PDB-4jo1: Crystal structure of rabbit mAb R56 Fab in complex with V3 crown ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jo1

タイトル

Crystal structure of rabbit mAb R56 Fab in complex with V3 crown of HIV-1 JR-FL gp120

要素

gp120
monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain
monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Ig / antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral process / viral envelope
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.033 Å

データ登録者

Pan, R.M. / Kong, X.P.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Rabbit Anti-HIV-1 Monoclonal Antibodies Raised by Immunization Can Mimic the Antigen-Binding Modes of Antibodies Derived from HIV-1-Infected Humans.
著者: Pan, R. / Sampson, J.M. / Chen, Y. / Vaine, M. / Wang, S. / Lu, S. / Kong, X.P.

履歴

登録	2013年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jo1.cif.gz	192.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jo1.ent.gz	151 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jo1_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jo1_full_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示
XML形式データ	4jo1_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	4jo1_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/4jo1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jo2C 4jo3C 4jo4C 2x71S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tdo-2 1riv-d 7jwp-8 2aj3-2 1bfo-1 5dsc-3 5mv3-2 4wht-8 6dwa-1 6mnq-d 7jwp-1 5dsc-1 1l7t-d 1y18-4 6a9k-2 4xcc-d 5yfi-d 6x1t-3 5dqj-2 1mf2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (3) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (3)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (3)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (3)

登録構造単位

L: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain

H: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain

P: gp120

M: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain

I: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain

Q: gp120

ヘテロ分子

95.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain

H: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain

P: gp120

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain

I: monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain

Q: gp120

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.514, 74.347, 84.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'L' and (resseq 2:107 )
2	1	1	chain 'M' and (resseq 2:107 )
1	1	2	chain 'L' and (resseq 109:211 ) and (not resseq 159)
2	1	2	chain 'M' and (resseq 109:211 ) and (not resseq 159)
1	1	3	chain 'H' and (resseq 2:113 ) and (not resseq 53:54)
2	1	3	chain 'I' and (resseq 2:113 ) and (not resseq 53:54)
1	1	4	chain 'H' and (resseq 115:213 ) and (not (resseq 128:135...
2	1	4	chain 'I' and (resseq 115:213 ) and (not (resseq 128:135...
1	1	5	chain 'P'
2	1	5	Chain 'Q'

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: 抗体	monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 light chain 分子量: 22782.014 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody R56 heavy chain 分子量: 22173.852 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	gp120 分子量: 2506.816 Da / 分子数: 2 断片: third variable region (V3) crown (UNP residues 32-54) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 参照: UniProt: Q9YX36
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月6日
放射	モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.033→36.226 Å / Num. all: 56059 / Num. obs: 56014 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.033→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2633 / R_sym value: 0.45 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	like	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X71

2x71

解像度: 2.033→36.226 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2232	2834	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.1834	56014	99.51 %	-
all	-	56059	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.511 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0938 Å²	-0 Å²	-0.0522 Å²
2-	-	-0.5944 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.6882 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.033→36.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6442	0	5	805	7252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.168	9004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.243	2276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1158

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	L	819	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	M	819	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
2	1	L	764	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	M	764	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
3	1	H	825	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	I	825	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
4	1	H	581	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	I	581	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
5	1	P	74	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	Q	74	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.033-2.0681	0.234	139	0.2226	2520	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0681-2.1057	0.3245	152	0.2376	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1057-2.1462	0.2789	122	0.2239	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1462-2.19	0.2469	142	0.2126	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.2376	0.2527	133	0.2054	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2376-2.2896	0.283	162	0.2045	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3469	0.2651	143	0.2004	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3469-2.4103	0.2478	149	0.194	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4103-2.4812	0.2171	122	0.1921	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4812-2.5613	0.2296	133	0.1904	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5613-2.6528	0.2602	154	0.1944	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6528-2.759	0.2755	144	0.1859	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.759-2.8845	0.2742	142	0.1903	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8845-3.0365	0.2172	146	0.1849	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0365-3.2266	0.2192	151	0.1791	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2266-3.4756	0.2032	141	0.176	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4756-3.825	0.2012	152	0.1656	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.825-4.3777	0.1821	127	0.1589	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3777-5.5123	0.1712	138	0.1395	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5123-36.2321	0.2205	142	0.1975	2727	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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