PDB-4mz6: Structure of importin-alpha: dUTPase S11E NLS mutant complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mz6

タイトル

Structure of importin-alpha: dUTPase S11E NLS mutant complex

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
Importin subunit alpha-1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ARM repeat / Importin / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Sensing of DNA Double Strand Breaks / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Marfori, M. / Rona, G. / Vertessy, B.G. / Kobe, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Phosphorylation adjacent to the nuclear localization signal of human dUTPase abolishes nuclear import: structural and mechanistic insights.
著者: Rona, G. / Marfori, M. / Borsos, M. / Scheer, I. / Takacs, E. / Toth, J. / Babos, F. / Magyar, A. / Erdei, A. / Bozoky, Z. / Buday, L. / Kobe, B. / Vertessy, B.G.

履歴

登録	2013年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年11月13日	ID: 4FDS
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.3	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mz6.cif.gz	190.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mz6.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mz5C 1elj 3ukw C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u5u-d 3zio-d 5ctt-d 7l04-d 4oih-d 4u5l-d 5x8n-d 5u5p-d 4mz5-d 4htv-d 3ukx-d 5svz-d 3knd-d 4yi0-d 7jjm-d 3uvu-d 3zin-d 2ynr-d 5w4e-d 3ve6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (12) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (12)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (4)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial

C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial

E: Importin subunit alpha-1

58 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.033, 89.948, 99.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

THE PROTEIN IMPORTIN ALPHA HAS A TWO BINDING SITES ON THE SURFACE OF THE MOLECULE. THERE IS EXTENSIVE LITERATURE THAT SHOWS THAT 'BIPARTITE' PEPTIDES CAN BIND TO BOTH BINDING SITES SIMULTANEOUSLY, WHILE SHORTER 'MONOPARTITE' PEPTIDES SUCH AS THE ONES USED IN THIS STUDY, BIND TO ONLY ONE. WE THEREFORE BELIEVE THAT THE PRESENCE OF THE PEPTIDE AT BOTH BINDING SITES IS THE RESULT OF CRYSTALLIZATION ARTIFACTS DUE TO THE CONCENTRATION OF PEPTIDE USED IN THE STUDY.

#1: タンパク質・ペプチド	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 1426.640 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 97-109 / 変異: S99E / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33316
#2: タンパク質	Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha 分子量: 55121.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-528 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P52293
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Sodium citrate, DTT, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953693 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射	モノクロメーター: Sagitally focused Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→99.44 Å / Num. all: 57564 / Num. obs: 57564 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2.4 / Observed criterion σ(I): 2.4
反射シェル	解像度: 1.88→1.98 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→38.966 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1951	2916	5.08 %	random
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.175	57564	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.12 Å² / k_sol: 0.367 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9243 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.2443 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→38.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3377	0	0	336	3713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.496	4689
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.982	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.9014	0.4132	164	0.3675	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9014-1.9238	0.3132	202	0.3202	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9238-1.9472	0.3492	207	0.3286	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9472-1.9719	0.3117	150	0.2868	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9719-1.9978	0.2909	231	0.2579	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9978-2.0252	0.268	161	0.2252	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0252-2.0541	0.251	179	0.2295	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0541-2.0848	0.2606	181	0.2084	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0848-2.1173	0.2594	203	0.1957	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1173-2.152	0.2501	174	0.198	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.152-2.1892	0.209	186	0.1819	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1892-2.229	0.205	178	0.1778	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.229-2.2718	0.2418	168	0.1772	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2718-2.3182	0.2138	205	0.1679	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3182-2.3686	0.199	222	0.1663	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3686-2.4237	0.2078	178	0.1728	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4237-2.4843	0.2319	189	0.1712	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4843-2.5514	0.2348	204	0.1659	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5514-2.6265	0.1573	155	0.1688	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6265-2.7113	0.1795	185	0.1623	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7113-2.8081	0.1811	197	0.1565	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8081-2.9205	0.2101	136	0.1642	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9205-3.0534	0.1993	189	0.1734	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0534-3.2143	0.1986	183	0.1722	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2143-3.4156	0.1843	186	0.1767	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4156-3.6791	0.1618	193	0.17	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6791-4.049	0.1689	200	0.1499	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.049-4.6341	0.1632	209	0.1327	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6341-5.8353	0.1726	180	0.1531	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8353-38.966	0.1608	192	0.1795	3435	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5548	0.4335	-0.5864	0.1454	0.39	3.4473	0.0788	0.528	0.1108	-0.4408	0.2647	-0.0752	-0.2817	0.3157	-0.1634	0.4558	-0.0259	0.0766	0.4615	-0.2122	0.7042	40.8359	60.0847	40.5196
2	4.6075	-0.4846	0.0577	7.3443	3.7368	1.9954	0.2471	0.5119	-0.5287	0.2301	-0.6092	1.1848	0.3253	-0.6168	0.4815	0.303	0.0138	-0.0024	0.3073	-0.0493	0.4156	35.7999	84.8845	58.9276
3	1.6771	-0.2982	-0.4762	3.6054	1.3318	1.024	0.1406	-0.0453	0.1566	-0.0724	-0.0447	0.0627	-0.2128	-0.0857	-0.093	0.2233	-0.0026	0.0518	0.1707	-0.0028	0.1263	45.6875	92.7125	65.4142
4	1.9206	0.7209	0.6001	1.7251	0.5772	1.6649	0.1165	0.0178	-0.2618	0.1129	-0.0163	0.0199	0.0811	-0.0229	-0.0975	0.1741	-0.0086	-0.0049	0.1446	0.018	0.214	38.528	66.4824	61.5676
5	2.6992	0.5137	1.2685	2.8508	0.5563	2.0873	0.064	0.8138	-0.3689	-0.4327	0.2372	-0.5908	0.1095	0.5468	-0.1117	0.2378	0.0294	0.0623	0.4101	-0.1717	0.3708	31.4109	51.9511	31.2491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 13:19 )	A	13 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 11:20 )	C	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN E AND RESID 72:202 )	E	72 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN E AND RESID 203:322 )	E	203 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 323:497 )	E	323 - 497

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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