PDB-4lgv: X-ray crystal structure of Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lgv

タイトル

X-ray crystal structure of Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase from Mycobacterium avium

要素

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt / glucose metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2013年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lgv.cif.gz	710.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lgv.ent.gz	591.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lgv_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lgv_full_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示
XML形式データ	4lgv_validation.xml.gz	68.2 KB	表示
CIF形式データ	4lgv_validation.cif.gz	97.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4o2dC 2bh9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4laj-d 5m59-2 5m59-4 4p6v-d 4lo8-d 30937 5m59-1 6upk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MyavA.00897.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

222 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.220, 170.210, 225.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	GLN	GLN	A	A	7 - 463	28 - 484
2	1	HIS	HIS	GLN	GLN	B	B	7 - 463	28 - 484
1	2	HIS	HIS	GLN	GLN	A	A	7 - 463	28 - 484
2	2	HIS	HIS	GLN	GLN	C	C	7 - 463	28 - 484
1	3	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	8 - 462	29 - 483
2	3	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	8 - 462	29 - 483
1	4	HIS	HIS	GLN	GLN	B	B	7 - 463	28 - 484
2	4	HIS	HIS	GLN	GLN	C	C	7 - 463	28 - 484
1	5	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	8 - 462	29 - 483
2	5	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	8 - 462	29 - 483
1	6	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	8 - 462	29 - 483
2	6	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	8 - 462	29 - 483

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 分子量: 55353.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: zwf, MAV_1252 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0QC59, UniProt: A0A0H3A0Q9*PLUS, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 682分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG1 E4: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.50, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.28357 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28357 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 95401 / Num. obs: 94781 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 5.76 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Net I/σ(I): 17.39

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BH9

2bh9

解像度: 2.3→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU B: 11.412 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2206	4755	5 %	RANDOM
R_work	0.1851	-	-	-
obs	0.1869	94781	99.35 %	-
all	-	95401	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.25 Å² / B_iso mean: 37.555 Å² / B_iso min: 5.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.37 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14112	0	26	673	14811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	13568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.959	19844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	3	31019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.828	5	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.02	23.117	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.916	15	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.768	15	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	16735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.564	2.067	7265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.564	2.067	7264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.464	3.093	9074

