Defective CHSY1 causes TPBS / DS-GAG biosynthesis / extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / CS/DS degradation / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / glycosaminoglycan binding / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle tissue morphogenesis / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / actinin binding / extracellular matrix binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / negative regulation of endothelial cell migration / structural constituent of muscle / sarcomere organization / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of macroautophagy / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / ECM proteoglycans / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of autophagy / muscle contraction / lysosomal lumen / negative regulation of angiogenesis / condensed nuclear chromosome / animal organ morphogenesis / positive regulation of protein secretion / Golgi lumen / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / : / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain ...Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Decorin / Titin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fleming, J.R. / Hill, C. / Mayans, O.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust204401/z/16/z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: The ZT Biopolymer: A Self-Assembling Protein Scaffold for Stem Cell Applications.
著者: Nesterenko, Y. / Hill, C.J. / Fleming, J.R. / Murray, P. / Mayans, O.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Titin,Decorin,Titin
B: Titin,Decorin,Titin
C: Titin,Decorin,Titin
D: Titin,Decorin,Titin
E: Titin,Decorin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,18519
ポリマ－105,2835
非ポリマー90314
水3,639202
1
A: Titin,Decorin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4117
ポリマ－21,0571
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Titin,Decorin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2744
ポリマ－21,0571
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Titin,Decorin,Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0571
ポリマ－21,0571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Titin,Decorin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1162
ポリマ－21,0571
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Titin,Decorin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3295
ポリマ－21,0571
非ポリマー2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.200, 149.200, 149.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL

Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111(chain 'A' and resid 3 through 97)AA3 - 965 - 98
221(chain 'B' and resid 3 through 97)BB3 - 965 - 98
331(chain 'C' and resid 3 through 97)CC3 - 965 - 98
441(chain 'E' and resid 3 through 97)EE3 - 965 - 98
152(chain 'A' and resid 100 through 193)AA100 - 192102 - 194
262(chain 'B' and resid 100 through 193)BB100 - 192102 - 194
372(chain 'D' and resid 100 through 193)DD100 - 192102 - 194
482(chain 'E' and (resid 100 through 192 or (resid 193...EE100 - 192102 - 194

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Titin,Decorin,Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 / Bone proteoglycan II / PG-S2 / PG40 / Connectin ...Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 / Bone proteoglycan II / PG-S2 / PG40 / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 21056.512 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN, DCN, SLRR1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, UniProt: P07585, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 216分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M NH4H2PO4 pH 4.6, 100 mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.84 Å / Num. obs: 487636 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 63.56 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.2779 / Rrim(I) all: 0.2799 / Net I/σ(I): 9.62
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 2.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 4643 / CC1/2: 0.763 / Rrim(I) all: 2.668 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A38

2a38


解像度: 2.8→48.84 Å / SU ML: 0.442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 25.3778
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 --
Rwork0.1914 --
obs-46607 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5882 0 58 202 6142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00966029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.248193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0647960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.06633624
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.880.39251480.33663519X-RAY DIFFRACTION99.97
2.88-2.920.36411420.33323553X-RAY DIFFRACTION99.92
2.92-2.970.35441420.32793532X-RAY DIFFRACTION99.86
2.97-3.020.37721380.31863568X-RAY DIFFRACTION99.89
3.02-3.070.35621320.30733516X-RAY DIFFRACTION99.95
3.07-3.120.33461350.27293530X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.180.2761360.27653543X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.250.31091460.25393539X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.320.24371460.23343520X-RAY DIFFRACTION99.97
3.32-3.40.26571400.22123514X-RAY DIFFRACTION99.92
3.4-3.480.29741440.20063543X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.580.25591420.19253529X-RAY DIFFRACTION99.97
3.58-3.680.25951340.18153505X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.80.25321360.1733568X-RAY DIFFRACTION100
3.8-3.940.20121420.17613564X-RAY DIFFRACTION99.97
3.94-4.090.20211380.14163527X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.280.1931500.14213517X-RAY DIFFRACTION99.97
4.28-4.50.18241500.12313543X-RAY DIFFRACTION100
4.5-4.790.17251340.12143525X-RAY DIFFRACTION100
4.79-5.160.16981400.12863557X-RAY DIFFRACTION99.97
5.16-5.670.18581400.1483492X-RAY DIFFRACTION100
5.67-6.490.2191520.17493571X-RAY DIFFRACTION100
6.49-8.180.23351270.1933515X-RAY DIFFRACTION100
8.18-48.840.20511490.2053516X-RAY DIFFRACTION99.3
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.994016470190.413000677678-1.194376423210.905307921123-0.7579830681721.445773024460.0225598619551-0.3669308333990.2804951616890.3027711528140.0594459577777-0.111515629312-0.06959395753980.119081037074-0.09666996680320.5938189159430.0990975006484-0.008518836719360.454908907162-0.08527388555040.39107804563196.4263613588-25.94832595416.56377926052
22.5157778209-0.370128230425-1.668911116594.536355519061.818168778486.749885475870.132047339851-0.1956233935490.2476077457720.141831196097-0.00604566008069-0.310325488899-0.1536557680490.4139523261-0.1042804776710.373054915397-0.0963543185893-0.00124180208430.3865085730210.03761789585530.3887619868771.3928340644-30.010694307341.1179332778
30.304881265512-0.011354570361-0.6910750894681.141258433351.021971505881.739261545720.06092219840120.189805356304-0.0735742636095-0.08201988624590.0601836666073-0.1077580014310.1021111829270.14595585303-0.1339900107350.486651355037-0.0358711755982-0.05785942300150.467525739662-0.04407593127010.42625679476385.607546298110.395652385621.8744874276
45.655968436681.077952778222.069724592084.720862527020.6658381530962.64767517684-0.0168444770190.1685228534180.462457322639-0.423197305269-0.05832746204520.435340298604-0.237948423933-0.1367695613240.155666567750.6522851653940.125339818670.02474751064440.420767208686-0.03088486029760.50155377911880.6028954178-9.135232664641.43531224413
53.97253295835-0.325696515486-3.987397722863.357614487410.3125513670596.65449308835-0.10693744899-0.2536395410760.01820025897170.2537971540930.153418764396-0.3821901808440.0519077490980.384020308759-0.09417882341750.4518540346630.097381880004-0.09038342603110.453939751873-0.1034850776140.491355710598114.959843478-36.1997230401-1.66402212562
63.19389182218-1.13035513461-0.2645085264766.699994542241.508617301444.70276493016-0.16050281378-0.213102110191-0.3208922568030.4933185050850.520397260839-0.8676137906760.2293322386630.771756279814-0.3565743665350.4564060457080.173645489525-0.08014395869440.537782960247-0.1043119082340.687862160167123.244752989-56.3591451809-7.45113278111
74.43401843013-0.245633200407-2.03943493373.166184719841.814521659356.90963458595-0.04150449180850.6311653121520.0652805973872-0.2301961438330.00310513965462-0.203880970151-0.1889150402230.275496469230.04600112749380.329294260837-0.0120816623147-0.04076221767730.6016692730610.05836421940620.41094612272486.4026577909-51.6363408895-64.3144834566
86.423229902821.430144217193.890766299813.332264201611.965128311315.71560557435-0.2677184272050.1759366961090.502376884294-0.3199078979460.15675399417-0.19952777983-0.5469367200790.03833949787670.07758795820190.5479188898910.06924069704060.05986779202440.3686558112532.84027044186E-50.429815094502100.550285469-27.1865550822-23.1850721426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 97 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 98 through 193)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 111 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 112 through 193)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 3 through 97 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 100 through 193 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 3 through 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 98 through 193)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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