PDB-4ktd: Fab fragment of HIV vaccine-elicited CD4bs-directed antibody, GE1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ktd

タイトル

Fab fragment of HIV vaccine-elicited CD4bs-directed antibody, GE136, from non-human primate

要素

GE136 Heavy Chain Fab
GE136 Light Chain Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody Affinity / Antibody Specificity / Vaccine Elicited Antibodies / Fab fragment / AIDS Vaccines

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Poulsen, C. / Tran, K. / Standfield, R. / Wyatt, R.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Vaccine-elicited primate antibodies use a distinct approach to the HIV-1 primary receptor binding site informing vaccine redesign.
著者: Tran, K. / Poulsen, C. / Guenaga, J. / de Val Alda, N. / Wilson, R. / Sundling, C. / Li, Y. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Ward, A.B. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T.

履歴

登録	2013年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ktd.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ktd.ent.gz	145.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ktd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ktd_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ktd_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	4ktd_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	4ktd_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qhk-1 3qg7-d 4odu-2 6wyr-2 5kg9-2 1r24-3 5f6h-2 6y1m-d 3mme-3 4trp-d 5cd3-2 4dvb-1 3w9d-1 5mu0-8 3sgd-2 6nb5-1 5i1d-2 3tnn-3 4yo0-1 3tnn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: GE136 Heavy Chain Fab

L: GE136 Light Chain Fab

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.920, 71.500, 154.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	GE136 Heavy Chain Fab 分子量: 24620.561 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: CMV-R expression plasmid / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	GE136 Light Chain Fab 分子量: 23384.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: CMV-R expression plasmid / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M Citric Acid, 1.6M Ammonium Sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月6日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. all: 34482 / Num. obs: 33654 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 33.099 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.34

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05	0.54	4.59	11869	2470	1	97.4
2.05-2.11	0.483	5.12	11488	2356	1	97.5
2.11-2.17	0.428	5.9	11619	2348	1	97.7
2.17-2.24	0.362	6.73	11286	2260	1	97.6
2.24-2.31	0.321	7.46	10931	2168	1	97.6
2.31-2.39	0.302	8.14	10899	2128	1	97.7
2.39-2.48	0.287	8.63	10669	2047	1	97.9
2.48-2.58	0.229	9.86	10369	1975	1	97.8
2.58-2.7	0.191	11.38	10071	1894	1	97.9
2.7-2.83	0.162	12.78	9891	1837	1	96.9
2.83-2.98	0.137	14.8	9351	1741	1	97.8
2.98-3.16	0.106	16.76	8793	1620	1	97.3
3.16-3.38	0.087	18.58	8386	1553	1	96.5
3.38-3.65	0.074	20.19	7732	1437	1	97.6
3.65-4	0.072	21.24	7109	1337	1	96
4-4.47	0.066	22.61	6576	1232	1	97.5
4.47-5.16	0.063	23.87	6027	1086	1	98.1
5.16-6.32	0.066	23.95	5704	947	1	99.3
6.32-8.94	0.06	25.74	4974	773	1	99.9
8.94-38.816	0.057	26.4	2673	445	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
JBluIce-EPICS		データ収集
XDS		データ削減
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→38.816 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8243 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2428	1673	4.98 %	Random
R_work	0.2139	-	-	-
obs	0.2153	33611	97.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.12 Å² / B_iso mean: 29.5436 Å² / B_iso min: 11.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3223	0	27	344	3594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	4553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.575	1158

