[日本語] English
万見
- PDB-1lmk: THE STRUCTURE OF A BIVALENT DIABODY -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lmk
タイトルTHE STRUCTURE OF A BIVALENT DIABODY
要素ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY
キーワードIMMUNOGLOBULIN / DIABODY / SINGLE-CHAIN FV / SCFV
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Williams, R.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a diabody, a bivalent antibody fragment.
著者: Perisic, O. / Webb, P.A. / Holliger, P. / Winter, G. / Williams, R.L.
履歴
登録1994年8月29日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY
C: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY
E: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY
G: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3124
ポリマ－104,3124
非ポリマー00
水4,702261
1
A: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY
C: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1562
ポリマ－52,1562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
2
E: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY
G: ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1562
ポリマ－52,1562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.140, 80.710, 88.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 300 / 2: CIS PROLINE - PRO C 300 / 3: CIS PROLINE - PRO E 300 / 4: CIS PROLINE - PRO G 300
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.978444, 0.000313, 0.206513), (-0.013101, -0.998079, -0.060561), (0.206097, -0.061961, 0.976568)6.24192, -11.53625, -0.81861
2given(0.973609, 0.145816, -0.175567), (0.142675, -0.989301, -0.030455), (-0.178129, 0.004602, -0.983996)7.31477, -13.098, 65.90004
3given(-0.990376, -0.138304, 0.005235), (-0.137942, 0.989455, 0.044161), (-0.011288, 0.043013, -0.999011)11.99045, -0.64938, 65.44647
4given(-0.971816, 0.015455, 0.235232), (-0.023932, -0.999161, -0.033224), (0.234522, -0.037918, 0.971371)5.76238, -11.21334, -1.82832
5given(0.965874, 0.172685, -0.193046), (0.170901, -0.984946, -0.025986), (-0.194627, -0.007892, -0.980846)7.61495, -13.78335, 65.74141
6given(-0.983136, -0.182733, 0.007162), (-0.182072, 0.981738, 0.055146), (-0.017109, 0.052912, -0.998453)11.89592, 0.36152, 65.47165
詳細THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE INDIVIDUAL DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES 1 A 2 - 122 C 2 - 122 2 A 2 - 122 E 2 - 122 3 A 2 - 122 G 2 - 122 4 A 201 - 312 C 201 - 312 5 A 201 - 312 E 201 - 312 6 A 201 - 312 G 210 - 312

-
要素

#1: 抗体
ANTI-PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C DIABODY


分子量: 26078.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: L5MK16 / プラスミド: PUC-119 DERIVED GENE: L5MK16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細A DIABODY IS A DIMER OF A SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT WITH A SHORT LINKER BETWEEN VH AND VL ...A DIABODY IS A DIMER OF A SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT WITH A SHORT LINKER BETWEEN VH AND VL DOMAINS. THE L5MK16 DIABODY IS MADE UP OF POLYPEPTIDES HAVING AN N-TERMINAL VH DOMAIN AND A C-TERMINAL VL DOMAIN. THE VH DOMAIN OF EACH CHAIN CONSISTS OF RESIDUES 1 - 122. THE VL DOMAIN OF EACH CHAIN CONSISTS OF RESIDUES 201 - 312. THE VH AND VL DOMAINS ARE CONNECTED VIA A FIVE-RESIDUE LINKER WITH THE SEQUENCE GGGGS. THE ELECTRON DENSITY FOR THE LINKER IS VISIBLE FOR CHAIN C. THE LINKERS FOR CHAINS A, E, AND G ARE INCLUDED IN THE COORDINATE ENTRY, BUT ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. THE LINKERS FOR CHAINS A, E, AND G HAVE BEEN MODELED SO THAT THEY ARE SIMILAR IN CONFORMATION TO THE LINKER IN CHAIN C. THE LINKERS FOR EACH CHAIN ARE RESIDUES 123 - 127. THERE ARE TWO DIABODIES IN THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL. CHAINS A AND C FORM ONE OF THE DIABODIES AND CHAINS E AND G FORM THE OTHER. IN SOLUTION, GEL FILTRATION SHOWS L5MK16 TO BE A DIMER. SOURCE 1 IMMUNOGLOBULIN KAPPA VH AND VL GENES JOINED BY A 5 RESIDUE LINKER.
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 8.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
220 %(v/v)glycerol1dropprecipitant
315 %(v/v)PEG30001dropprecipitant
40.1 MTris-HCl1dropprecipitant
50.2 Msodium acetate1dropprecipitant
1protein1drop
6precipitant1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 31023 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 4 % / Num. measured all: 124443 / Rmerge(I) obs: 0.125

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.2 -
obs0.2 27844
原子変位パラメータBiso mean: 15.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7352 0 0 261 7613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る