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	26804	0.1
1	2	B	26804	0.1
2	1	A	27308	0.09
2	2	C	27308	0.09
3	1	A	25338	0.08
3	2	D	25338	0.08
4	1	B	27098	0.09
4	2	C	27098	0.09
5	1	B	24964	0.1
5	2	D	24964	0.1
6	1	C	25204	0.08
6	2	D	25204	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	328	-
R_work	0.258	6288	-
all	-	6616	-
obs	-	-	96.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4713	0.0249	0.4323	1.9092	-0.3145	1.2251	0.067	-0.0074	-0.0101	0.259	-0.0258	-0.0294	0.1165	-0.0688	-0.0411	0.2444	-0.0136	-0.0377	0.0983	0.0013	0.0752	38.9341	123.6492	42.8086
2	0.0472	-0.0157	-0.162	1.4322	0.2349	0.8664	0.0347	0.0143	-0.0336	0.2352	-0.0528	-0.2562	-0.039	0.0141	0.0181	0.1512	-0.0277	-0.0599	0.1064	0.0398	0.1596	42.1802	104.6663	25.7328
3	0.2912	-0.0262	-0.0027	0.8516	0.171	0.2633	0.0161	0.0256	0.0643	0.0431	-0.0179	-0.2514	-0.0505	-0.0156	0.0018	0.0762	-0.023	-0.0151	0.1135	0.0384	0.2169	46.8833	102.5061	14.1277
4	1.4397	-1.3345	-0.0971	3.9235	0.1209	0.1417	-0.0342	-0.1013	0.0499	0.4708	-0.0046	-0.2713	-0.1412	0.0646	0.0388	0.2462	-0.0567	-0.1037	0.0891	0.0044	0.1161	42.4004	107.2329	30.9297
5	1.7346	0.5435	1.8645	2.7015	1.6816	2.7444	-0.0518	0.348	0.0984	-0.1571	0.2391	-0.7568	-0.2871	0.5054	-0.1873	0.165	-0.0331	0.1309	0.3653	0.0198	0.5741	57.3483	106.2995	10.2774
6	0.7273	-0.0989	0.0234	0.7963	-0.5703	1.5509	-0.0035	-0.0468	-0.0211	-0.0801	0.0218	-0.0222	0.2323	-0.0495	-0.0182	0.1107	-0.0006	-0.0145	0.1856	0.0262	0.0765	27.4543	66.0207	56.3279
7	0.075	-0.0471	-0.0114	0.2014	-0.112	0.8134	-0.0171	-0.0115	0.0135	0.0114	0.0003	-0.0045	0.0712	-0.053	0.0168	0.1252	-0.0161	0.0091	0.1473	0.01	0.1217	17.6961	76.5068	29.3475
8	0.3486	0.4215	0.9323	2.2621	-1.3534	6.5868	-0.0444	-0.0241	-0.0872	-0.2009	0.0264	-0.0907	0.3645	-0.144	0.018	0.1717	-0.0055	0.0886	0.0925	-0.0072	0.1914	22.3511	63.9303	10.3522
9	2.5795	1.2576	0.764	6.4142	0.4976	4.6783	0.0145	0.0181	-0.1513	0.2685	0.153	0.0313	0.3856	0.1175	-0.1675	0.1591	0.0138	-0.0033	0.1513	0.0367	0.0722	30.2217	68.6246	41.0288
10	1.1166	-0.204	-0.1511	0.336	0.0114	1.6481	-0.0154	-0.0185	-0.0292	-0.0298	0.0112	0.0285	0.0421	-0.3159	0.0042	0.0827	-0.0232	-0.005	0.1563	0.0359	0.0898	9.0503	75.2163	26.8114
11	0.4465	-0.0371	-0.3471	0.4525	-0.0176	0.9567	0.0456	0.0998	-0.0269	0.0433	-0.0194	0.0198	-0.0523	0.0636	-0.0263	0.1185	-0.0112	0.0155	0.1909	-0.0083	0.0848	27.1105	99.0446	-42.8834
12	0.0601	0.0593	0.1452	0.2117	-0.0097	0.6037	-0.0261	-0.0036	0.0038	-0.0291	0.0215	0.0357	0.0106	-0.0228	0.0046	0.1173	-0.0148	0.0123	0.1567	0.011	0.1261	17.6332	96.1179	-13.7951
13	0.5227	-0.3643	-0.5315	0.2989	-0.046	4.8408	-0.0396	0.027	0.1098	0.0436	-0.0026	-0.0679	-0.1934	-0.0626	0.0422	0.1051	-0.0235	-0.0285	0.1251	0.0094	0.1827	25.5267	106.9569	0.6753
14	0.8073	0.0913	-0.0783	3.8704	0.9035	3.7624	-0.0616	-0.1367	0.0955	-0.0593	0.1692	0.0499	-0.1079	0.3563	-0.1076	0.151	-0.0181	0.0073	0.1905	0.0066	0.065	30.7929	100.6732	-29.9253
15	1.092	-0.3666	0.846	0.7586	-0.1966	1.306	-0.027	-0.0282	-0.0173	-0.0147	0.0314	0.0641	-0.0903	-0.2626	-0.0044	0.0658	-0.0122	0.0357	0.1493	0.0264	0.1071	9.7776	97.9233	-14.5014
16	0.7739	-0.1881	-0.0737	4.039	-0.9835	2.1206	0.0125	-0.0027	-0.055	-0.1965	0.0711	0.1937	0.2812	0.0797	-0.0837	0.4613	0	0.1045	0.0265	-0.0194	0.0632	30.5498	46.3059	-31.9217
17	0.8726	0.6084	-0.6073	2.6025	1.9135	4.701	-0.3208	0.1429	-0.1082	-0.474	0.1766	-0.1363	0.0521	0.2643	0.1442	0.4585	-0.0146	0.1943	0.0978	-0.0032	0.1041	38.6168	63.8018	-28.0283
18	1.4881	-0.051	-0.9287	0.4068	-0.2497	1.6849	-0.2111	-0.1334	-0.2959	-0.1249	-0.0773	-0.1455	0.4334	0.0777	0.2884	0.258	0.0754	0.1425	0.0685	0.0409	0.2122	38.9639	63.7982	-5.7404
19	0.465	0.3899	-0.1596	0.5381	-0.2777	1.0155	-0.1082	0.0291	-0.1666	-0.2104	-0.0472	-0.2887	0.2887	0.1957	0.1554	0.1971	0.1219	0.1225	0.1217	0.0079	0.2133	43.9621	66.6143	-4.2036
20	1.3055	1.0973	0.2272	2.7259	0.1758	0.9755	-0.1774	0.0449	-0.4202	-0.3218	-0.0379	-0.5801	0.6209	0.2729	0.2153	0.4938	0.1937	0.271	0.1141	0.0447	0.2825	43.4369	61.9458	-6.8436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	145 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	221 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	390 - 430
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	431 - 463
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	143 - 342
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	343 - 386
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	387 - 411
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	412 - 463
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	7 - 177
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	178 - 343
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	344 - 387
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	388 - 411
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	412 - 463
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	8 - 144
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	145 - 176
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	177 - 227
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	228 - 369
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	370 - 462

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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