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- PDB-4o64: Zinc fingers of KDM2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o64
タイトルZinc fingers of KDM2B
要素Lysine-specific demethylase 2B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CXXC zinc finger / ring zinc finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


fourth ventricle development / initiation of neural tube closure / midbrain-hindbrain boundary morphogenesis / third ventricle development / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / embryonic camera-type eye morphogenesis / lateral ventricle development / negative regulation of neural precursor cell proliferation / hindbrain development ...fourth ventricle development / initiation of neural tube closure / midbrain-hindbrain boundary morphogenesis / third ventricle development / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / embryonic camera-type eye morphogenesis / lateral ventricle development / negative regulation of neural precursor cell proliferation / hindbrain development / PcG protein complex / unmethylated CpG binding / histone H3K36 demethylase activity / midbrain development / positive regulation of stem cell population maintenance / histone demethylase activity / forebrain development / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones / chromosome / positive regulation of cell growth / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / rRNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / F-box-like / CXXC zinc finger domain ...PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific demethylase 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Data collection
改定 1.22014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 2B
B: Lysine-specific demethylase 2B
C: Lysine-specific demethylase 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,83729
ポリマ－40,0523
非ポリマー78526
水2,504139
1
A: Lysine-specific demethylase 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,61211
ポリマ－13,3511
非ポリマー26210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6129
ポリマ－13,3511
非ポリマー2628
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lysine-specific demethylase 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6129
ポリマ－13,3511
非ポリマー2628
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.322, 107.322, 34.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 2B / CXXC-type zinc finger protein 2 / F-box and leucine-rich repeat protein 10 / F-box protein FBL10 / ...CXXC-type zinc finger protein 2 / F-box and leucine-rich repeat protein 10 / F-box protein FBL10 / F-box/LRR-repeat protein 10 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1B / Jumonji domain-containing EMSY-interactor methyltransferase motif protein / Protein JEMMA / Protein-containing CXXC domain 2 / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1B


分子量: 13350.738 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 607-723 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM2B, CXXC2, FBL10, FBXL10, JHDM1B, PCCX2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8NHM5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 8000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M tris, pH 8.5, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28315 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→46.47 Å / Num. obs: 24576 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.7 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.13-2.191.0811.7112821980100
9.04-46.470.01148.3187432899.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.29データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.13→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.1985 / WRfactor Rwork: 0.1686 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8204 / SU B: 10.97 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.1929 / SU Rfree: 0.1622 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: arp/warp was used for automated model building. coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed on the molprobity server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 779 3.2 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1905 ---
obs0.1914 24564 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.26 Å2 / Biso mean: 37.3248 Å2 / Biso min: 14.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.24 Å2-0 Å2
2---0.49 Å2-0 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2551 0 26 139 2716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192724
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9893661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9273.0155872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.66624.571105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65715492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9411518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6192.2641409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6192.2641408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6353.3861761
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.278 1774 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4426-2.1131-2.18860.83820.38541.7813-0.1111-0.0802-0.0917-0.05690.0538-0.0060.12660.04230.05730.0314-0.0036-0.00740.0712-0.00050.095289.233151.88523.4446
23.4318-0.41570.24165.99260.8818.24480.15660.0509-0.40430.20370.0373-0.21320.25630.0778-0.19390.03290.0293-0.02990.0614-0.01280.0653116.35747.7631-2.5789
36.96840.7401-3.76180.2865-0.55992.17390.1085-0.34710.08210.045-0.1818-0.116-0.13290.28030.07330.13060.0105-0.05840.14160.04170.153466.744776.50116.2531
44.89430.4843-0.44837.2117-1.41086.34080.0383-0.051-0.39070.06220.09250.50740.1988-0.2843-0.13080.05770.02130.02180.10860.00080.093840.92282.696512.7412
52.6227-3.93760.62017.8632-1.10371.52750.10650.098-0.089-0.1498-0.15460.30620.01-0.1440.04810.0237-0.0002-0.00770.0407-0.03760.065663.57349.57724.4567
65.5578-0.23061.2245.17031.14117.8666-0.0495-0.0725-0.3090.34610.109-0.59810.22050.3227-0.05950.11450.0182-0.05270.02860.01080.11267.662621.957410.401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A608 - 658
2X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2002
3X-RAY DIFFRACTION2A659 - 723
4X-RAY DIFFRACTION2A2003 - 2004
5X-RAY DIFFRACTION3B608 - 658
6X-RAY DIFFRACTION3B2001 - 2002
7X-RAY DIFFRACTION4B659 - 723
8X-RAY DIFFRACTION4B2003 - 2004
9X-RAY DIFFRACTION5C608 - 658
10X-RAY DIFFRACTION5C2001 - 2002
11X-RAY DIFFRACTION6C659 - 723
12X-RAY DIFFRACTION6C2003 - 2004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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