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万見
- PDB-6vup: Reverse Transcriptase Diabody with R83T/E85C Mutations -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vup
タイトルReverse Transcriptase Diabody with R83T/E85C Mutations
要素Single-chain Fv
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chesterman, C. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37 AI027690 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Co-crystallization with diabodies: A case study for the introduction of synthetic symmetry.
著者: Chesterman, C. / Arnold, E.
履歴
登録2020年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-chain Fv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,93410
ポリマ－26,3751
非ポリマー5599
水3,603200
1
A: Single-chain Fv
ヘテロ分子

A: Single-chain Fv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,86820
ポリマ－52,7502
非ポリマー1,11718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7450 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.942, 86.686, 37.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.228, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-499-

HOH

21A-519-

HOH

31A-563-

HOH

41A-583-

HOH

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要素

#1: 抗体 Single-chain Fv


分子量: 26375.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: scFv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 6 % v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium Acetate trihydrate pH 4.5, 26% PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 39530 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.049 / Num. unique obs: 1905 / Rrim(I) all: 0.301

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VRP

6vrp


解像度: 1.4→43.34 Å / SU ML: 0.1165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.5343 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1706 1892 5.01 %
Rwork0.1312 35910 -
obs0.1332 37802 93.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 36 200 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00681886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92672568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0796279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.98671324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.440.20331050.1261863X-RAY DIFFRACTION68.12
1.44-1.470.1861040.12942107X-RAY DIFFRACTION76.8
1.47-1.520.23071220.12512401X-RAY DIFFRACTION86.85
1.52-1.570.18121430.12012545X-RAY DIFFRACTION93.4
1.57-1.620.16571420.11732701X-RAY DIFFRACTION97.36
1.62-1.690.19871410.11512705X-RAY DIFFRACTION98.75
1.69-1.760.1711430.1122710X-RAY DIFFRACTION97.84
1.76-1.860.16481350.10912632X-RAY DIFFRACTION96.55
1.86-1.970.15631430.11262680X-RAY DIFFRACTION97.95
1.97-2.130.15571350.11412711X-RAY DIFFRACTION98.82
2.13-2.340.15281480.12112719X-RAY DIFFRACTION97.52
2.34-2.680.17721430.13772685X-RAY DIFFRACTION98.02
2.68-3.380.19241420.14742724X-RAY DIFFRACTION97.98
3.38-43.340.15791460.14992727X-RAY DIFFRACTION97.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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