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- PDB-4n3e: Crystal structure of Hyp-1, a St John's wort PR-10 protein, in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3e
タイトルCrystal structure of Hyp-1, a St John's wort PR-10 protein, in complex with 8-anilino-1-naphthalene sulfonate (ANS)
要素Phenolic oxidative coupling protein
キーワードPLANT PROTEIN / PLANT HORMONE BINDING / PHYTOHORMONE BINDING / CYTOKININ / PLANT DEFENSE / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN / PR-10 PROTEIN / HYPERICIN / DEPRESSION / PR-10 FOLD / HYDROPHOBIC CAVITY / GLYCINE-RICH LOOP / ANS DISPLACEMENT ASSAY (ADA) / COMMENSURATELY MODULATED SUPERSTRUCTURE / TETARTOHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / Phenolic oxidative coupling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Sliwiak, J. / Dauter, Z. / Mccoy, A.J. / Read, R.J. / Jaskolski, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Likelihood-based molecular-replacement solution for a highly pathological crystal with tetartohedral twinning and sevenfold translational noncrystallographic symmetry.
著者: Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Dauter, Z. / McCoy, A.J. / Read, R.J.
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Phenolic oxidative coupling protein
B: Phenolic oxidative coupling protein
C: Phenolic oxidative coupling protein
D: Phenolic oxidative coupling protein
E: Phenolic oxidative coupling protein
F: Phenolic oxidative coupling protein
G: Phenolic oxidative coupling protein
H: Phenolic oxidative coupling protein
I: Phenolic oxidative coupling protein
J: Phenolic oxidative coupling protein
K: Phenolic oxidative coupling protein
L: Phenolic oxidative coupling protein
M: Phenolic oxidative coupling protein
N: Phenolic oxidative coupling protein
O: Phenolic oxidative coupling protein
P: Phenolic oxidative coupling protein
Q: Phenolic oxidative coupling protein
R: Phenolic oxidative coupling protein
S: Phenolic oxidative coupling protein
T: Phenolic oxidative coupling protein
U: Phenolic oxidative coupling protein
V: Phenolic oxidative coupling protein
W: Phenolic oxidative coupling protein
X: Phenolic oxidative coupling protein
Y: Phenolic oxidative coupling protein
Z: Phenolic oxidative coupling protein
a: Phenolic oxidative coupling protein
b: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)545,269122
ポリマ－517,86328
非ポリマー27,40694
水63135
1
A: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6925
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9926
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4975
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9316
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3934
ポリマ－18,4951
非ポリマー8983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9926
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7942
ポリマ－18,4951
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9926
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3934
ポリマ－18,4951
非ポリマー8983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9926
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0943
ポリマ－18,4951
非ポリマー5992
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3934
ポリマ－18,4951
非ポリマー8983
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9926
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3934
ポリマ－18,4951
非ポリマー8983
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
N: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6925
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1974
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
15
O: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0943
ポリマ－18,4951
非ポリマー5992
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
16
P: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0943
ポリマ－18,4951
非ポリマー5992
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
17
Q: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3934
ポリマ－18,4951
非ポリマー8983
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
18
R: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6925
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
19
S: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7942
ポリマ－18,4951
非ポリマー2991
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
20
T: Phenolic oxidative coupling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4951
ポリマ－18,4951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
21
U: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9926
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,4975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
22
V: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1904
ポリマ－18,4951
非ポリマー6953
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
23
W: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6925
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
24
X: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4895
ポリマ－18,4951
非ポリマー9944
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
25
Y: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6925
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
26
Z: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6315
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
27
a: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7942
ポリマ－18,4951
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
28
b: Phenolic oxidative coupling protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4895
ポリマ－18,4951
非ポリマー9944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.290, 146.290, 298.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE PROTEIN IS MONOMERIC IN SOLUTION, BUT FORMS DIMERS IN THE CRYSTAL STRUCTURE VIA ANTIPARALLEL INTERMOLECULAR BETA-SHEETS INVOLVING STRANDS BETA1. THE PAIRING SCHEME IS AB, CD, ..., YZ,...

-
要素

#1: タンパク質 ...
Phenolic oxidative coupling protein / Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1


分子量: 18495.109 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
遺伝子: hyp-1, HYP1.1 / プラスミド: pET151/D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H1L1
#2: 化合物...
ChemComp-2AN / 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / 8-アニリノ-1-ナフタレンスルホン酸


分子量: 299.344 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13NO3S
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES NUMBERED -5 TO 0 ARE FROM A CLONING ARTIFACT. RESIDUES 1-159 ARE FROM THE GENUINE PROTEIN ...RESIDUES NUMBERED -5 TO 0 ARE FROM A CLONING ARTIFACT. RESIDUES 1-159 ARE FROM THE GENUINE PROTEIN SEQUENCE. THE AMINO ACID SEQUENCE OF THE PRESENT PROTEIN DIFFERS FROM THE DEPOSITED SEQUENCE Q8H1L1 POSSIBLY BECAUSE OF GENETIC VARIABILITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES 0.1 M, tribasic sodium citrate 1.3 M, glycerol 10% , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.251
11-K, -H, -L20.292
11-h,-k,l30.249
11K, H, -L40.209
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 61810 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.435
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 6043 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IE5

3ie5


解像度: 2.43→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. The reflection data set for refinement in monoclinic symmetry was obtained by expansion of a tetartohedrally twinned data set merged in tetragonal symmetry
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27759 3077 1.3 %RANDOM
Rwork0.22278 ---
obs0.22353 232268 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0 Å2-11.43 Å2
2---15.3 Å2-0 Å2
3---15.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→48.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35224 0 1914 35 37173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01938208
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0235737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1822.00551855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.648382416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.50754442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91924.9721619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.043156308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5761584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.25475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02142347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0420.029027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.493 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.141 16769 -
obs--96.96 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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