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- PDB-4myx: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4myx
タイトルCrystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ame complexed with P32
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2F0 / FORMIC ACID / INOSINIC ACID / MALONATE ION / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ame complexed with P32
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,56156
ポリマ－325,6778
非ポリマー7,88448
水7,260403
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,72527
ポリマ－162,8384
非ポリマー3,88723
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26940 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area47520 Å2
手法PISA
2
E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,83529
ポリマ－162,8384
非ポリマー3,99725
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27040 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area48530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.365, 89.820, 104.502
Angle α, β, γ (deg.)81.41, 90.42, 83.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 40709.574 Da / 分子数: 8 / 断片: IMPDH-delta-L-CBS / 変異: CBS domain (residues 92-220) is replaced with GG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 451分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-2F0 / 2-chloro-5-{[(2-{3-[(1E)-N-hydroxyethanimidoyl]phenyl}propan-2-yl)carbamoyl]amino}benzamide / P32


分子量: 388.848 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21ClN4O3
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5 % w/v Tacsimate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEGMME 5000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 82135 / Num. obs: 82135 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 45.22 Å2 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID ENTRY 3TSD

3tsd


解像度: 2.701→41.897 Å / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 4096 5 %
Rwork0.2176 --
obs0.2197 81984 98.04 %
all-81984 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→41.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20636 0 526 403 21565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76229264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4427992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1243377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.701-2.73270.34811310.28772532X-RAY DIFFRACTION92
2.7327-2.76610.40661530.28192709X-RAY DIFFRACTION98
2.7661-2.80110.3071450.27372635X-RAY DIFFRACTION98
2.8011-2.83790.30691300.28222737X-RAY DIFFRACTION98
2.8379-2.87680.35081360.27242639X-RAY DIFFRACTION98
2.8768-2.91790.32721470.2742695X-RAY DIFFRACTION98
2.9179-2.96140.29881190.26782700X-RAY DIFFRACTION98
2.9614-3.00770.32291430.28042684X-RAY DIFFRACTION98
3.0077-3.0570.33991460.26162686X-RAY DIFFRACTION98
3.057-3.10970.32221420.26182691X-RAY DIFFRACTION98
3.1097-3.16620.31921360.25932713X-RAY DIFFRACTION98
3.1662-3.22710.33811550.24842647X-RAY DIFFRACTION98
3.2271-3.29290.28841410.24652710X-RAY DIFFRACTION98
3.2929-3.36450.30031390.24312698X-RAY DIFFRACTION98
3.3645-3.44270.27991160.23252741X-RAY DIFFRACTION98
3.4427-3.52880.26651340.22632703X-RAY DIFFRACTION98
3.5288-3.62410.31111440.22412668X-RAY DIFFRACTION99
3.6241-3.73070.25651460.20682724X-RAY DIFFRACTION98
3.7307-3.8510.21481530.20312648X-RAY DIFFRACTION98
3.851-3.98860.25141410.19362711X-RAY DIFFRACTION98
3.9886-4.14810.22531490.18362659X-RAY DIFFRACTION99
4.1481-4.33670.21911440.18242725X-RAY DIFFRACTION98
4.3367-4.56510.2161220.18182703X-RAY DIFFRACTION99
4.5651-4.85080.23571610.17812695X-RAY DIFFRACTION99
4.8508-5.22460.21461590.17812682X-RAY DIFFRACTION98
5.2246-5.74920.24021280.20912694X-RAY DIFFRACTION99
5.7492-6.57840.21771440.21072700X-RAY DIFFRACTION98
6.5784-8.27760.21481340.20412712X-RAY DIFFRACTION99
8.2776-41.90170.22461580.20182647X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32960.20490.01771.4234-0.08860.49450.0320.0370.01310.16270.0118-0.18950.00590.1147-0.04520.39550.0479-0.0630.3616-0.02280.303319.3827-4.053214.6346
23.1706-1.0544-0.04972.4776-0.2482.6597-0.2718-0.1372-0.29680.12610.1773-0.70370.57860.57150.10790.51960.1604-0.06880.4905-0.01220.50137.3884-20.38689.8974
34.6231-1.43062.00311.3623-0.06712.8980.1145-0.074-0.91330.28370.0461-0.07150.75810.504-0.2240.55880.1132-0.0920.44610.09560.486125.5226-24.296719.8839
41.9889-1.11560.83372.0893-0.55753.1974-0.1365-0.181-0.17020.0070.0281-0.04290.1501-0.03630.09880.4246-0.0131-0.0120.25380.00030.321217.3617-14.591317.2801
51.4740.03792.21022.3842-1.68424.19650.29140.2162-0.15820.0304-0.11280.09930.08450.3612-0.27110.27550.0147-0.01560.2784-0.01390.269922.1086-5.042311.1831
64.48353.5646-0.24865.5068-3.17377.7459-0.17590.6508-0.1674-0.58580.054-0.244-0.06740.84280.04580.444-0.05430.03940.5712-0.03980.508629.4521-10.9275-9.9963
78.26714.8038-2.37075.8484-1.37993.1331-0.37510.2295-0.5671-0.57340.0272-0.22310.43030.00590.42180.42560.085-0.03920.4281-0.03180.309722.2173-19.6135-3.9345
83.592-0.630.51421.31210.65060.5352-0.0662-0.12380.28340.26460.0148-0.217-0.10630.07560.10330.4366-0.0312-0.01850.26470.01090.355920.81285.683611.9215
92.0223-2.16751.03011.8921-0.64612.31590.78640.6889-1.1744-0.992-0.10840.0080.16930.3514-0.55020.4946-0.06880.04980.4557-0.16750.569119.14148.0016-6.5848
101.89460.1190.25181.24120.15221.5543-0.06410.10880.31540.10460.0026-0.2184-0.39390.08530.05070.4622-0.02320.00960.2739-0.03730.420510.720428.50872.6148
110.87330.13940.50673.73370.94881.52-0.0857-0.14210.2470.1810.0596-0.1776-0.40850.16840.03630.4138-0.0363-0.01910.3273-0.03650.293214.006126.32489.7748
123.9008-2.13351.77693.3715-2.10765.41060.12820.50660.2996-0.1992-0.347-0.537-0.13280.58240.12840.4287-0.12610.05320.32820.03080.347819.705819.8191-11.4839
134.40960.7624-1.41344.2936-0.71954.27860.09290.01950.0719-0.1691-0.0686-0.2774-0.0605-0.09790.02260.27340.0557-0.03590.27190.03560.3432-5.006520.8213-4.3795