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0589	0.2627	137	0.2294	2630	2767	97
2.0589-2.1254	0.3036	139	0.2356	2611	2750	98
2.1254-2.2013	0.2945	134	0.2355	2598	2732	97
2.2013-2.2895	0.2414	139	0.2194	2636	2775	98
2.2895-2.3936	0.2646	137	0.228	2628	2765	98
2.3936-2.5198	0.2893	139	0.2409	2637	2776	98
2.5198-2.6777	0.2685	140	0.2475	2643	2783	98
2.6777-2.8843	0.2838	136	0.2459	2641	2777	97
2.8843-3.1745	0.2495	135	0.2407	2651	2786	97
3.1745-3.6335	0.2348	141	0.2081	2670	2811	97
3.6335-4.5767	0.2067	142	0.1768	2699	2841	97
4.5767-38.8228	0.2054	154	0.1897	2894	3048	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8929	-0.144	0.2475	4.0611	2.0471	3.2299	-0.1432	-0.3747	-0.2411	0.6102	-0.0893	0.592	0.6333	-0.494	0.1607	0.2931	-0.0213	0.1013	0.2723	0.0488	0.3184	-3.598	-23.7758	-12.0145
2	1.6401	-0.3555	-1.0025	0.6603	0.2859	0.9792	-0.0846	-0.1401	-0.1024	0.1139	0.0523	0.0107	0.0526	0.0266	0.0253	0.2048	0.0118	-0.0508	0.2107	0.0263	0.2066	12.7873	-18.5043	-23.4534
3	3.9651	1.0903	-0.7705	4.3287	-0.7402	3.3162	-0.1443	0.0682	0.2544	-0.2644	-0.1009	-0.4195	0.0145	0.4198	0.2137	0.1749	0.0048	-0.049	0.1784	0.0137	0.2243	30.0217	-21.4964	-36.8731
4	7.9494	1.4291	0.3622	2.6293	0.0557	1.8778	-0.1695	0.386	0.1425	-0.0253	0.2583	-0.2201	-0.1689	0.3912	-0.0419	0.1512	-0.0181	-0.0162	0.218	0.0016	0.1393	5.4588	3.2736	-18.329
5	4.2743	-0.9878	0.1095	2.6177	-0.495	2.4641	0.0318	0.0846	0.0678	0.041	-0.0396	0.1616	-0.1758	0.2093	0.0335	0.1101	-0.0163	-0.0206	0.2183	-0.0112	0.118	-5.6266	0.7958	-13.8861
6	2.7269	1.3629	-0.4259	4.4626	-0.5501	2.5651	-0.2069	-0.6433	0.0286	0.4753	0.091	-0.2227	-0.1755	-0.0366	0.0909	0.2003	-0.0146	-0.0194	0.323	-0.0227	0.1172	-0.2067	1.6359	-6.5457
7	3.866	1.697	0.4977	3.8011	0.5223	2.809	-0.1802	-0.5025	-0.1266	0.1341	0.1296	-0.149	-0.1417	0.5219	0.0005	0.1734	-0.0063	-0.0327	0.3122	0.0276	0.0886	4.6602	-1.7312	-11.3795
8	8.7083	6.0109	-1.2412	6.7326	-0.7685	1.7911	-0.4624	-0.0336	-0.4098	-0.3582	0.2889	-0.071	0.1599	-0.1636	0.1951	0.1338	0.0123	-0.0131	0.2066	0.0231	0.0895	1.5078	-4.3756	-16.1826
9	1.3269	0.3441	0.5262	5.3502	4.8264	6.1405	0.1287	-0.0618	-0.1765	-0.1628	-0.0494	-0.2449	0.221	-0.03	-0.0551	0.1552	0.0099	-0.0206	0.1176	0.0237	0.1823	19.8339	-11.2181	-39.7513
10	2.779	1.9196	2.6894	3.3897	3.8284	4.6761	-0.4256	0.3612	-0.0828	-0.1488	0.132	0.2602	-0.2613	0.5039	0.1868	0.116	-0.0071	-0.0112	0.2067	0.0072	0.1909	14.6036	-2.6467	-32.5934
11	2.0603	0.6213	1.1199	2.1184	1.0405	4.76	-0.0677	0.022	0.1561	-0.0062	-0.0972	0.1936	-0.0274	-0.0402	0.1765	0.1071	-0.0083	-0.0054	0.1865	-0.0394	0.2113	15.237	-7.5046	-32.164
12	3.2828	1.2387	1.6299	2.441	0.5192	2.2493	0.0119	0.4424	0.1134	-0.5061	-0.1392	0.4359	0.2138	-0.1646	0.0751	0.2793	0.0846	-0.0978	0.1972	-0.0082	0.235	12.2344	-14.9087	-46.3303
13	1.5694	0.3248	0.0157	6.6609	4.6038	6.4078	-0.0432	0.0897	-0.0454	-0.6388	0.0289	0.386	-0.3186	-0.2607	0.0713	0.1965	-0.0032	-0.0495	0.163	0.0164	0.2281	14.3866	-2.1853	-42.647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN H AND (RESSEQ 2:87 )	H
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN H AND (RESSEQ 88:175 )	H
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN H AND (RESSEQ 176:213 )	H
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN L AND (RESSEQ 2:18 )	L
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN L AND (RESSEQ 19:38 )	L
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN L AND (RESSEQ 39:75 )	L
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN L AND (RESSEQ 76:92 )	L
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN L AND (RESSEQ 93:106A)	L
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN L AND (RESSEQ 107:137 )	L
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN L AND (RESSEQ 138:150 )	L
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN L AND (RESSEQ 151:173 )	L
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN L AND (RESSEQ 174:187 )	L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN L AND (RESSEQ 188:208 )	L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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