PDB-4nbq: Structure of the polynucleotide phosphorylase (CBU_0852) from Cox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nbq

タイトル

Structure of the polynucleotide phosphorylase (CBU_0852) from Coxiella burnetii

要素

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / RNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9138 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2013年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4nbq.ent.gz	631 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nbq_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nbq_full_validation.pdf.gz	572.2 KB	表示
XML形式データ	4nbq_validation.xml.gz	74.8 KB	表示
CIF形式データ	4nbq_validation.cif.gz	99.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/4nbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/4nbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4ng4C 3cdiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v0e-1 2495 1v0f-2 7cg0-d 3lee-d 1v0f-1 7a5v-1 3ju4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (9) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

B: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

C: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

240 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.710, 111.358, 219.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polynucleotide phosphorylase / PNPase 分子量: 79690.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / Nine Mile phase I / 遺伝子: pnp, CBU_0852 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q83D87, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 53776 / Num. obs: 51088 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-2.95	5	0.518	1	88.9
2.95-3	5	0.455	1	88.1
3-3.06	5	0.398	1	88.3
3.06-3.12	5	0.314	1	88.3
3.12-3.19	4.9	0.28	1	88.6
3.19-3.27	4.9	0.23	1	89.5
3.27-3.35	4.9	0.189	1	91.1
3.35-3.44	4.8	0.171	1	92.8
3.44-3.54	4.8	0.139	1	94.5
3.54-3.65	4.7	0.12	1	96.7
3.65-3.78	4.7	0.108	1	98
3.78-3.94	4.7	0.097	1	98.5
3.94-4.11	4.8	0.089	1	98.8
4.11-4.33	4.9	0.08	1	99.4
4.33-4.6	5	0.073	1	99.4
4.6-4.96	5.2	0.078	1	99.8
4.96-5.46	5.5	0.086	1	99.9
5.46-6.24	5.6	0.088	1	99.8
6.24-7.86	5.4	0.08	1	99.2
7.86-50	5.2	0.071	1	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 32.51 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.91 Å	49.63 Å
Translation	2.91 Å	49.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CDI

3cdi

解像度: 2.9138→49.634 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	2590	5.08 %
R_work	0.2083	-	-
obs	0.2109	51021	94.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.751 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.617 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.0981 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.5189 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9138→49.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14840	0	65	12	14917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	15110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	20413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.508	5693
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9138-2.9699	0.3232	105	0.2552	2249	X-RAY DIFFRACTION	80
2.9699-3.0305	0.3351	133	0.2496	2475	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0305-3.0964	0.3198	133	0.2482	2495	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0964-3.1684	0.3122	125	0.2409	2496	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1684-3.2476	0.2998	145	0.2378	2469	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2476-3.3354	0.3184	147	0.2352	2515	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3354-3.4335	0.2843	124	0.2222	2614	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4335-3.5443	0.2673	135	0.2061	2663	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5443-3.671	0.2504	145	0.209	2728	X-RAY DIFFRACTION	96
3.671-3.8179	0.2685	157	0.2067	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8179-3.9916	0.2552	166	0.1944	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9916-4.2019	0.2268	150	0.1784	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2019-4.465	0.2147	158	0.1635	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.465-4.8095	0.1936	157	0.1594	2841	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8095-5.293	0.2218	143	0.1911	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
5.293-6.0578	0.2767	140	0.2386	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0578-7.6277	0.2725	174	0.2169	2908	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6277-49.6413	0.2814	153	0.2337	3026	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7108	0.54	0.0996	2.2405	-0.4469	3.7297	-0.0497	-0.0535	0.0683	0.1387	0.0425	-0.5112	0.1159	0.5132	0.0202	0.2618	0.0595	-0.0091	0.2596	-0.0622	0.3998	23.2662	-8.2993	46.5801
2	2.6079	-0.2006	0.6895	1.8867	0.063	2.7199	-0.0732	-0.0576	0.209	0.0183	0.0422	-0.1747	0.041	0.1616	-0.0069	0.2198	0.0292	0.0164	0.1696	-0.0295	0.2646	10.8502	-8.3971	45.5409
3	3.2231	-1.5114	0.0505	6.2335	2.9286	4.0477	-0.1897	-0.1433	0.0928	-0.1821	-0.0958	0.2446	0.0678	-0.4124	0.1783	0.4188	-0.004	0.0929	0.1732	-0.0142	0.3383	-5.1817	22.0341	67.3528
4	0.9427	-0.0726	0.0405	1.5074	0.1153	3.1146	-0.1085	-0.0457	-0.1007	-0.0369	0.1966	-0.0533	0.1114	0.3935	-0.0969	0.2636	0.0214	-0.0148	0.228	0.0114	0.1583	-2.0312	10.8844	41.8274
5	1.864	0.0241	-1.4438	1.4804	0.209	3.3326	-0.0137	0.1215	-0.1562	-0.1196	0.0047	-0.1219	0.1011	0.2336	-0.0247	0.1514	0.0344	-0.0825	0.2033	-0.0021	0.1977	-3.2849	2.5987	30.4343
6	3.6254	0.481	-3.4192	0.9582	-1.6975	4.7869	-0.392	0.306	-0.175	-0.1587	-0.0878	-0.4347	0.0895	-0.093	0.059	0.9569	-0.1836	0.2088	0.8376	-0.1587	0.5271	14.8459	3.2804	-16.4353
7	2.5404	0.269	-0.8452	3.821	0.155	2.117	-0.0916	0.1811	0.1408	-0.7629	0.1211	0.0352	-0.2463	-0.1416	-0.0516	0.4596	-0.0213	-0.0345	0.1795	0.0307	0.1288	5.1346	33.4417	21.4102
8	0.8181	-0.3203	-0.123	1.6443	0.993	1.7313	-0.1519	0.1339	0.1035	-0.5891	0.0104	-0.4486	0.1131	0.0496	0.0711	0.5785	-0.1048	0.2577	0.4199	0.0455	0.5151	27.878	42.2807	23.4781
9	-0.4446	-0.4091	-0.5554	2.7484	2.3029	1.45	0.091	-0.1613	0.127	0.2535	-0.0723	0.2982	0.435	0.1568	-0.0742	1.0036	0.1299	0.2656	0.8758	-0.0214	0.5426	40.2256	-2.3175	-10.3498
10	1.1011	-0.1158	0.886	1.8839	-0.0754	2.0124	-0.1394	-0.1045	-0.0123	-0.0219	0.1641	-0.6369	-0.4338	0.0611	-0.0595	0.2048	-0.0382	0.3257	0.5887	-0.0878	0.9063	50.4693	19.2776	39.176
11	2.021	0.3136	0.9631	1.6422	0.1066	2.0021	0	0.2711	0.0664	-0.4782	0.0095	-0.4694	-0.0353	0.2454	-0.0057	0.3139	0.0512	0.2082	0.4496	-0.036	0.6688	42.5666	-6.5429	31.6222

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:74)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 75:238)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 239:284)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 285:378)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 379:576)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 577:692)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 0:225)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 226:541)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 542:692)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 1:313)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 314:619)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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新型コロナ情報

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