148.4731-3.98451.00144.0855-0.89781.3912-0.0855-0.1818-0.29930.16590.10030.6445-0.2826-0.01680.02380.4188-0.04970.02240.1818-0.02690.318-7.7179-10.850710.8844
153.30580.57111.46211.68270.31181.92230.115-0.0103-0.5446-0.20530.13340.21360.4969-0.1511-0.26770.5026-0.07150.03630.24060.03230.4357-11.3047-36.5634-6.0413
160.3026-0.19810.10523.58142.10141.3126-0.10860.0603-0.1782-0.22290.10471.13620.1604-0.2807-0.01930.5241-0.16530.05180.44890.0280.7154-25.3486-31.8658-1.6272
171.5147-0.6042-0.85994.2172-1.60853.54820.00890.0913-0.08320.19020.2250.59020.2675-0.2432-0.23860.3785-0.0417-0.00970.2875-0.01730.3494-18.3495-18.44381.5471
181.86350.5126-0.72713.65480.97370.5305-0.02840.0397-0.1161-0.0721-0.04430.0375-0.0911-0.00230.0530.31440.0142-0.00130.26840.07450.3397-7.4795-23.96521.5722
192.5083-1.51490.84281.49390.21952.69810.2820.5526-0.1721-0.2862-0.2161-0.00260.27910.1968-0.07020.342-0.09660.05430.2208-0.01160.3196-3.3987-23.058-12.8819
204.20480.3805-2.62685.58010.32114.87120.0527-0.1775-0.0123-0.2725-0.17540.16660.19070.35620.0970.28720.0198-0.11740.30820.03530.23846.2409-17.48784.6911
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241.8543-0.29540.71362.3225-0.49251.6895-0.1533-0.04430.17070.02660.07930.4669-0.2113-0.30580.06210.31650.0547-0.00740.3001-0.02410.3497-24.303114.9286-2.6879
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322.13190.0437-0.1691.4393-0.21370.3883-0.0356-0.02330.19990.14130.0281-0.2372-0.2168-0.03120.0340.5606-0.1424-0.02660.3335-0.04650.318446.543316.752-52.7308
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381.91170.5216-0.943.6179-0.92051.58340.0668-0.4544-0.20680.5601-0.1521-0.10870.13780.1150.07630.4135-0.0512-0.01380.37210.03260.297128.0864-27.2062-35.4186
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451.6279-0.7216-0.77452.53450.46281.9695-0.0133-0.37780.02020.37620.0251-0.47330.24860.4937-0.01360.30490.0056-0.0520.45220.00330.305464.0523-21.7323-49.6322
461.83390.6034-1.57423.8603-1.8865.5887-0.02730.21550.5468-0.5313-0.27650.05920.7744-0.2490.27180.33760.05710.03040.5648-0.00730.456156.7607-19.4149-71.0844
475.77254.8041-4.11089.0733-5.86517.173-0.49780.4236-0.4133-1.02040.62280.04241.0591-0.1882-0.15570.35730.0505-0.08630.4532-0.03410.315551.6031-28.423-66.6712
480.5730.1819-1.25991.5506-0.19193.00050.0353-0.0537-0.12340.0718-0.0858-0.17820.1320.19270.02570.2773-0.04350.02050.4061-0.04370.460358.9033-2.1312-60.9505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 242 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 270 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 271 through 333 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 334 through 368 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 369 through 389 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 390 through 427 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 428 through 471 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 472 through 487 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -4 through 232 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 233 through 363 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 364 through 427 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 428 through 486 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid -1 through 26 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 27 through 232 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 233 through 283 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 284 through 319 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 320 through 377 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 378 through 445 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 446 through 486 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid -2 through 28 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 29 through 232 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 233 through 257 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 258 through 363 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 364 through 399 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 400 through 427 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 428 through 486 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid -3 through 77 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 78 through 257 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 258 through 389 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 390 through 486 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid -2 through 56 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 57 through 355 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 356 through 486 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid -4 through 56 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 57 through 232 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 233 through 257 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 258 through 368 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 369 through 389 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 390 through 417 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 418 through 445 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 446 through 486 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid -2 through 232 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 233 through 257 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 258 through 355 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 356 through 389 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 390 through 427 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 428 through 486 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る