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- PDB-4ma1: Unliganded 3 crystal structure of S25-26 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ma1
タイトルUnliganded 3 crystal structure of S25-26 Fab
要素(S25-26 Fab (IgG1k) ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Groove-type Recognition of Chlamydiaceae-specific Lipopolysaccharide Antigen by a Family of Antibodies Possessing an Unusual Variable Heavy Chain N-Linked Glycan.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Saldova, R. / Muniyappa, M. / Brade, L. / Rudd, P.M. / Harvey, D.J. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
E: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
H: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
C: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
F: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
L: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,23412
ポリマ－143,6096
非ポリマー3,6256
水4,378243
1
B: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
C: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8704
ポリマ－47,8702
非ポリマー1,0012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
2
E: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
F: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7643
ポリマ－47,8702
非ポリマー8951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
3
H: S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain
L: S25-26 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5995
ポリマ－47,8702
非ポリマー1,7303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.257, 66.508, 122.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-439-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21E
12B
22H
13E
23H
14C
24F
15C
25L
16F
26L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010B4 - 217
2010E4 - 217
1020B1 - 218
2020H1 - 218
1030E4 - 217
2030H4 - 217
1040C1 - 219
2040F1 - 219
1050C1 - 219
2050L1 - 219
1060F1 - 219
2060L1 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
抗体 , 2種, 6分子 BEHCFL

#1: 抗体 S25-26 Fab (IgG1k) heavy chain


分子量: 23513.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C
#2: 抗体 S25-26 Fab (IgG1k) light chain


分子量: 24356.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/C

-
糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1584.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-4-5-3-6/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e4-f1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 246分子

#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→30 Å / Num. obs: 62649 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.91 Å
Translation2.5 Å29.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M7J

4m7j


解像度: 2.32→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU B: 17.046 / SU ML: 0.206 / SU R Cruickshank DPI: 0.7385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.739 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2621 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 51319 81.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.83 Å2-0 Å2-0.21 Å2
2--2.74 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10061 0 242 243 10546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0210599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.029655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.97614533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2423.00222292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90251305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87824405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.306151634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6591542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4031.1325235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4031.1315234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7321.6956535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B103460.14
12E103460.14
21B108220.12
22H108220.12
31E103610.13
32H103610.13
41C116250.08
42F116250.08
51C113960.09
52L113960.09
61F113300.1
62L113300.1
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 67 -
Rwork0.303 1168 -
obs--26.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.80182.7461-1.0264.2609-1.2644.21410.0406-0.1934-0.3097-0.0271-0.08130.06670.05050.10620.04070.1709-0.0769-0.01170.21990.02390.144248.6886-23.903735.1861
23.8322-0.8089-3.8142.08271.45678.58820.0266-0.02850.02780.1106-0.03780.2602-0.0266-0.53420.01110.2431-0.1971-0.01480.61640.03930.289721.763-28.909459.2803
33.91760.1611-2.76273.53232.02376.19930.0237-0.0858-0.1326-0.1448-0.00330.6314-0.281-0.4229-0.02040.3609-0.1195-0.0060.56570.05410.310220.2106-26.565459.4477
44.24016.7261-1.29712.2839-2.28642.57680.7189-0.46191.6571.3146-0.3331.7962-0.933-0.2018-0.3860.539-0.23820.20770.93-0.37471.0837-16.1268-20.208636.7205
54.3282-0.733-1.57297.0712.4586.1522-0.15350.29620.2953-0.34780.10690.28540.14130.360.04660.3406-0.1212-0.04060.27640.06530.411614.654-19.693316.6858
66.0228-0.9827-3.40117.5991.77785.64860.15860.55020.576-0.9029-0.04870.3743-0.05510.3045-0.10990.3555-0.0916-0.10250.35720.05540.32414.5367-20.12713.8488
77.3831-0.3232-0.37512.3562-0.48183.31390.0870.1873-0.49540.0144-0.15050.08370.3006-0.12380.06340.18180.0674-0.00240.0638-0.03110.140723.03551.832-9.3007
85.1466-0.50350.34141.6315-1.53249.57410.0323-0.15190.01640.1751-0.1542-0.1944-0.48260.03710.12190.121-0.0283-0.03180.03170.0680.367452.75813.01511.8374
94.7112-0.79211.31670.6673-0.687111.54270.037-0.1452-0.25640.1187-0.1145-0.0616-0.04510.01820.07760.1507-0.0646-0.04630.04990.01830.331552.6871.012813.9142
103.4913-0.157-1.61471.64250.8374.11520.0048-0.6687-0.03850.24470.07820.0389-0.11680.3262-0.0830.184-0.1646-0.02550.58270.06490.080356.145-11.758250.5942
117.08145.1927-14.64025.6692-6.061642.04380.3591-0.15270.13830.50580.00830.0393-0.21260.5811-0.36750.4536-0.0558-0.02020.5433-0.0180.232641.5504-9.70167.9604
124.65643.1263-0.2698.0195-1.30841.77160.2224-0.5525-0.41590.3112-0.3453-0.16030.26660.2370.12290.4147-0.08720.10910.7270.09330.155331.3449-31.697870.691
137.45610.808-2.68381.68410.8733.94030.2639-0.6163-0.02560.0402-0.1423-0.1596-0.12590.164-0.12160.1618-0.2143-0.04970.50610.03660.1003-14.7235-40.696831.7368
1443.13816.481813.79331.8287-1.99923.8263-0.2061.1766-0.6028-0.23820.4551-0.09560.8671-0.8286-0.24910.2431-0.18980.00270.2396-0.19980.66632.7748-45.468617.9368
159.3075.41742.56835.79691.34682.2283-0.01810.0529-0.01030.0129-0.0635-0.29980.0099-0.00890.08160.2144-0.05330.07360.0806-0.06790.259320.7938-30.803124.7266
166.5577-0.78312.46422.07490.08953.917-0.0324-0.6986-0.02510.32080.0503-0.15410.14160.0352-0.01790.13020.01130.03760.10830.00190.11514.57539.68398.0624
1741.083117.306316.8257.46236.206911.5129-0.0801-0.24010.08320.2281-0.00090.0332-1.4779-0.21730.08110.45110.03160.02830.615-0.01290.205129.674812.178525.3745
188.89690.9996-3.79551.6442-0.16344.52930.074-0.27890.4988-0.0081-0.0677-0.0904-0.5506-0.0494-0.00630.3742-0.028-0.15050.03790.03710.299651.116617.194115.4984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2B117 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3B165 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4E4 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5E117 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6E165 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8H117 - 164
9X-RAY DIFFRACTION9H165 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10C1 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11C110 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12C116 - 214
13X-RAY DIFFRACTION13F1 - 109
14X-RAY DIFFRACTION14F110 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15F116 - 214
16X-RAY DIFFRACTION16L1 - 109
17X-RAY DIFFRACTION17L110 - 115
18X-RAY DIFFRACTION18L116 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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